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1980年，由于自治区党委执行政策的失误，引起了广大干部和职工的不满与不安，人心涣散。民族关系顿时紧张起来，并迅速波及全疆。
  新疆局势动荡，引起了党中央的关注。除对新疆作了关于增强民族团结，稳定新疆局势的指示外，并决定指派王震同志以政治局委员、军委常委的身份，照管新疆工作。王震同志数次来疆，1981年2月，在自治区厅、局级以上干部会议讲话中强调:“汉族、维吾尔族、哈萨克族、蒙古族、回族以及新疆的各民族，都是伟大的中华民族的组成部分，都为中华民族的繁荣昌盛作出了应有贡献。新疆是中华人民共和国不可分割的一部分，各民族要团结起来，共同开发建设新疆。”同时指出：“生产建设兵团是新疆军区的后备军，是保卫边疆、建设边疆的重要力量”。“生产建设兵团搞了农业、畜牧业、工业、商业，还有交通运输业，它办的完全对”。“解散新疆生产建设兵团是完全错误的。”1981年6月20日，王震同志给中央军委主席邓小平同志写信，建议恢复新疆生产建设兵团。7月1日，邓小平同志作了如下批示:“请王震同志牵头，约集有关部门领导同志，对恢复生产兵团的必要性，作一系统的报告，并为中央拟一决议，以凭决定。”8月，邓小平同志偕王震、王任重一行来新疆视察工作时，对恢复生产建设兵团的问题听取了自治区党、政、军负责同志及各方面的意见后指示:“新疆生产建设兵团恢复起来确实有必要，组织形式和军垦农场不同，任务还是党、政、军结合。”“新疆生产建设兵团，就是现在的农垦部队，是稳定新疆的核心。”根据邓小平同志的指示，国家农委党组、新疆维吾尔自治区党委经慎重研究，向中央写了《关于恢复新疆生产建设兵团的报告》。1981年12月3日，中共中央、国务院、中央军委做出了《关于恢复新疆生产建设兵团的决定》，即[中发〔1980〕45号文件]。决定指出：“生产兵团屯垦戍边，发展农垦事业，对于发展自治区各民族的经济、文化建设，防御霸权主义侵略，保卫祖国边疆，都有十分重要的意义。”要求兵团要“实行企业管理，积极推行经济责任制，整顿和发展各项生产事业，办好社会主义大农业，实行农、林、牧、副、渔综合经营，发展农、工、商联合企业。大力兴修水利和水力发电，大力植树造林，不断提高森林覆盖率，继续搞好农业机械化，提高经济效益。同时要加强民兵武装值班连队的军事建设，搞好边防”。希望兵团“认真执行党的民族政策，同新疆各族人民团结一致，艰苦奋斗，为建设边疆、保卫边疆作出新的贡献”。中共关于恢复生产建设兵团的决定，受到广大农垦战士的热烈欢迎，获得了新疆各族人民的大力支持。
  生产建设兵团是自治区各项事业的重要组成部分。党的方针、政策、思想政治工作，公、检、法及其他政府工作，都由自治区领导。
  生产业务工作，包括年度计划、长期规划、生产、财务、物资供应、劳动工资等，作为农垦部企业，受农垦部领导。同时列入自治区的国民经济计划，成为自治区经济规划的一部分。干部工作归生产建设兵团统一管理，并按中央干部管理的权限审批;军事工作归乌鲁木齐军区领导。新疆生产建设兵团受新疆维吾尔自治区和农垦部(后改为农牧渔业部）的双重领导。1981年12月中旬，农垦部副部长赵凡同志率领中央工作组到达新疆，他们和自治区会商决定:兵团财政拨款纳入中央财政预算进行管理，以农垦总局和各地农垦局为基础，组成兵团和师的机关。军事工作要在新疆军区统一领导下，加强建设。
  生产建设兵团保持人民解放军的组织形式，实行兵团、师、团(场)三级管理，恢复组建十个农业师和三个农场管理局，兵团和师设司令部、政治部、纪律检查委员会。1983年中央批准兵团成立公安、检察、法院、司法和劳改局（处）。
  重新组建后中央任命的新疆生产建设兵团领导干部：第一政委：由自治区党委第二书记谷景生兼；司令员：陈实；第一副司令员：谢高忠；副司令员：曾继富、林海清、夏尔西别克•司的克、毛迺舜、王寿臣、李廷智；政治委员：阳焕生；副政治委员：刘一村、吐尔逊阿塔吾拉、贺劲南、史骥、刘炳正；参谋长：曾继富（兼）；政治部主任：赵干卿；1982年6月1日，由自治区党委主持，召开了隆重庆祝恢复新疆生产建设兵团的大会。参加大会的有自治区党、政、军负责同志、自治区各机关、兵团各师代表1 000余人。中共中央政治局委员、中央军委常委王震也出席了大会。王震同志强调生产建设兵团是祖国西北边疆的一支产业大军，又是一支有组织、有训练的强大的国防后备力量。要求军垦战士要继续发扬生产队、战斗队、工作队的光荣传统，坚决贯彻劳武结合，屯垦戍边的方针。自治区党委第一书记王恩茂同志回顾了兵团的历史:“1954年根据党中央、中央军委、毛主席的命令，正式成立了中国人民解放军新疆生产建设兵团。30多年来，兵团发扬了南泥湾精神，屯垦戍边，艰苦奋斗，克服了重重困难，在建设边疆、保卫边疆的斗争中作出了巨大成绩。”“1981年粮食总产9. 23亿公斤，占自治区粮食总产23. 81 %;棉花105万担，占自治区棉花总产46. 25% ;油料100万担，占自治区油料总产23. 26%;甜菜总产24. 8万吨，占自治区甜菜总数72. 62%。”“截止1981年，兵团共向国家上缴粮食24亿公斤、上缴棉花741万担、上缴油料188万担、上缴肉食37 815吨。‘文革’前上缴工业利润10.4亿元，兵团从成立到1981年底，共上缴税金12.5亿元。”“新疆生产建设兵团在发展过程中，曾取得过巨大胜利，但也曾经历过曲折的道路，遭受过严重破坏。”“党中央认真总结了正、反两方面的经验，作出了恢复新疆生产建设兵团的决定。”他希望兵团的同志奋发图强，使兵团的事业有一个更大的发展。要认真贯彻党的民族政策，努力搞好同新疆各族人民的团结，努力搞好同地方的关系。努力办好社会主义大农业，实行农、林、牧、副、渔全面发展，农、工、商联合经营。要加强民兵武装值班连队的建设，保卫祖国边防。要加强党的领导，加强思想政治工作。
  由此，解体近七年的生产建设兵团体制，正式恢复起来。新疆的军垦事业，重又揭开了新的篇章。