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有清一代新疆屯田从康熙五十五年（1716年）开始，直到清末，长达190余年，先后有军屯、民屯、回屯、旗屯和遣屯。其组织管理日趋完善。
  1.军屯，主要是指绿营兵丁的屯田。其管理系统有：1) 伊犁将军。他既是清代新疆的最高军政长官，也是新疆屯田的最高长官，总理军屯、民屯一切事务。如松筠、布彦泰等，都是在新疆创导、组织屯田卓有成效的伊犁将军。
  2) 屯田大臣。从康熙五十五年(1716年)起，平定准部的西征军于巴里坤、哈密开始屯田，议政王大臣会议具奏：“图呼鲁克、杜尔博尔金、哈喇乌苏等处耕种之事，派大臣一员管理。”得旨:“著副都统苏尔德前往管理。”(《清圣祖实录》)这是新疆最早的屯田大臣。
  各屯区设屯田大臣，或称屯田大员，管理屯务。从各提、镇抽调的绿营屯田兵丁，在屯田期间受其管理。担任过屯田大臣的还有总督鄂海，按察使永泰在吐鲁番负责屯田。原任“江西巡抚王企靖回籍，以正红旗蒙古副都统雅图总理巴尔库尔屯田事务”(《清世宗实录》)。
  还有苏永祖、副都统克什图、西安巡抚永贵，以及书山……等均任过这一职务。屯田大臣一职非定制，而是根据需要，择员委任。总理屯田事务，如开垦地亩，分授种子、农具、耕畜，农事，收缴屯粮等，都由其负专责。在新疆，不论战时、平时，屯田纳粮至关重要。因此，屯田大臣多择干练者充任。
  3)总理屯田提督、屯镇总兵。乾隆弘历统一新疆后，设提督一人，专管绿营官兵的驻防和屯田事务。“新疆提督一人，……，乾隆二十四年（1759年）移安西提督驻巴里坤，更名巴里坤提督，二十三年(应是二十九年），徙乌鲁木齐。光绪十一年(1885年）徙喀什噶尔，更名喀什噶尔提督。”“提督，军务总兵管、从一品。掌巩护疆陲，典领甲卒，节制镇、协、营丨凡，课第殿最，以听于总督。”(《清史稿•官职四》）乾嘉时期，新疆绿营士卒屯田分为两类：一类是轮换兵屯田。
  在塔尔巴哈台、乌什、阿克苏、哈喇沙尔、吐鲁番以及科布多等屯垦区的绿营屯田兵丁，系从陕、甘、晋三省提镇标营中抽调。屯田3—5年期间，由当地屯田大臣统辖((塔尔巴哈台事宜》、《清高宗实录屯田结束，即返原提、镇标营归伍。
  一类是长期驻疆屯田，其中包括携眷兵屯田。全疆分属两个系统，即由乌鲁木齐提督和伊犁镇总兵分别统辖。
  乌鲁木齐提督移驻迪化后，统辖巴里坤镇总兵暨本标中、左、右，守城四营，巩宁城守营、哈密协、玛纳斯协、库尔喀喇乌苏营、晶河营、喀喇巴尔噶逊营、济木萨营等处弁兵操防，总理屯田、马政、台站事务(《三州辑略·官制》）。
  在管理屯田事务中，乌鲁木齐提督和屯田大臣的关系是:“乌鲁木齐提标四营(惟屯田差遣并兵丁搬眷请领盘费银两由驻扎大臣经管，其余升迁事故俱由提督自行办理），提督一员。乾隆二十七年原设副将一员，管理左、右二营屯田等事，属驻扎大臣管辖。……三十八年奉旨俞金鳌补授乌鲁木齐提督，专办屯田，自此提督耑管绿营屯田事务。”(《乌鲁木齐政略•武职》）提督之下设有总兵（正二品），副将（从二品）、参将(正三品）、游击(从三品）、都司（正四品）、守备（正五品）、千总(正六品）、把总(正七品）、经制外委(正九品），等级森严，上下相制。其营制：总督、巡抚、提督、总兵官所属称标;副将所属称协；参将、游击、守备、都司所属称作营。乌鲁木齐的绿营官兵，除一部分差操守备外，主要任务是屯田。乾隆四十二年有中营九屯，屯兵1 066名，以参将督领。左营八屯，屯兵1 066名，以游击督领。右营七屯，屯兵1066名，以都司督领。此外尚有济木萨、玛纳斯、库尔喀喇、乌苏、晶河(晶河、库尔喀喇乌苏是乾隆二十七年数）、巴里坤、哈密、古城、木垒等屯区二十八个，屯兵4 615人，分别以参将、游击、都司、把总督领。
  伊犁镇总兵又称屯镇总兵。其任务是专理屯田。
  伊犁紧邻沙俄，是清军边防要塞，屯兵重地。全疆满州八旗驻防军1. 8万余人，驻屯伊犁的达1. 3万余名，八旗兵的粮糈供应，主要靠兵丁屯田解决。伊犁镇标专为供给当地驻防八旗官兵的粮饷而设。《新疆图志》卷24记述:“伊犁镇标，屯镇总兵一员，归伊犁将军管辖”。该镇的绿营部队有“兵丁三千名，设立二十五屯，每屯额兵一百名，计兵二千五百名，其余五百名，系于水碾磨、铅厂、教种图尔扈特以及仓廒、牧厂各差拨用。”(《伊江汇览•兵额营伍》)从上可以看出，3 000名绿营士兵，主要是进行屯田，以及粮油加工、后勤供应有关的事务。故该镇官兵直接由伊犁将军节制，“遇有升拨降黜之事，皆由镇员禀白将军验核，仍于陕甘督臣咨办”(《伊江汇览•兵额营伍》)。伊犁绿营兵屯田，是一个独立的系统，不受乌鲁木齐提督节制。4)屯。屯亦称工，是兵农合一的组织，是绿营兵丁屯田生产的基层组织单位。
  绿营兵制的基本战斗组织是营，携眷屯兵也以营为基本组织，为了适应屯田戍边的需要，营下设屯。宁远大将军岳钟琪奏请在巴里坤筑屯屯田时称:“各营屯田，亦俱在军营以东，联络不远，现在播种，共拨兵丁五千余名，每于分屯之处已筑土堡一座，旦则出作，夜则入息，无事可耕，有事可战，且与各厂牧放官兵相为表里，牲畜田禾俱可防护无虞。”(《军机处录副奏折·民族类·蒙古项》)在屯田区筑有屯堡，屯田兵丁居于屯堡之内，耕作区即在屯堡周围，白天出堡耕作，晚上回堡休息，有警则依堡拒敌，无事屯田生产，平战结合。一屯兵丁，大体百人左右，依各地情况的不同，最大的屯有250名，最小的是阿克苏仅有屯兵15名。如乌鲁木齐中营区分为九屯，设屯兵1 066名，种地2. 2万余亩。各屯分布是:辑怀城、土墩子、怀义堡、屡丰堡、宣仁堡、惠徕堡各驻屯卒133名，阜康城88名，头道湾头工90名，头道湾二工90名。
  屯堡有屯官衙署，士卒宿舍、家属宿舍、兵器库、农具库、仓廪……等建筑。如乌鲁木齐屯区惠徕堡的情况是:“惠徕堡，乾隆四十二年建筑，周一里六分，高一丈二尺，堡门四，……千总衙署一所，外委住房二所，仓房一所，军器库一所，公馆一所，堆房二所，兵丁住房四百四间”(《三州辑略•建置门》)，这些屯堡，以后逐渐发展为村镇。如现在乌鲁木齐和昌吉的头工、二工、三工、四工、下四工、五工、六工、二六工、宣仁墩……都还保留着清代屯田的屯名。
  2.旗屯。
  伊犁旗屯的屯官，由各镇营的军官兼任。新旧满营各分左右两翼，每翼设协领一员领之；锡、索、察、厄四营，每营设一领队大臣以统之。其下各设总管、副总管驻本营。再下设八旗，设有佐领、防御、骁骑校尉等军官，管理本旗戍守和屯田事务。如锡伯营在伊犁河南察布查尔屯田，兴修水利，就是由锡伯营总管图伯特领导和组织军民实施的。
  3. 遣屯。
  遣屯隶属于军屯，遣犯被编入军屯组织中进行劳动。一种是罪行情节重者，拨给兵丁为奴，受屯兵管辖，由该屯兵“督课取力”(《清高宗实录>)。另一种是罪行较轻的，承种份地，单独纳粮，分散在各军屯中进行屯田。如乌鲁木齐左营中：头工屯兵148名，遣犯3名。
  二工屯兵148名，遣犯3名。
  三工屯兵148名，遣犯3名》四工屯兵148名，遣犯2名。
  甘标头屯屯兵90名。
  甘标二屯屯兵90名。
  宝昌堡屯兵147名，遣犯2名。
  乐昌堡屯兵147名，遣犯3名。（《乌鲁木齐政略》)4. 民屯。
  民屯属地方行政机关管理。清代前期陕甘总督和甘肃布政使，直接管辖天山北麓晶河以东的民屯事务。所辖镇西府，管辖宜禾(今巴里坤）、奇台两县的民屯。迪化直隶州管辖乌鲁木齐地区、阜康(包括济木萨）、绥来（今玛纳斯）、昌吉（包括呼图壁）三县的民屯。“乾隆二十五年（1760年）乌鲁木齐设同知，命在乌鲁木齐屯田”。吐鲁番巡检，管理当地的民屯。
  屯民实行里甲制，乾隆三十一年制定的《木垒安户章程》规定：“新安户口，宜编立里甲，请按每年招徕户民，编为一里，一里之中，分为十甲，将来户口丁粮册籍，悉照里顺庄开造。至编造里甲，约可按三千户之数，编为十里，酌定里名，以分界限。”“每里应选里长、渠长、保约。请按每里设里长一名，每百户设渠长一名。”“现在咨送二百户移驻，尚属无多，仍照原例，令守备暂受外，至戊子年（1768年）三百户之时，酌设文员，专管户民。”“现在守备暂管户民，审理狱颂，应酌立科条”(《清高宗实录》)。以上《章程》可知，民屯实行里甲制，每里300户，每甲三十户。设里之前，由部队派守备管理，不仅管屯田生产事务，而且审理狱颂民事工作。待招至三百户，成立里，选出里长之后，正式派文官，专管民屯。有的地方实行卫所制，《清史稿•食货志一》载:“令叶尔羌成丁余回，特界耕地编户，凡千五百户为一所，三千户为一卫。”5.回屯。
  伊犁回屯实行伯克制管理。清廷统一新疆后，沿袭维吾尔人旧制，即伯克管理制。伊犁回屯亦用此制。
  伯克不得世袭，由清廷任命，从“回人中从戎效力，及辅诚内附者，量材以授”(《西域图志》)。
  首任伊犁回屯阿奇木伯克是吐鲁番额敏和卓次子茂萨。以后历任阿奇木伯克皆从其子孙中选调。《西陲总统事略》卷七十回屯载:“(茂萨)于乾隆二十五年授伊犁阿奇木伯克……三十一年额敏和卓三子鄂罗木杂布赴伊犁……三品阿奇木伯克……嘉庆十年鄂罗木杂布卒……以其子密里克杂布袭一等台吉，署阿奇木伯克事务。”阿奇木伯克，三品，下设阿奇木伯克衙署，驻宁远城，总理回屯一切事务，设伊什罕伯克一员，协助阿奇木伯克总理回屯事务。以下设噶杂纳奇伯克、商伯克等共85员，分管地亩粮赋、税务、刑名、水利、治安、工商……等事务，其品级为四至七品。
  伊犁回屯共6 000余户，分九屯。每百户设一玉子伯克统领，每15员玉子伯克设一明伯克统领，“分领回众头目，职如千总”。