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在英帝国主义支持的阿古柏匪徒和沙俄强占了新疆大片土地的情况下，清军退守在东部和北部一线。时中原动乱，关内粮饷供应长期中断，清军处境异常困难。如果不实行屯田来满足粮草需求，清军是不可能坚持长达十年之久的。应该说:屯田保证了军民的长期坚守。
  左宗棠统军在荒凉的塞外，长驱千里西征，最大困难是粮饷供应。他说:“粮运两事为西北用兵要事，事之利钝迟速，机括全系乎此。”除从关内运进一部分粮食外，主要的就是从清军坚守的屯田地区筹粮，同时边作战，边屯田，比较好地解决了西征军的粮饷供应。可以认为：屯田保证了西征军的胜利进军。同时屯田对新疆经济的迅速恢复，也是发挥了巨大作用的。
  清末，朝政腐败，割地赔款，丧权辱国。但在新疆，一再挫败了帝国主义的侵略活动，巩固了西北边防，且为现代新疆的规模和疆界奠定了基础。屯垦戍边实边，是发挥了其特殊作用的。清代后期屯田的时间虽然不长，但其影响却很深远。