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清军收复新疆后，光绪十年（1884年）新疆建省，湘军将领刘锦棠被命为新疆首届巡抚。此后，新疆的遣屯发生了巨大的变化。
  公元1886年，陕西、甘肃、山西、四川、直隶(现河北）、山东、河南七省的1 500名犯人解赴新疆，这是新疆建省后的首批犯人。巡抚刘锦棠分别将他们安置在镇迪道所属县区垦荒种地，“迪化县安插三百六户，奇台县安插一百户，昌吉县安插一百四户，阜康县安插五十三户，绥来县安插三百二十户，济木萨县安插六十六户，呼图壁巡检安插七十四户，哈密通判安插四十五户，精河巡检安插二十二户，总计安插土客一千九十户”(《新疆图志•奏议》)。刘锦棠分析了过去在新疆遣屯的利弊，根据新疆的形势，提出应把这批犯人以“助垦人犯”对待，不应再看成是“实犯外遣”(《刘襄勤公奏稿》)。乾隆时期犯人屯垦，是在屯兵监督下强制劳动，每个犯人拨地12亩，每年交粮六石，由政府拨给种子牛具，政治待遇和生活待遇都很低，积极性不高。刘锦棠不顾刑部的反对，坚持按照《新疆屯垦章程》中的规定，把遣屯和民屯一样进行安置。他认为“非照民屯难收成效”(《刘襄勤公奏稿》)。刘锦棠命令“俟各犯到配，择其年力精壮，有家室者，由地方官酌量多少，随处安插，交乡约领保，分拨荒地，与平民栉户错壤，犬牙相接，出入守望，同兹休息，……其只身人犯及不能种地之人，即交配所衙门役使，或配令小贸，届时察看办理，俾兹铃束。农具、牛、籽、房屋、粮食等项，应请照新疆垦地民户例，从优借给，分年缴还”(《刘襄勤公奏稿》)。和民屯一样进行安置，大大刺激了人犯屯田的积极性。并要求各地解押犯人时，把家眷一块送新疆。请求政府“凡发遣新疆人犯，有家室者，务必佥同起解”(《刘襄勤公奏稿》)。事实证明，效果甚佳。 “有家之犯，悉安耕作”。还规定:“原犯为奴罪名，定期五年;原犯当差罪名，定期三年，果能安分出力，即编入本地名册，给地耕种纳粮”(《刘襄勤公奏稿》)。公元1887年奏准:“概照新疆现办民屯章程办理，均于钱粮全完之年，即准入籍为民。”不仅大大缩短了人犯为民的期限，而且还准刑重的为奴遣犯，也可以通过屯田生产而为民，大大鼓励了人犯屯田生产、争取早日为民的积极性。现在位于昌吉县的军户农场，有李家庄、毛家庄、冶家村诸村落，这些村落中的马、张、李、苏等姓中的回族老户，以及汉族万、赵、王、李、金、魏等姓氏中的老户，都是从甘肃、宁夏来的“屯犯后裔”。
  乾嘉时期发遣新疆的罪犯，或屯田，或为奴，均是依附于军屯，在绿营官兵管辖下，强制性的“督课取力”。现在则完全按照民屯办法:“十户举一屯长，五十户派一屯正，每屯正五名，复派一委员管理。”对遣犯不再实行劳役租制，在政府帮助下进行屯田，立业自给，从第三年起承担国家粮赋，成为自耕农。遣屯由依附于军屯演变为民屯了。
  遣屯演变的原因有二:一是军屯衰落，乾嘉时期的军屯遭到彻底破坏，同治朝爆发的反清起义，屯兵或逃亡或被杀，“土地荒芜，旧制荡然无存”(《清代西北屯田研究》)。且新疆收复伊始，“诸务创始，提臣移防未定，抚标兵制未设，兵屯考察刻难就绪”(《刘襄勤公奏稿》)。加之，此时的西征军与清廷直接掌握下的八旗、绿营制兵大不相同，湘、淮、甘军都已是兵属将有的地方武装势力，要他们远在塞外长期屯田是很难办到的。所以战争一结束，部队就出现了“各怀故土之思，暂耕于此，不期收获之丰”(《刘襄勤公奏稿》）。结果往往是“收获无几”，军屯逐渐衰落下来。其次，“非业民屯，难收成效”(《刘襄勤公奏稿》)，罪犯在绿营兵丁强制下进行生产，积极性不高，往往发生逃亡、反抗，甚至暴动。而按民屯进行管理，罪犯屯田生产的积极性较高，效果甚佳，“悉安耕作”。后来的实践证明，这个办法是可行的。