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左宗棠所率西征军边进军边生产。1874年张曜所率嵩武军进到哈密，立即进行屯田生产。金顺等人所率部队，也在巴里坤、古城进行屯田。为了鼓励部队生产，他改变了过去士兵生产的粮食无偿上交的办法，实行由政府作价收购，粮款归种田士兵。他论述这样做的好处是:“各营勇丁吃官粮，做私事，于正饷外又可得粮价，利一;官省运费，利二;将来百姓归业，可免开荒之劳，利三;又军人习惯劳苦，打仗更力，且免久闲致生事端，容易生病，利四”(《左文襄公全集.书牍》卷14)。在这一政策鼓励下，驻新各军，利，筹买牛具，兴办屯田。迄三台、滋泥泉、九运街、七道湾，凡该军防所，均仿操七耕三之例，躬率士兵耕耨田间。秋收麦粮数千斛，兵食以裕”(《新疆图志•名宦》)。各驻军“择地屯垦”，“踊跃就屯，禁之不止”(《左文襄公全集·书札》)，为解决西征军的粮食供应起了重要作用。1874年，左宗棠经过调査，认为在原屯田基础较好的地方购买粮食，比从关内运粮的费用要节省得多。在古城(今奇台）购买一石粮食需三两银子，从河西运粮到奇台，每石运费高达白银57两左右(《左文襄公在西北》)。经査明：巴里坤可购一万多石，古城可采粮五六千石，南山可买七八千石，济木萨可买七八千石，乌鲁木齐北路可购八九千石(《左宗棠与新疆》)。以济西征军的粮食供应，大大节省了开支。
  1882年镇西营防提督徐占彪任巴里坤总兵，他率当地军民在巴里坤、木垒大兴屯田，经勘察，在巴里坤城东南35里兴修大泉干渠，长20里，灌田数千亩。
  西征军在反击阿古柏战争中，一面打仗，一面组织部队利用余暇进行屯田生产，“官军讨贼于师行地方，且战且耕”(《左文襄公全集•奏稿》）。
  北疆战役甫经结束，1877—1880年，左宗棠为了以新疆屯粮取代从遥远的关内运粮，决定加强北疆一线振武营(原民团整编）的屯田生产，决定以“玛（纳斯)城西路屯田，责成学功督垦“许给农器、籽种、牛只”(左文襄公全集•书牍》)，拨给屯田费用万两，民勇纷纷认垦，连年获得好收成。1878年消灭阿古柏侵略军以后，孔才所率民团仍在济木萨、阜康一带屯田。
  1872年，清政府任荣全为伊犁将军，先驻塔尔巴哈台，他认识到边境军民粮食供应的重要，积极组织屯田。
  锡伯营总管喀尔莽阿，不堪沙俄压迫，从伊犁逃往塔城，荣全命他任察哈尔营领队大臣，到博尔塔拉组织屯垦戍边。在伊犁的锡伯族数百人，闻讯赶到大营盘(在今博乐市)参加屯田生产。他们自备种子，牛马耕具，开荒种地，兴修水利，还修建了长达50多里的喀尔博户大渠。还有部分锡伯族人，荣全安置在车排子屯田（乌苏县境）。
  1882年清军收复伊犁后，伊犁将军金顺恢复了满营、锡伯营、索伦营、察哈尔营、厄鲁特营等五营制。同年10月清政府命在塔城屯垦的索伦营军民于1883年初调回伊犁原营地屯守，命在塔城的锡伯营官兵除留131人在塔城驻守外，其余全部撤回伊犁，驻霍尔果斯河东地区防守。在博尔塔拉的军民，也奉命撤到伊犁原营地屯守。
  流散在各地的原伊犁满族军民，也陆续返回伊犁，金顺分给他们土地，进行屯田，到1885年，伊犁五营八旗官兵共有7 000人。
  据《清史稿•兵志一》载:光绪“十一年(1885年)行省制成。伊犁旗营实存勇七千。留其精壮，改马队九旗，步队十三旗，以提督、总兵分领之，伊犁开屯由此始，而旗屯居其一角”。
  1891年，伊犁旗屯耕地六万多亩，1895年伊犁将军长庚，以减兵增饷之法，改设练军八旗，轮换派遣“满营二旗240名官兵，到老满营地特古斯塔柳(今特克斯县)屯田，种地4 800亩，后来全部改为携眷屯垦，不再更换，永为世业，逐渐成为当地的居民”(《伊犁将军马厂奏议》）。他们对开发特克斯河流域做出了贡献。
  刘锦棠还把流散各地的八旗官兵组织起来，原巴里坤满营官兵近800名，收集流散各地的近300名。乌鲁木齐都统和属下的各领队大臣裁撤，也有不少官兵。1887年旗营迁并古城，官兵共1 040人，按六旗分设，为了解决军粮，刘锦棠于1888年(光绪十四年）向清政府建议:“……吉布库地亩，现已归绿营耕种。其头、二、三等屯向为绿营屯地，自遭变乱，地亩尽荒。光绪三年(1877年)经前陕甘总督臣左宗棠招集流亡，给资承垦。迄今陆续增添，已安插百数十户，共男妇一千数百口。耕稼婚娶，渐成土著……古城东湾、中渠，地属上中，接引山水浇灌，得地一万余亩。如归各满营耕种不敷，由附近之大坂河、西岔拨给。査大坂河约有地三四千亩，西岔约有地四五千亩，各该处曾有户民垦种，为数甚少，迁移较易。毋庸将头、二、三屯地拨归满营，如此办理，似民兵两便。”(《光绪朝东华录》)这样，在古城的东湾、中渠、大坂河、西岔一带，拨地“二万余亩”(《新疆图志•奏议十五》)，以屯田生产，自耕自食。
  水利是农业的命脉，在新疆尤为重要。为了尽快恢复屯田生产，左宗棠十分重视水利工程的修复。他在1878年给刘锦棠的信中说:“治西北者，宜先水利，兴水利者，宜先沟洫”(《左文襄公全集•书牍》)。清军师行所至，相度形势，大兴屯田。战事余暇，即令士卒开渠引水，从事耕种，以济军食，且积极助民治水。吐鲁番经过战乱，渠道和坎儿井大部淤废。防营提督罗瑞秋等率部修复渠道外，并和群众一起，疏浚坎儿井180多处。在迪化整修了永丰、太平二渠。“安宁渠为安宁、三十五户各渠源总汇之处，承平时灌田160余户。兵燹后渠道就湮。……光绪十四年(1888年）署知县陈希洛复议兴修……于是旧日污莱、顿城腴壤矣”(《新疆图志》）。绥来、奇台、昌吉、呼图壁等地都大力整修渠道，或由驻防军整修，或“官借银两督饰户民修理”(《左文襄公全集·奏稿》)，以引水屯田耕种。1882年，迪化城西南的公胜渠被山洪冲垮，提督金运昌率军抢修，加筑堤坝，堵住了决口，重新修好了渠道。
  库尔勒的渠道破坏极为严重，防营都司邹文炳率部修复官民二渠。库尔楚河道长40里，库车之阿柯寺塘渠长10里，都是清军组织农民修复的。
  叶尔羌河溃决泛滥，由巴楚径达乌兰乌苏，数百里间，田庐湮没，城堡倾颓。巴楚为南疆要地，竟为泽国。刘锦棠收复南疆后，令余虎恩率营勇益以民夫，“堵筑决口，挑挖沙洲，并将老岸及长堤加高加厚”(《刘襄勤公奏稿》)，河复故道后，复整修引水渠道，招集流民，赈给种子牛具，恢复生产。
  玛喇尔巴什人民，还利用当地湖泊，筑坝贮水，以灌溉农田。
  1886年署伊犁将军、塔尔巴哈台参赞大臣锡纶奏言:“査伊犁河北，渠道纵横，全资阿齐乌苏大渠之水灌输，大渠绵延三百余里，……现在堙废之处，长短牵算百二十里之遥。……自宁远城西经熙春、惠宁各城，或堙没已久，或坍废过甚。……派护理巴彦岱领队大臣德克津布等督率营勇逐段疏浚。”(《平定陕甘新方略》）1887年(光绪十三年），户部奏略称:“现在营勇，新疆尚有四万余人，不裁则终年无战事，遽裁又恐疏虞，长此不已，坐耗资粮，其患安所废止?惟有于新疆南北两路急为大兴屯田，为当今紧要切务。借人以尽地利，即借地以养人。是有五利焉：新疆军粮，向由内地运至哈密，分运各城，或于各城采买运军局分运各处。山谷阻深，道路辽远，核计运脚，所费不赀。若兴屯政，就地收耕获之利，内地无转输之劳，其利一。各路请饷太多，垫款难按期拨解。若兴屯政，口粮无忧缺乏，且该处所收粮食即可画抵该处饷需，每年当节省银数十万两，足以纾饷力，固军心，其利二。新疆现收民粮每年约有三千余万石，〔注：三千余万石，疑是三十余万石之误，据《中国经营西史》资料建省初年征粮203 029石，宣统三年（1911年）为302 407石〕皆以供支各营扣抵兵饷。若兴屯政，寓农于兵，所收民粮，即可改征折色，用备度支，其利三。兵燹之后，户鲜蓄藏。若兴屯政，数年之内，必有余资。粮价因之而平，边储亦因之而实，其利四。凡兵以劳而强，以逸而弱。各军无事坐食，筋骨懈弛，窃恐师老财殚，缓急俱不足恃。若兴屯政，劳其筋骨，将来驱赴战场，必更健勇，其利五。……新疆地广，北路……地皆肥润，南路八城，素称饶沃，各营驻扎处所，即不能一律，大抵可耕之地居多，不难择地开垦。……相应请旨饬下新疆各路统兵大臣速议章程，克期一律兴办屯政，并需明定赏罚，以示劝惩。嗣后该管营官，以本营收获之多寡为殿最，各统兵大臣即以各营收获之多寡为殿最。”(《清朝文献通考》）自此，进一步加强了屯政的领导，促进了驻疆四万余名兵勇屯田的发展。西征军的官兵，不仅对收复新疆立下汗马功劳,而且对恢复生产，开发建设新疆也是做出了贡献的。