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这一时期，左宗棠、刘锦棠大力倡导与扶植民屯，因而发展迅速，主要有：1.招集流亡。西征中，每克一城，立即招集流亡，募民屯田，恢复生产。
  1876年，清军收复乌鲁木齐后，该年11月，金顺对流亡沙山子一带的农民“谕令归业，以期明春耕种”(《平定陕甘新方略》)，由绥来县安置。1877年4月，刘锦棠攻克达坂城之后，“把从南疆阿古柏统治下逃回的三百余名回族农民，给以牛、种，令就达坂城水地耕垦栽植，俾复故业”(《左文襄公全集•奏稿》)。同年6月，刘锦棠、张曜攻克吐鲁番、托克逊后，把逃亡农民“送归乌鲁木齐者二千七八百名口，送归哈密者二千五六百名口，皆给以牛、种赈粮，俾得各安生业”(同前书）。收复被阿古柏侵占的领土后，清军立即将被强行裹胁随敌西行的农民数十万人，遣回原籍，“发赈给种(籽），并指给地亩”，扶持其恢复生产。金运昌在乌鲁木齐“招练土著(农民）开垦”，黄长周在喀喇沙尔招集逃亡农民“三百余户”屯田等（《左文襄公全集•批札》)，都取得了显著的效果。
  伊犁将军金顺率部进驻伊犁后，面对残垣颓壁，人口只剩十之二三的情况，将不愿迁入俄境的各族群众“暂于广仁、绥定、瞻德、熙春、巴彦岱、固勒扎各城乡地方安插，并给牛具、籽种、地亩，饬令试垦，以期安居乐业”(《平定陕甘新方略》），积极举办屯田，恢复生产。
  阿古柏入侵新疆，南疆受害最烈，生产破坏极为严重。新疆收复后，左宗棠、刘锦棠十分重视南疆的善后工作，责令道、府、州、县各级长官兼管“水利、屯田”(《清史稿.职官三》)。为了加强领导，于1878年后，在南疆各地区先后成立善后局，负责善后事宜。善后局招集流亡，修筑河渠，恢复屯田，清丈地亩，修治道路。“南路屯田，皆由各大臣等分委各路善后局查办”(《 平定陕甘新方略》)。
  1878年吐鲁番善后局委派道员雷声远和防营提都罗瑞秋负责招集流亡，招募内地农民到吐鲁番开荒种地，修复水利，整修坎儿井，使吐鲁番屯垦较快恢复，当年征粮1. 4万石。“粮石租税已逾旧额之半”(《左文襄公全集•奏稿》）。
  在喀喇沙尔，善后局组织当地人民兴修官渠十道。在城西180里开上户，新开渠一道，长30里。
  库车“善后局转饬各回目，纠集民伕民匠，……皆系被灾穷民，仿以工代赈之法，每日发给食粮，惟所雇民匠，除日给食粮外，仍按日酌发工食银两”(《刘襄勤公奏稿》)。在城南65里，兴修阿柯寺塘渠，还修塞巴里柯渠，长50里，以灌溉农田。阿克苏、乌什的善后局，也积极招集流亡难民，兴水利，垦荒种植，恢复生产。
  巴楚由于阿古柏侵略军的破坏，叶尔羌河和喀什噶尔河泛滥，从阿克萨克台到玛拉尔巴什台几百里地区，被水湮没，交通断绝，田园荒芜。刘锦棠派得力官员招集流亡，招募内地农民，安置退伍军人，发给籽种、牛具，恢复屯田。首先堵筑挑浚，将洪水纳入故道，挖渠引水，灌溉农田。在红波戈子庄导源大海，开凿大连、小连、莺拉合齐和老南四渠，共长160里，使大片土地得到灌溉。1886年提督陈建厚率领军民在巴楚修建水库。1890年通判谭传科组织屯民修建了第二座水库。既防止了洪水为害，又保证了农田灌溉。
  战后，巴楚除恢复了老垦区外，在城周围又分设了四个屯庄，全用汉名，曰东成、西就、南阡、北陌。这些屯庄，分别分布在巴楚县城的东、西、南、北(《清朝新疆省舆图》)。
  刘锦棠收复南疆后，率军驻守喀什噶尔，他认为:“最为切要之务，莫急于兴水利以除民患，通驿路以便行旅，固城防以资守御”(《刘襄勤公奏稿》)。刘锦棠派汤彦和率领喀什噶尔军民治水，疏渠道，开支河，使龙口桥以上的牌素巴特(今伽师县）、英阿瓦提等渠先后修浚。牌素巴特渠在喀什噶尔城东90里，长120里。刘锦棠“招徕流亡，散发牛籽农具”，招募内地汉民，安置退伍军人，使生产“渐有起色”(《刘襄勤公奏稿》〉。在疏勒垦区又新建了八大汉屯，分别环列疏勒县(即汉城•英先尔)的四周。其中：（1)广济屯，在疏勒城北，克孜勒河南岸，今称色格斯塔什(八磐磨），（2）平广屯，在疏勒县城西；（3)得意屯，在城东；（4)太平城屯，在城东，得意屯之东;(5)安边屯，在城东，太平屯之南；（6)永定屯，在城东南；（7)永丰屯，在永定屯的东面；（8)镇远屯，在城东、永丰屯的东北。这些汉屯也有维、回族群众参加。
  董福祥在和田设立善后局，招集流亡，开垦荒地，修复水利，使生产得到初步恢复。1878年和田征粮36 879石，征折色银5 049两。公元1900年和田垦荒45 296亩(《和田直隶州乡土志》)。叶尔羌(今莎车)在善后局组织下，生产逐步恢复。
  为了迅速恢复生产，发展民屯，清政府鼓励从关内招募贫苦农民来新屯田。1887年刘锦棠、魏光焘报奏《新疆屯垦章程》，经清廷批准，在全疆大力推行。章程规定:“每户给地六十亩，由公中借给籽种粮三石，制办农具银六两，修盖房屋银八两，耕牛两头合并银二十四两。或父子共作，或兄弟同居，或雇伙结伴，均按二人为一户，并且给盐菜银一两八钱，口粮面九十觔，自春耕起，按八个月计算，通计每户银粮牵算，约需借给成本银七十三两一钱。定限年初还半，次年全缴。设遇歉收，査明酌减。缴本之后，按亩升科，启征额粮，自第三年始征半，次年全缴。仍仿营田之制，十户派一屯长，如营中什长之制。五十户派一屯正，如营中百长之制。每屯正五名派一委员管理。凡请领成本督察农工一切事宜，地方官责之委员，委员责之屯正，屯正责之屯长。仍十户出具连环保结，互相纠察，层层铃束，以免领本潜逃，耗费旷工及滋事不法诸弊。其屯正、屯长，每人仍领地六十亩，借给成本，一如户民之例。惟每月另给屯正银四两，屯长银二两，仍按八个月计算，倶免扣还，以示奖励。”(《新疆图志•奏议十一》)在清廷政策鼓励下，农民屯田积极性很高。据1878年10月左宗棠向清廷报告，清军1876年8月到达乌鲁木齐时仅“余汉民及残回数十人”。现已达3 600余户；昌吉县有400余户;阜康县210户；绥来县850户；精河100余户;库尔喀喇乌苏数十户。虽不及战乱前同治初年的五分之一，但在新疆绝大部分城乡及屯田地区被摧毁的情况下，得到初步恢复，是可喜的一步。
  巴里坤原有垦地6万余亩，到1878年报垦约4万亩，1880年已报垦5万数千亩(《左文襄公全集•奏稿》)，已接近原来的耕地面积。此后，甘肃、陕西等地以及直隶、山东的“逃难百姓”来到新疆，“几于盈千累万”(瑞洵《散木居奏稿》)，多安置在镇迪道及伊塔道屯田生产。1887年哈密和北疆的奇台、迪化、昌吉、精河等9县，共招屯户1 090户。据年近80的汉族老人马德云讲:他的祖父就是在光绪年间和许多汉族农民一块从山西来到昌吉县三工进行屯田的。建省以后，从内地迁来的汉、回农民日益增多，屯垦范围不断扩大。
  2.裁军为民，发展民屯。
  战争结束后，为了节省军费，减少开支，清政府决定大规模裁军。全疆原有官兵6万余人，1886年刘锦棠将部队整编只剩3.1万人。除部分回原籍外，大批裁汰兵勇就地落户，分给土地，参加民屯，以后历经潘效苏、联魁数次裁撤，新疆驻防兵只有8 780人。这个时期新疆的军屯大量减少，民屯迅速发展。除裁兵节饷是主要原因之外，还有一个因素是由于清政府吏治腐败，屯兵生产积极性不高，战争结束后，“屯丁各怀故土之思，暂耕于此，虽任耰锄之役，不期收获之丰”，“只图塞责”。结果，“耗资颇多”，收获无几。在军屯的重点地区乌鲁木齐和伊犁，都有这种现象。乌鲁木齐“旗兵各屯，折抵均无所获”。伊犁防营屯田，“通算迄无利益”。刘锦棠上折 建议改变屯田办法。将各旗营勇汰弱留强，所裁兵勇“就各兵驻防 之所，如有荒地可拨，为之酌数拨给，即同己业”。并规定“甲年无息 取偿，乙岁抵扣，复从其轻，且必乐此不疲”(《刘襄勤公奏稿》)。仿民 屯的办法，将土地分给退伍士兵，向政府缴纳赋税,这对刺激士卒 生产的积极性，无疑是有好处的。西征士兵不少留在新疆。仅乌鲁 木齐地区就有3 000余名，政府拨给上地60亩、或中地90亩、或 下地120亩，其他待遇同新招屯户一样。据《新疆图志》记载:“三个 泉子(即今米泉县）皆良田，湘人之从征者，屯聚开垦。省城谷米，半清光绪四年北疆募民屯田表仰给焉。”米泉县的湖南庄子、协标工、陕西工多是西征军的后裔。
  刘锦棠和徐占彪率领的湘军、蜀军，一部分留在焉耆屯田生产。所以解放前这里的汉族人，多系湖南和四川省籍。
  西征军中有不少的少数民族战士，后来也留在新疆。如“旌善五旗”就是由陕西调来的回族团队。古牧地之战，就有这个部队参加。他们英勇善战，一直进军到喀什噶尔，在捣毁阿古柏的最后巢穴后，方解甲归田。现在喀什、沙雅一带，仍有“旌善五旗”的后裔。
  “湖湘子弟遍天山”的诗句，形象地记述了左宗棠统率的西征军，在新疆平定后，大部分士卒解甲屯田于天山南北的情况。
  军队所办的屯田，如果军队开拔，即把地无偿交给农民耕种。“官军开荒，于军食有裨”，而农民复业，“得免开荒之劳”(《左文襄公全集.奏稿》)。1874年左宗棠指示张曜屯军，“此事定后，地已开荒成熟，仍还之民”(《左文襄公全集·奏稿》）。
  3•安插户。
  乾隆年间的安插户是被清廷定为“边外为民者”，由官府强行起解赴疆，主要是指“地方豪强大族”、“因地方发案而被株连者”……等。此时主要是招抚的起义军民。光绪二十二年（1896年），清军镇压了青海回民起义，刘同春余部被安置在若羌和尉犁一带屯田，仅英气盖一地即达2 000人。
  还有一部分是遣犯为民户。