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1876年8月的乌鲁木齐之役，揭开了收复新疆的序幕。清军每当收复一地，随即招集流亡，修复水利，恢复屯田。
  左宗棠进军新疆，遇到一个难题，就是粮饷供应问题。它关系到清军能否长驱进军，克敌制胜，收复新疆。左宗棠进行了周密的筹划，除从关内长途转运部分粮食外，主要靠新疆军民屯田来解决。他分析了经过战乱的新疆“地方凋弊，军粮军食实在艰难”的情况，认为“屯垦诚为第一要务”。在战争期间，屯田“总期多种多收，不能拘以成法”(《左文襄公全集•批札》)。他深有感触地说:“自古边塞战争，屯田最要”(《左宗棠年谱》)。这时新疆屯田发生了巨大变化。乾嘉时期，清廷是以军屯为主，同时大力发展民屯。光绪年间，在清军收复新疆后，则以民屯为主了。而军屯则日趋衰落，这是和左宗棠的主张有关。
  左宗棠认为:“要筹军粮，必先筹民食，乃不竭之源，否则，兵欲兴屯，民已他徙。徒靠兵力兴屯，一年不能敷衍一年，如何得济”(《左文襄公全集•书牍》）。
  其次，左氏主张分别兵农。兵专战，农任耕，各司其责。“亘兵农为二，择其精壮有胆之兵，宜马者马，宜步者步，束以营制，一如内地军营。弱不能战者，散之为农，按照户口，指余荒地亩，令其承垦。”他认为这样的好处是:“分别兵农，责兵以战，课农以耕，而后饷事可节，兵事可精也。”否则“且战之兵不能战，且耕之兵不暇耕”(《左文襄公全集•奏稿》）。其三，有一个左宗棠不便说的深刻原因是：乾嘉时期的八旗兵，绿营经制兵是清廷直接统帅的国家武装力量，而光绪年间的西征军中的湘军、淮军、甘军等都已是兵为将有的武装力量。要他们在远离自己的地域进行屯垦戍边，当然是很难行通了。
  民屯这一时期，左宗棠、刘锦棠大力倡导与扶植民屯，因而发展迅速，主要有：1.招集流亡。西征中，每克一城，立即招集流亡，募民屯田，恢复生产。
  1876年，清军收复乌鲁木齐后，该年11月，金顺对流亡沙山子一带的农民“谕令归业，以期明春耕种”(《平定陕甘新方略》)，由绥来县安置。1877年4月，刘锦棠攻克达坂城之后，“把从南疆阿古柏统治下逃回的三百余名回族农民，给以牛、种，令就达坂城水地耕垦栽植，俾复故业”(《左文襄公全集•奏稿》)。同年6月，刘锦棠、张曜攻克吐鲁番、托克逊后，把逃亡农民“送归乌鲁木齐者二千七八百名口，送归哈密者二千五六百名口，皆给以牛、种赈粮，俾得各安生业”(同前书）。收复被阿古柏侵占的领土后，清军立即将被强行裹胁随敌西行的农民数十万人，遣回原籍，“发赈给种(籽），并指给地亩”，扶持其恢复生产。金运昌在乌鲁木齐“招练土著(农民）开垦”，黄长周在喀喇沙尔招集逃亡农民“三百余户”屯田等（《左文襄公全集•批札》)，都取得了显著的效果。
  伊犁将军金顺率部进驻伊犁后，面对残垣颓壁，人口只剩十之二三的情况，将不愿迁入俄境的各族群众“暂于广仁、绥定、瞻德、熙春、巴彦岱、固勒扎各城乡地方安插，并给牛具、籽种、地亩，饬令试垦，以期安居乐业”(《平定陕甘新方略》），积极举办屯田，恢复生产。
  阿古柏入侵新疆，南疆受害最烈，生产破坏极为严重。新疆收复后，左宗棠、刘锦棠十分重视南疆的善后工作，责令道、府、州、县各级长官兼管“水利、屯田”(《清史稿.职官三》)。为了加强领导，于1878年后，在南疆各地区先后成立善后局，负责善后事宜。善后局招集流亡，修筑河渠，恢复屯田，清丈地亩，修治道路。“南路屯田，皆由各大臣等分委各路善后局查办”(《 平定陕甘新方略》)。
  1878年吐鲁番善后局委派道员雷声远和防营提都罗瑞秋负责招集流亡，招募内地农民到吐鲁番开荒种地，修复水利，整修坎儿井，使吐鲁番屯垦较快恢复，当年征粮1. 4万石。“粮石租税已逾旧额之半”(《左文襄公全集•奏稿》）。
  在喀喇沙尔，善后局组织当地人民兴修官渠十道。在城西180里开上户，新开渠一道，长30里。
  库车“善后局转饬各回目，纠集民伕民匠，……皆系被灾穷民，仿以工代赈之法，每日发给食粮，惟所雇民匠，除日给食粮外，仍按日酌发工食银两”(《刘襄勤公奏稿》)。在城南65里，兴修阿柯寺塘渠，还修塞巴里柯渠，长50里，以灌溉农田。阿克苏、乌什的善后局，也积极招集流亡难民，兴水利，垦荒种植，恢复生产。
  巴楚由于阿古柏侵略军的破坏，叶尔羌河和喀什噶尔河泛滥，从阿克萨克台到玛拉尔巴什台几百里地区，被水湮没，交通断绝，田园荒芜。刘锦棠派得力官员招集流亡，招募内地农民，安置退伍军人，发给籽种、牛具，恢复屯田。首先堵筑挑浚，将洪水纳入故道，挖渠引水，灌溉农田。在红波戈子庄导源大海，开凿大连、小连、莺拉合齐和老南四渠，共长160里，使大片土地得到灌溉。1886年提督陈建厚率领军民在巴楚修建水库。1890年通判谭传科组织屯民修建了第二座水库。既防止了洪水为害，又保证了农田灌溉。
  战后，巴楚除恢复了老垦区外，在城周围又分设了四个屯庄，全用汉名，曰东成、西就、南阡、北陌。这些屯庄，分别分布在巴楚县城的东、西、南、北(《清朝新疆省舆图》)。
  刘锦棠收复南疆后，率军驻守喀什噶尔，他认为:“最为切要之务，莫急于兴水利以除民患，通驿路以便行旅，固城防以资守御”(《刘襄勤公奏稿》)。刘锦棠派汤彦和率领喀什噶尔军民治水，疏渠道，开支河，使龙口桥以上的牌素巴特(今伽师县）、英阿瓦提等渠先后修浚。牌素巴特渠在喀什噶尔城东90里，长120里。刘锦棠“招徕流亡，散发牛籽农具”，招募内地汉民，安置退伍军人，使生产“渐有起色”(《刘襄勤公奏稿》〉。在疏勒垦区又新建了八大汉屯，分别环列疏勒县(即汉城•英先尔)的四周。其中：（1)广济屯，在疏勒城北，克孜勒河南岸，今称色格斯塔什(八磐磨），（2）平广屯，在疏勒县城西；（3)得意屯，在城东；（4)太平城屯，在城东，得意屯之东;(5)安边屯，在城东，太平屯之南；（6)永定屯，在城东南；（7)永丰屯，在永定屯的东面；（8)镇远屯，在城东、永丰屯的东北。这些汉屯也有维、回族群众参加。
  董福祥在和田设立善后局，招集流亡，开垦荒地，修复水利，使生产得到初步恢复。1878年和田征粮36 879石，征折色银5 049两。公元1900年和田垦荒45 296亩(《和田直隶州乡土志》)。叶尔羌(今莎车)在善后局组织下，生产逐步恢复。
  为了迅速恢复生产，发展民屯，清政府鼓励从关内招募贫苦农民来新屯田。1887年刘锦棠、魏光焘报奏《新疆屯垦章程》，经清廷批准，在全疆大力推行。章程规定:“每户给地六十亩，由公中借给籽种粮三石，制办农具银六两，修盖房屋银八两，耕牛两头合并银二十四两。或父子共作，或兄弟同居，或雇伙结伴，均按二人为一户，并且给盐菜银一两八钱，口粮面九十觔，自春耕起，按八个月计算，通计每户银粮牵算，约需借给成本银七十三两一钱。定限年初还半，次年全缴。设遇歉收，査明酌减。缴本之后，按亩升科，启征额粮，自第三年始征半，次年全缴。仍仿营田之制，十户派一屯长，如营中什长之制。五十户派一屯正，如营中百长之制。每屯正五名派一委员管理。凡请领成本督察农工一切事宜，地方官责之委员，委员责之屯正，屯正责之屯长。仍十户出具连环保结，互相纠察，层层铃束，以免领本潜逃，耗费旷工及滋事不法诸弊。其屯正、屯长，每人仍领地六十亩，借给成本，一如户民之例。惟每月另给屯正银四两，屯长银二两，仍按八个月计算，倶免扣还，以示奖励。”(《新疆图志•奏议十一》)在清廷政策鼓励下，农民屯田积极性很高。据1878年10月左宗棠向清廷报告，清军1876年8月到达乌鲁木齐时仅“余汉民及残回数十人”。现已达3 600余户；昌吉县有400余户;阜康县210户；绥来县850户；精河100余户;库尔喀喇乌苏数十户。虽不及战乱前同治初年的五分之一，但在新疆绝大部分城乡及屯田地区被摧毁的情况下，得到初步恢复，是可喜的一步。
  巴里坤原有垦地6万余亩，到1878年报垦约4万亩，1880年已报垦5万数千亩(《左文襄公全集•奏稿》)，已接近原来的耕地面积。此后，甘肃、陕西等地以及直隶、山东的“逃难百姓”来到新疆，“几于盈千累万”(瑞洵《散木居奏稿》)，多安置在镇迪道及伊塔道屯田生产。1887年哈密和北疆的奇台、迪化、昌吉、精河等9县，共招屯户1 090户。据年近80的汉族老人马德云讲:他的祖父就是在光绪年间和许多汉族农民一块从山西来到昌吉县三工进行屯田的。建省以后，从内地迁来的汉、回农民日益增多，屯垦范围不断扩大。
  2.裁军为民，发展民屯。
  战争结束后，为了节省军费，减少开支，清政府决定大规模裁军。全疆原有官兵6万余人，1886年刘锦棠将部队整编只剩3.1万人。除部分回原籍外，大批裁汰兵勇就地落户，分给土地，参加民屯，以后历经潘效苏、联魁数次裁撤，新疆驻防兵只有8 780人。这个时期新疆的军屯大量减少，民屯迅速发展。除裁兵节饷是主要原因之外，还有一个因素是由于清政府吏治腐败，屯兵生产积极性不高，战争结束后，“屯丁各怀故土之思，暂耕于此，虽任耰锄之役，不期收获之丰”，“只图塞责”。结果，“耗资颇多”，收获无几。在军屯的重点地区乌鲁木齐和伊犁，都有这种现象。乌鲁木齐“旗兵各屯，折抵均无所获”。伊犁防营屯田，“通算迄无利益”。刘锦棠上折 建议改变屯田办法。将各旗营勇汰弱留强，所裁兵勇“就各兵驻防 之所，如有荒地可拨，为之酌数拨给，即同己业”。并规定“甲年无息 取偿，乙岁抵扣，复从其轻，且必乐此不疲”(《刘襄勤公奏稿》)。仿民 屯的办法，将土地分给退伍士兵，向政府缴纳赋税,这对刺激士卒 生产的积极性，无疑是有好处的。西征士兵不少留在新疆。仅乌鲁 木齐地区就有3 000余名，政府拨给上地60亩、或中地90亩、或 下地120亩，其他待遇同新招屯户一样。据《新疆图志》记载:“三个 泉子(即今米泉县）皆良田，湘人之从征者，屯聚开垦。省城谷米，半清光绪四年北疆募民屯田表仰给焉。”米泉县的湖南庄子、协标工、陕西工多是西征军的后裔。
  刘锦棠和徐占彪率领的湘军、蜀军，一部分留在焉耆屯田生产。所以解放前这里的汉族人，多系湖南和四川省籍。
  西征军中有不少的少数民族战士，后来也留在新疆。如“旌善五旗”就是由陕西调来的回族团队。古牧地之战，就有这个部队参加。他们英勇善战，一直进军到喀什噶尔，在捣毁阿古柏的最后巢穴后，方解甲归田。现在喀什、沙雅一带，仍有“旌善五旗”的后裔。
  “湖湘子弟遍天山”的诗句，形象地记述了左宗棠统率的西征军，在新疆平定后，大部分士卒解甲屯田于天山南北的情况。
  军队所办的屯田，如果军队开拔，即把地无偿交给农民耕种。“官军开荒，于军食有裨”，而农民复业，“得免开荒之劳”(《左文襄公全集.奏稿》)。1874年左宗棠指示张曜屯军，“此事定后，地已开荒成熟，仍还之民”(《左文襄公全集·奏稿》）。
  3•安插户。
  乾隆年间的安插户是被清廷定为“边外为民者”，由官府强行起解赴疆，主要是指“地方豪强大族”、“因地方发案而被株连者”……等。此时主要是招抚的起义军民。光绪二十二年（1896年），清军镇压了青海回民起义，刘同春余部被安置在若羌和尉犁一带屯田，仅英气盖一地即达2 000人。
  还有一部分是遣犯为民户。
  军屯左宗棠所率西征军边进军边生产。1874年张曜所率嵩武军进到哈密，立即进行屯田生产。金顺等人所率部队，也在巴里坤、古城进行屯田。为了鼓励部队生产，他改变了过去士兵生产的粮食无偿上交的办法，实行由政府作价收购，粮款归种田士兵。他论述这样做的好处是:“各营勇丁吃官粮，做私事，于正饷外又可得粮价，利一;官省运费，利二;将来百姓归业，可免开荒之劳，利三;又军人习惯劳苦，打仗更力，且免久闲致生事端，容易生病，利四”(《左文襄公全集.书牍》卷14)。在这一政策鼓励下，驻新各军，利，筹买牛具，兴办屯田。迄三台、滋泥泉、九运街、七道湾，凡该军防所，均仿操七耕三之例，躬率士兵耕耨田间。秋收麦粮数千斛，兵食以裕”(《新疆图志•名宦》)。各驻军“择地屯垦”，“踊跃就屯，禁之不止”(《左文襄公全集·书札》)，为解决西征军的粮食供应起了重要作用。1874年，左宗棠经过调査，认为在原屯田基础较好的地方购买粮食，比从关内运粮的费用要节省得多。在古城(今奇台）购买一石粮食需三两银子，从河西运粮到奇台，每石运费高达白银57两左右(《左文襄公在西北》)。经査明：巴里坤可购一万多石，古城可采粮五六千石，南山可买七八千石，济木萨可买七八千石，乌鲁木齐北路可购八九千石(《左宗棠与新疆》)。以济西征军的粮食供应，大大节省了开支。
  1882年镇西营防提督徐占彪任巴里坤总兵，他率当地军民在巴里坤、木垒大兴屯田，经勘察，在巴里坤城东南35里兴修大泉干渠，长20里，灌田数千亩。
  西征军在反击阿古柏战争中，一面打仗，一面组织部队利用余暇进行屯田生产，“官军讨贼于师行地方，且战且耕”(《左文襄公全集•奏稿》）。
  北疆战役甫经结束，1877—1880年，左宗棠为了以新疆屯粮取代从遥远的关内运粮，决定加强北疆一线振武营(原民团整编）的屯田生产，决定以“玛（纳斯)城西路屯田，责成学功督垦“许给农器、籽种、牛只”(左文襄公全集•书牍》)，拨给屯田费用万两，民勇纷纷认垦，连年获得好收成。1878年消灭阿古柏侵略军以后，孔才所率民团仍在济木萨、阜康一带屯田。
  1872年，清政府任荣全为伊犁将军，先驻塔尔巴哈台，他认识到边境军民粮食供应的重要，积极组织屯田。
  锡伯营总管喀尔莽阿，不堪沙俄压迫，从伊犁逃往塔城，荣全命他任察哈尔营领队大臣，到博尔塔拉组织屯垦戍边。在伊犁的锡伯族数百人，闻讯赶到大营盘(在今博乐市)参加屯田生产。他们自备种子，牛马耕具，开荒种地，兴修水利，还修建了长达50多里的喀尔博户大渠。还有部分锡伯族人，荣全安置在车排子屯田（乌苏县境）。
  1882年清军收复伊犁后，伊犁将军金顺恢复了满营、锡伯营、索伦营、察哈尔营、厄鲁特营等五营制。同年10月清政府命在塔城屯垦的索伦营军民于1883年初调回伊犁原营地屯守，命在塔城的锡伯营官兵除留131人在塔城驻守外，其余全部撤回伊犁，驻霍尔果斯河东地区防守。在博尔塔拉的军民，也奉命撤到伊犁原营地屯守。
  流散在各地的原伊犁满族军民，也陆续返回伊犁，金顺分给他们土地，进行屯田，到1885年，伊犁五营八旗官兵共有7 000人。
  据《清史稿•兵志一》载:光绪“十一年(1885年)行省制成。伊犁旗营实存勇七千。留其精壮，改马队九旗，步队十三旗，以提督、总兵分领之，伊犁开屯由此始，而旗屯居其一角”。
  1891年，伊犁旗屯耕地六万多亩，1895年伊犁将军长庚，以减兵增饷之法，改设练军八旗，轮换派遣“满营二旗240名官兵，到老满营地特古斯塔柳(今特克斯县)屯田，种地4 800亩，后来全部改为携眷屯垦，不再更换，永为世业，逐渐成为当地的居民”(《伊犁将军马厂奏议》）。他们对开发特克斯河流域做出了贡献。
  刘锦棠还把流散各地的八旗官兵组织起来，原巴里坤满营官兵近800名，收集流散各地的近300名。乌鲁木齐都统和属下的各领队大臣裁撤，也有不少官兵。1887年旗营迁并古城，官兵共1 040人，按六旗分设，为了解决军粮，刘锦棠于1888年(光绪十四年）向清政府建议:“……吉布库地亩，现已归绿营耕种。其头、二、三等屯向为绿营屯地，自遭变乱，地亩尽荒。光绪三年(1877年)经前陕甘总督臣左宗棠招集流亡，给资承垦。迄今陆续增添，已安插百数十户，共男妇一千数百口。耕稼婚娶，渐成土著……古城东湾、中渠，地属上中，接引山水浇灌，得地一万余亩。如归各满营耕种不敷，由附近之大坂河、西岔拨给。査大坂河约有地三四千亩，西岔约有地四五千亩，各该处曾有户民垦种，为数甚少，迁移较易。毋庸将头、二、三屯地拨归满营，如此办理，似民兵两便。”(《光绪朝东华录》)这样，在古城的东湾、中渠、大坂河、西岔一带，拨地“二万余亩”(《新疆图志•奏议十五》)，以屯田生产，自耕自食。
  水利是农业的命脉，在新疆尤为重要。为了尽快恢复屯田生产，左宗棠十分重视水利工程的修复。他在1878年给刘锦棠的信中说:“治西北者，宜先水利，兴水利者，宜先沟洫”(《左文襄公全集•书牍》)。清军师行所至，相度形势，大兴屯田。战事余暇，即令士卒开渠引水，从事耕种，以济军食，且积极助民治水。吐鲁番经过战乱，渠道和坎儿井大部淤废。防营提督罗瑞秋等率部修复渠道外，并和群众一起，疏浚坎儿井180多处。在迪化整修了永丰、太平二渠。“安宁渠为安宁、三十五户各渠源总汇之处，承平时灌田160余户。兵燹后渠道就湮。……光绪十四年(1888年）署知县陈希洛复议兴修……于是旧日污莱、顿城腴壤矣”(《新疆图志》）。绥来、奇台、昌吉、呼图壁等地都大力整修渠道，或由驻防军整修，或“官借银两督饰户民修理”(《左文襄公全集·奏稿》)，以引水屯田耕种。1882年，迪化城西南的公胜渠被山洪冲垮，提督金运昌率军抢修，加筑堤坝，堵住了决口，重新修好了渠道。
  库尔勒的渠道破坏极为严重，防营都司邹文炳率部修复官民二渠。库尔楚河道长40里，库车之阿柯寺塘渠长10里，都是清军组织农民修复的。
  叶尔羌河溃决泛滥，由巴楚径达乌兰乌苏，数百里间，田庐湮没，城堡倾颓。巴楚为南疆要地，竟为泽国。刘锦棠收复南疆后，令余虎恩率营勇益以民夫，“堵筑决口，挑挖沙洲，并将老岸及长堤加高加厚”(《刘襄勤公奏稿》)，河复故道后，复整修引水渠道，招集流民，赈给种子牛具，恢复生产。
  玛喇尔巴什人民，还利用当地湖泊，筑坝贮水，以灌溉农田。
  1886年署伊犁将军、塔尔巴哈台参赞大臣锡纶奏言:“査伊犁河北，渠道纵横，全资阿齐乌苏大渠之水灌输，大渠绵延三百余里，……现在堙废之处，长短牵算百二十里之遥。……自宁远城西经熙春、惠宁各城，或堙没已久，或坍废过甚。……派护理巴彦岱领队大臣德克津布等督率营勇逐段疏浚。”(《平定陕甘新方略》）1887年(光绪十三年），户部奏略称:“现在营勇，新疆尚有四万余人，不裁则终年无战事，遽裁又恐疏虞，长此不已，坐耗资粮，其患安所废止?惟有于新疆南北两路急为大兴屯田，为当今紧要切务。借人以尽地利，即借地以养人。是有五利焉：新疆军粮，向由内地运至哈密，分运各城，或于各城采买运军局分运各处。山谷阻深，道路辽远，核计运脚，所费不赀。若兴屯政，就地收耕获之利，内地无转输之劳，其利一。各路请饷太多，垫款难按期拨解。若兴屯政，口粮无忧缺乏，且该处所收粮食即可画抵该处饷需，每年当节省银数十万两，足以纾饷力，固军心，其利二。新疆现收民粮每年约有三千余万石，〔注：三千余万石，疑是三十余万石之误，据《中国经营西史》资料建省初年征粮203 029石，宣统三年（1911年）为302 407石〕皆以供支各营扣抵兵饷。若兴屯政，寓农于兵，所收民粮，即可改征折色，用备度支，其利三。兵燹之后，户鲜蓄藏。若兴屯政，数年之内，必有余资。粮价因之而平，边储亦因之而实，其利四。凡兵以劳而强，以逸而弱。各军无事坐食，筋骨懈弛，窃恐师老财殚，缓急俱不足恃。若兴屯政，劳其筋骨，将来驱赴战场，必更健勇，其利五。……新疆地广，北路……地皆肥润，南路八城，素称饶沃，各营驻扎处所，即不能一律，大抵可耕之地居多，不难择地开垦。……相应请旨饬下新疆各路统兵大臣速议章程，克期一律兴办屯政，并需明定赏罚，以示劝惩。嗣后该管营官，以本营收获之多寡为殿最，各统兵大臣即以各营收获之多寡为殿最。”(《清朝文献通考》）自此，进一步加强了屯政的领导，促进了驻疆四万余名兵勇屯田的发展。西征军的官兵，不仅对收复新疆立下汗马功劳,而且对恢复生产，开发建设新疆也是做出了贡献的。
  遣屯的演变清军收复新疆后，光绪十年（1884年）新疆建省，湘军将领刘锦棠被命为新疆首届巡抚。此后，新疆的遣屯发生了巨大的变化。
  公元1886年，陕西、甘肃、山西、四川、直隶(现河北）、山东、河南七省的1 500名犯人解赴新疆，这是新疆建省后的首批犯人。巡抚刘锦棠分别将他们安置在镇迪道所属县区垦荒种地，“迪化县安插三百六户，奇台县安插一百户，昌吉县安插一百四户，阜康县安插五十三户，绥来县安插三百二十户，济木萨县安插六十六户，呼图壁巡检安插七十四户，哈密通判安插四十五户，精河巡检安插二十二户，总计安插土客一千九十户”(《新疆图志•奏议》)。刘锦棠分析了过去在新疆遣屯的利弊，根据新疆的形势，提出应把这批犯人以“助垦人犯”对待，不应再看成是“实犯外遣”(《刘襄勤公奏稿》)。乾隆时期犯人屯垦，是在屯兵监督下强制劳动，每个犯人拨地12亩，每年交粮六石，由政府拨给种子牛具，政治待遇和生活待遇都很低，积极性不高。刘锦棠不顾刑部的反对，坚持按照《新疆屯垦章程》中的规定，把遣屯和民屯一样进行安置。他认为“非照民屯难收成效”(《刘襄勤公奏稿》)。刘锦棠命令“俟各犯到配，择其年力精壮，有家室者，由地方官酌量多少，随处安插，交乡约领保，分拨荒地，与平民栉户错壤，犬牙相接，出入守望，同兹休息，……其只身人犯及不能种地之人，即交配所衙门役使，或配令小贸，届时察看办理，俾兹铃束。农具、牛、籽、房屋、粮食等项，应请照新疆垦地民户例，从优借给，分年缴还”(《刘襄勤公奏稿》)。和民屯一样进行安置，大大刺激了人犯屯田的积极性。并要求各地解押犯人时，把家眷一块送新疆。请求政府“凡发遣新疆人犯，有家室者，务必佥同起解”(《刘襄勤公奏稿》)。事实证明，效果甚佳。 “有家之犯，悉安耕作”。还规定:“原犯为奴罪名，定期五年;原犯当差罪名，定期三年，果能安分出力，即编入本地名册，给地耕种纳粮”(《刘襄勤公奏稿》)。公元1887年奏准:“概照新疆现办民屯章程办理，均于钱粮全完之年，即准入籍为民。”不仅大大缩短了人犯为民的期限，而且还准刑重的为奴遣犯，也可以通过屯田生产而为民，大大鼓励了人犯屯田生产、争取早日为民的积极性。现在位于昌吉县的军户农场，有李家庄、毛家庄、冶家村诸村落，这些村落中的马、张、李、苏等姓中的回族老户，以及汉族万、赵、王、李、金、魏等姓氏中的老户，都是从甘肃、宁夏来的“屯犯后裔”。
  乾嘉时期发遣新疆的罪犯，或屯田，或为奴，均是依附于军屯，在绿营官兵管辖下，强制性的“督课取力”。现在则完全按照民屯办法:“十户举一屯长，五十户派一屯正，每屯正五名，复派一委员管理。”对遣犯不再实行劳役租制，在政府帮助下进行屯田，立业自给，从第三年起承担国家粮赋，成为自耕农。遣屯由依附于军屯演变为民屯了。
  遣屯演变的原因有二:一是军屯衰落，乾嘉时期的军屯遭到彻底破坏，同治朝爆发的反清起义，屯兵或逃亡或被杀，“土地荒芜，旧制荡然无存”(《清代西北屯田研究》)。且新疆收复伊始，“诸务创始，提臣移防未定，抚标兵制未设，兵屯考察刻难就绪”(《刘襄勤公奏稿》)。加之，此时的西征军与清廷直接掌握下的八旗、绿营制兵大不相同，湘、淮、甘军都已是兵属将有的地方武装势力，要他们远在塞外长期屯田是很难办到的。所以战争一结束，部队就出现了“各怀故土之思，暂耕于此，不期收获之丰”(《刘襄勤公奏稿》）。结果往往是“收获无几”，军屯逐渐衰落下来。其次，“非业民屯，难收成效”(《刘襄勤公奏稿》)，罪犯在绿营兵丁强制下进行生产，积极性不高，往往发生逃亡、反抗，甚至暴动。而按民屯进行管理，罪犯屯田生产的积极性较高，效果甚佳，“悉安耕作”。后来的实践证明，这个办法是可行的。