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在这一时期，活跃在济木萨-昌吉一绥来一线的是民团屯田。
  他们为了反抗阿古柏和妥得璘的民族仇杀，在沙漠深处筑城自卫，边战斗，边生产，保护了大批汉族和非伊斯兰民族的难民。
  孔才民团屯戍在济木萨。1840年济木萨有民屯3 100多户，种地9. 3万余亩，1864年济木萨回民起义，在妥得璘的“圣战”、“消灭卡甫尔（异教徒）”民族仇杀政策影响下，几经征战，清军官兵伤亡殆尽，汉族屯民惨遭杀戮。该县所属的阜康，汉族人民“死难不知姓名者约四五万人”(《阜康县乡土志》)。孔才率领下的济木萨民团，多次打击妥得璘军。1873年景麟命孔才民团在济木萨屯田生产，保卫家乡，次年粮食丰收，除自给外，尚有余粮七八千石。
  沈廷秀民团屯田在昌吉城北60公里的新渠城子(今新疆生产建设兵团103团境），引用头屯河的水，屯田生产。他们多次与妥得璘军交锋。在攻击乌鲁木齐战斗中，沈廷秀不幸牺牲，民团由其弟沈廷辉率领，继续战斗。1875年，民团被清政府整编为振武右营，仍驻新渠城子。
  赵体学民团屯驻在玛纳斯县北的沙山子，活动于东起马桥城子(今呼图壁县北的兵团106团境）、西营城(今玛纳斯县北的兵团148团境）、东湖城(今兵团149团境)等地。公元1840年前，玛纳斯军屯士卒千余人，种地2. 8万余亩。民屯有民户3 800多户，种地11万余亩。1864年7月，绥来回民起义，攻占县城，杀死知县，焚毁塔西河屯所，屯田遭受严重破坏。赵体学为了反抗妥得璘的民族仇杀，进行自卫，组织民团屯田生产，保护难民，有“练勇一千名，自备军粮”(《平定陕甘新方略》)。1873年景廉整编玛纳斯民团为振武左营，仍驻沙山子。东与驻马桥城子的高四民团互相配合，在西边同河西(今石河子）乡约“刘姓民团四百余名”(《平定陕甘新方略》)，互相支援，不断打击阿古柏和妥得璘军。
  徐学功民团于1871年被清政府命名为“定西营”，屯驻于乌鲁木齐南山。“分派营官专办营务”，“办理屯田，用雇军食”(<平定陕甘新方略》)。该部先后转战于西湖(今乌苏县）、布伦托海(今福海县）、昌吉、呼图壁、石河(今石河子）、玛纳斯，有力地打击了阿古柏侵略军。1873年，乌鲁木齐都统景廉将徐学功民团编为振武中营，屯驻于沙枣园（今昌吉县北80里的兵团105团），这里土壤肥沃，气候适宜，是屯田的好地方。当年的城堡和屯田的遗迹，仍清晰可辨。
  1875年，左宗棠任钦差大臣，督办新疆军务。金顺为帮办新疆军务兼乌鲁木齐都统。金顺把振武各营整编为马步四营，共2 000余人，由徐学功统领。屯驻在玛纳斯、昌吉以北一线“广开屯田”，保护粮道。当年粮食丰收所屯水田可有稻四五十万斤”。1876年西征军入疆，徐学功把这些稻谷全部作价给湘军为军粮(《左文襄公全集•书牍》)，支援了西征大军。