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腐败的清政府在一段时期竟不知道阿古柏的入侵，甚至弄不清阿古柏是不是外国人。直到1871年5月沙俄出兵吞噬伊犁，通知清政府俄军已“克服伊犁城池”，清政府才大吃一惊。又得到“俄人尚欲带兵前往收复乌鲁木齐”的消息，才感到问题严重。沙俄声称是“代收、代守”，并催促清政府“迅速派员前往接受”。但当伊犁将军荣全1872年通知俄国准备去伊犁谈判收回伊犁时，沙俄不但拒不交还伊犁，竟蛮横地提出“塔城是伊犁兼辖，也是俄国‘暂管’的地方”。认为荣全的行辕暂驻塔城“尚属不合”。荣全给清廷的报告中说:“俄人欺我，以至于此，欲忍不能，欲战不可。事已至此，非口舌所能争，唯盼大军迅速前进。”左宗棠上书清廷“欲杜俄人狡谋，必先定回部(指平定阿古柏），欲收伊犁，必先克乌鲁木齐”。清政府到此时才认识到：“断非空言所能有济，必须中国兵力足以震慑”(《同治朝筹办夷务始末》)。决心收复新疆，令左宗棠督办进军新疆的军务。
  适值此时，日本军国主义于1847年5月出兵侵占台湾，东南海防吃紧。年底投降派李鸿章上书清帝，建议放弃新疆:他认为乾隆统一新疆是“徒收千里之旷地，而增千百年之漏大卮，已为不值。
  且其北邻俄罗斯，西界土耳其，南近英属之印度，即图恢复，将来断不能久守”。因此主张“暂弃关外”。“新疆不复，于肢体之元气无伤。
  海疆不防，则心腹之大患愈棘”(《李文忠公全集•奏稿》)。要清政府命令西征军停止前进，把用兵新疆的费用移作海防之饷，这就是所谓“海防论”。左宗棠则针锋相对地提出：“东则海防，西则塞防，二者并重”。至于节饷，他认为只有坚决进兵早日收复新疆，才能真正的节饷。若此时停止进军，“自撤藩篱，则我退寸而寇进尺。不独陇右甚虞，且北路科布多、乌里雅苏台等处，恐亦未能宴然”(《左文襄公全集•奏稿》)。清政府采纳了左宗棠的意见，于1875年5月改任左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，统帅西征。
  1876年4月左宗棠进抵肃州(今甘肃酒泉），督饬刘锦棠所率湘军二十余营西进，6月抵吉木萨尔。至此，西征军连同在疆清军将及百营，达五六万人。
  左宗棠的进军方针是“缓进，速战。”步骤是先北后南。缓进就是战前进行认真准备，塞外用兵，粮饷供给是件大事。他经过调查发现，从河西走廊运粮是在新疆当地购粮费用的20多倍。于是积极组织屯田。他说:边疆用兵“非力行屯田不可”(《左文襄公全集.书牍》)。饬令部队，边进军，边屯田，就地解决军食。
  当时阿古柏控制着南疆并北魁乌鲁木齐至玛纳斯大片土地，沙俄占据伊犁。西征军由北至南，进行了三个战役。
  乌鲁木齐战役。
  1876年7月28日，清军奇袭，克阜康，随即西指古牧地(今米泉）。到古牧地有两条路，一条大道，但有50里的戈壁无水；另一条是小道，水源充足，但叛军已据黄田堡。8月9日清军在大道的甘泉堡、西树头子挖井筑垒，虚张声势。10日夜刘锦棠、金顺率清军突袭黄田堡，11日克黄田，12日清军围古牧地，经五天激战，歼敌五六千人。刘锦棠得悉乌鲁木齐空虚，当机立断，兵锋直指乌鲁木齐。18日一举攻克乌鲁木齐满城、汉城和王城。短短5天，席卷昌吉、呼图壁。此后经三个月强攻克玛纳斯城。至此，阿古柏在北疆的势力被肃清。
  第二战役的任务是夺取天山险隘达坂城，收复吐鲁番盆地，打开进军南疆大门。阿古柏为阻清军南下，在天山要隘达坂城筑新城，派大哈通(大总管)爱衣达尔呼里率重兵驻守。又在托克逊筑两城，由他的儿子海古拉坚守，派白彦虎、马得人据守吐鲁番，构成互相策应的三角防御区。阿古柏坐镇喀喇沙尔(焉耆)指挥，总兵力约3万余人。
  1877年4月16日，刘锦棠率1. 5万人衔枚疾进，于17日晨突然包围了达坂城。维吾尔人民冒险潜出城外向清军报告:“安夷(指阿古柏匪徒）盼援不到，官军封锁日逼，群议突围而走”(《左文襄公全集·奏稿》。刘锦棠乘敌动摇，下令猛攻。歼敌2 000多名，生俘1 200余名，无一漏网，大哈通也被活捉。清军于22日攻占辟展(鄯善），25日克胜金口，26日连克吐鲁番满、汉二城，守敌马得人降。
  同一天亦克托克逊，守敌海古拉焚粮草后逃到喀拉沙尔。仅用半个月时间，第二战役胜利结束，歼敌万余人。至此，阿古柏众叛亲离，走投无路，5月28日与司库斗殴致死。海古拉携尸西窜。
  第三战役:全部收复南疆。
  8月25日，刘锦棠率部从吐鲁番出发西征，白彦虎自知不敌，乃决开都河以阻，清军师行泽国。直至10月7日才进到喀喇沙尔，9日抵库尔勒，皆是人去城空。清军粮食已馨，幸得当地人民“掘得窖粮数十万斤”，救了燃眉之急。清军疾进，所向披靡，10月18日克库车，毙敌千余人，数万被裹胁的群众被解救。至26日连克拜城、阿克苏和乌什。
  刘锦棠乘胜追击，12月18日攻克南疆重镇喀什噶尔。次年1月2日复和田，活捉引狼入室的叛首金相印，处以极刑。
  历时一年半，讨伐阿古柏的新疆之役，于1878年1月胜利结束。除伊犁尚为沙俄所据以外，新疆全部收复。“戎机顺迅，近罕其比”(《光绪朝东华录》)。此役粉碎了英俄企图肢解和鲸吞新疆的阴谋，为保卫祖国西陲边疆，立下了不朽的功勋。