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平叛之后，清军对派驻新疆的大臣官员实行考核制度，裁革南疆的陋规，对伯克的侵贪勒派严加禁止；同时整顿边防。清朝统一新疆后，为防止汉人会同维吾尔族人造反，在南疆一直实行民族隔离政策。不准南疆驻军官兵携眷，不准内地汉民及遣犯在南疆屯垦。通过这次平叛，使道光帝深刻认识到“屯田一事，实为安边便民、足食足兵之良法。”为此，他于道光十一年（1831年）下旨：“先将西四城可种之闲地，招民开垦，有原携眷者听之。……其防兵在戍既久，有自愿携眷安家者，亦听其便。数年之后，可成一半眷兵，一半换防之局，节费自属不少。”这是清廷在南疆屯田政策上的一个重大转变。
  屯田的先决条件，道光帝指出：“此时招开民屯，必须无碍于回众（维吾尔群众）生计;将来因屯募兵，必须无碍于边地操防”(《清宣宗实录》）。道光帝委派长龄、壁昌、玉龄等人在喀什地区大规模地开展屯田。
  道光时期的喀什屯田，主要在喀什噶尔和巴楚两县境内，另在莎车也有一块专门安置维吾尔族农民的屯田区。
  大河拐屯区御史钱仪吉和长龄在道光七年、十一年的奏议中提出：“试垦大河拐屯田。”大河拐一带有“空地一百余里”。准备来春先令原回民试种，如有成效，就陆续添设屯田，用其岁获粮食供军饷。钱仪吉在奏折中称:“南路兴办善后，非增兵不足以壮军威。而官兵即多，难尽取给于回部，自应仿照北路，开设屯田。喀什噶尔之东大河拐一带、傍乌兰乌苏河岸……可否于所调各兵内择其曾在伊犁、乌鲁木齐屯工种地者，酌留数百名，于大河拐一带筑数堡，使之居住。俟交春令，逐渐开垦”(《东华录·宣宗》)。道光八年春天，清政府派出“五百名回兵及回子（维吾尔族农民）五百名”(《东华录·宣宗》),在大河拐屯田生产。当年所种杂粮“已经成熟”。大河拐位于今疏勒县东北伽师县西面，包括今日的羊达曼区、夏甫桃区和英吾斯坦区。纵横六七十平方公里。
  在大河拐试垦成功的鼓励下，道光政府“准招募无业穷回及情原试垦之人，陆续认垦纳粮”（《同治户部则例》)。道光十一年九月(1831年），长龄进一步提出：“欲令守边兵丁实心出力，莫如屯田之法。……此时先将西四域可种之闲地，招民开垦，有愿携眷者听之。其回子地亩，亦不禁其租给民人耕种”(《东华录·宣宗》)，清廷批准执行。按此意见，屯田是为了驻防兵实心出力。政府应将西四城(喀什噶尔、英吉沙、莎车、和田）的闲地都招民开垦，带家眷志愿承垦的非当地居民(如汉、回）也可批准认垦。甚至维吾尔族农民的私有土地还可出租给民人(包括汉、回等)耕种。这与清政府前期严禁汉人到南疆西四城屯田，是一个很大的转变。长龄还提出，带家属耕种的人，有愿入伍者，“即准其充实名粮”(称之为“眷兵”)。防兵之中，驻防时间久，愿带家属参加屯垦的人“亦听其便”，道光帝均于赞许，认为是“安边、便民、足食、足兵之良法”。从此，清政府便在喀拉赫依(今疏勒县城的前身）、巴衣托海、阿奇克亚尔等地区，大规模地进行开垦。
  喀拉赫依屯区喀拉赫依约在道光八年至十一年(1828—1831年)开垦，屯民为汉、回族。巴依托海处克孜勒河东，有地67 200亩。因与“回庄毗连”，所以交给当地维吾尔族农民耕种，不准汉、回民人去开垦。河西的阿齐克亚尔，因距回庄较远，有地16 098亩，道光帝准“招民户（即汉、回）承种”(《东华录•宣宗》)。“自应设法迅速招徕”。道光十五年(1835年)喀什噶尔新城周围一带之喀拉赫依“换回地二百二十顷六十二亩零，招集民户五百六十户开佃，上年属升科之岁，该屯民已将道光十四年分应征小麦六百七石零全数交仓”(《清宣宗实录》)。据此测算:每户种地40亩。道光十一年开垦，三年升科，十四年起科征粮。每亩征小麦三升，比北路“征细粮八升少五升”。此垦区是汉族户民承垦，据王希隆先生考证，“喀拉赫依认垦的五百零六户应主要是商民”(《清代西北屯垦研究》)，这是有道理的。总之，自平定张格尔之乱后，克孜勒河大拐弯处的屯垦迅速发展起来。
  巴尔楚克屯区巴尔楚克位于阿克苏和喀什噶尔之间，扼“回疆要道……叶尔羌、喀什噶尔两河横贯东西，两岸多沃壤，可耕植”。清廷在平定浩罕支持下的张格尔叛乱之后，驻兵于此，并举办屯田，由于道光帝的重视，巴尔楚克的屯田迅速发展起来。
  1832年(道光十二年）叶尔羌参赞大臣壁昌与他的副将唐奉率1 000名士兵进驻巴尔楚克，壁昌“令唐副将带兵在此扎营，发给银1万两，纠工筑城，开渠引水，招民种地……不数月而成街市。
  近又搬眷民，生聚已成，所产麦谷，瓜菜，无一不佳”(壁昌《叶尔羌守城纪略》)。巴尔楚克的屯田，主要分布在毛拉巴什、赛克三、沙湖尔等地。即今巴楚县城周围及西南的良种繁育场一带，兵团农三师的51团等也在其境内。
  道光帝谕令:“添兵全在加意操防，屯田亦宜广为开垦，总需实力奉行，多一兵得一兵之力，垦一顷收一顷之粮”(《清宣宗实录》)。
  清政府除着力进行军屯外，还注意发展民屯。清廷谕:“巴尔楚克等处，旷土本多，应广招眷民，尽力开垦”(《东华录.宣宗》)。这里所说的眷民，主要是指招募关内的汉族带家眷的农民。由于这一政策的执行，两三年间“认垦之民，源源踵至”。
  巴尔楚克屯田有军屯，有民屯。关于军屯，我们仅知在道光十二年，壁昌和唐奉率士卒千名在此垦荒种地，开渠引水并筑城修路，军队是屯田的创业者，后来驻军增至3 000人之多。1838年(道光十八年)金和曾上奏:“巴尔楚克屯田，引用大河拐浑水，曲折有八百里之遥”(《清宣宗实录》)。这项巨大的引水工程，没有军队参加施工是不可能完成的。从以上看，军队参加了屯田，但耕地面积多大？收获多少？有待进一步考证。据王希隆先生称:“喀什噶尔、巴尔楚克都曾派兵设屯，但这两个屯区以后都招民认垦”(《清代西北屯田研究》)。这是可能的，但不会全部“招民认垦”，军队还应有自己的屯田。
  关于民屯，1834年(道光十四年）巴尔楚克已“开田二万四千余亩，共招种地民人三百六十名（户）”(《清宣宗实录》)。“每亩征收小麦三升”，“已于本年升科纳粮”（《清宣宗实录》)，年收赋粮700余石。随后又有屯民子弟200余名陆续参加营伍。1835年(道光十五年)清廷又从关内“招来眷民28户，已供给牛具、种籽，拨地耕种”(《清宣宗实录》)。
  由于屯田发展很快，收获颇丰，1838年(道光十八年)10月，道光帝谕：“巴尔楚克兴办屯田，该城土地广沃，历年开垦。著有成效”(《东华录.宣宗》)。对屯田进行了称赞。
  1845年(道光二十五年）。这里有熟地四万余亩，垦民200多户，人口近千。昔日荒漠之地，经过屯垦开发。一变而为“田畴弥望，城市喧闹”的富庶繁华之乡了。清廷称赞说:“回疆堪以招民之地，莫过于巴尔楚克。”1856年（咸丰六年）叶尔羌参赞大臣常清奏称:“巴尔楚克新垦荒地十一顷四十亩有奇”(《清文宗实录》)。屯田面积已经很大了。
  为了促进巴尔楚克屯田的迅速扩大，清廷照伊犁、乌鲁木齐废员效力之例，“准该废员等捐资报效，招致眷民……如办及百户，由该大臣等奏请鼓励”(《清宣宗实录》)。据《回疆开垦事务奏稿》载：“査巴尔楚克前此办理招民……十余年来，惟谈春台一员招至一百户，奏蒙恩旨，赏给六品顶戴释回。”可见在南疆招致眷民兴办屯田之难。
  总之，巴尔楚克垦区在道光咸丰年间是一个大发展时期。土地日辟，耕地面积迅速扩大，人口剧增，市场繁荣，屯垦范围从乾隆时期的巴尔楚克一地扩大到沙湖尔、毛拉巴什、赛克三等多处。巴尔楚克已成为南疆的一个大型屯垦区了。在1865年（同治四年)阿古柏入侵新疆当进攻巴尔楚克时，这里的屯民和军队一起，进行了英勇的抵抗，写下了誓死保卫祖国的可歌可泣的一页。
  可惜，巴尔楚克屯田的成功经验，一直未能在南疆推广。