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清军平定准噶尔部的战争还未完全结束，1757年(乾隆二十二年)大小和卓在南疆又叛乱抗清。
  当准部盛时，征服南疆各城，执伊斯兰教首领玛罕木特囚于伊犁，羁其长子波罗尼都、次子霍集占（即大、小和卓。和卓——圣裔的意思），使率维吾尔族农民为其耕种。1755年夏，清军平定达瓦齐叛乱，释大和卓波罗尼都，以兵护送南疆，使统辖旧部。留小和卓霍集占于伊犁掌管维吾尔族事务。后阿睦尔撒纳叛，小和卓曾助之。当1757年清军再定伊犁时，小和卓惧，率部逃到叶尔羌和喀什噶尔，以此为根据地，集其伯克、阿訇等公开叛清，自立为巴图尔汗。各城响应，维吾尔族数十万从之。惟库车、拜城、阿克苏三城之阿奇木伯克鄂对等不附逆，逃伊犁，其族被杀。清政府派副都统阿敏道率百余人去招抚，皆被杀害。
  清廷于1758年5月命雅尔哈善为靖逆将军，率满汉兵万余，由吐鲁番进攻库车，未果，命兆惠取代雅尔哈善平叛，相继攻克库车、沙雅、阿克苏、乌什等城。群众欢迎清军入城。10月间，定边将军兆惠率军4 000名直指叶尔羌。三战三捷。因兵少，乃结营于城东隔河有水草处，这就是有名的黑水营，敌以数万人轮番攻击，兆惠以三千余人坚守3个月。掘壕筑垒，又排水防淹，伐木为薪，得铅弹数万。更重要的是竟挖到一个大粮窖，保障了军需供应，使黑水营岿然不动。次年初，定边右副将军富德率援兵赶到，与兆惠一起兵分两路进攻叶尔羌和喀什噶尔。大、小和卓大惊，疯狂抢劫人民的牲畜和财物，向西逃去。清军穷追不舍，在霍斯库鲁克山、阿尔楚尔和伊西洱库尔附近三次大捷，降敌万余。大、小和卓率残部三四百人退到巴达克山，被擒获处死。至是，延续数年之久的维吾尔族农奴主贵族、宗教反动头目大、小和卓所发动的分裂祖国的叛乱，始告平息。南疆再次统一于祖国。当清军到达喀什噶尔时，当地百姓扶老携幼，牵牛赶羊，犒劳清军。他们说:“我们被准噶尔虐待了几十年，赋税繁重，民不聊生。大、小和卓忘恩负义，举兵反叛，使我们不能耕种和放牧。如今大军一来，我们总算得救了。”在平叛中，得到了柯尔克孜族人民的大力支持。当大和卓波罗尼都从喀什噶尔前往叶尔羌支援小和卓时，柯族人就袭击他的后方，使大和卓不敢前进。就在平叛过程中，柯尔克孜族归附清廷。其首领阿济比致书于兆惠说:“率诸部，自布哈尔迤东二十万人众，皆作臣仆”(《新疆简史》)。清政府在统一天山南北之际，一些边外部落、小国纷纷臣服，求为属国。其中有哈萨克、布鲁特(柯尔克孜）、浩罕（乌兹别克人在费尔干纳盆地所建立的小国）、布哈拉、塔什干、巴达克山、爱乌罕（今阿富汗境内）、乾竺特（今克什米尔坎巨提)等，幅员之广，远过明朝，盛于汉唐，是清朝极盛大的统一时期。
  在大、小和卓平定后，清政府为了社会安定，首先是减免赋税，使人民休养生息。对游牧为主的土尔扈特、和硕特人民，免纳牲畜税。哈密和吐鲁番的农民，免税粮赋。对南疆各城，税赋减轻“十存其四”。维吾尔族人到外藩贸易，原十分抽一，现降为二十分抽一，“回户休息更始，无不欢腾”。
  其次对伯克们削权力，封高爵。乾隆反对在维吾尔族设置“总管”。各城伯克们互不统属，直接由清政府派驻的伊犁将军和大臣管辖。这样，阿奇木伯克不但没有一个人能“总管”全族事务，而且在一个地方的伯克也很难独揽大权，横行无忌了。
  与此同时对伯克们也给以高官厚禄而拢络。对归附清较早的哈密、吐鲁番首领，以及在平叛战争中有功的伯克们，封给郡王、贝子、公、台吉等爵位。就是对一般伯克们所定的等级亦大大高于内地。如清廷惯例：知府为从四品、知州正五品、知县正七品。而沙雅尔、库尔勒、布古尔等三城，在嘉庆年间各有700户农民，相当于关内一个镇，而这三地的阿奇木伯克的爵位是三品。“州县官阶，尚居其下。”其三，于重镇设大臣，驻军防守。平定大、小和卓叛乱后，在喀什噶尔设参赞大臣，总理南疆八城事务。另设办事大臣，专理喀什及英吉沙尔事务。于1762年建徕宁城，驻军1 147人;叶尔羌设办事大臣，驻军886人；英吉沙尔280人;阿克苏设办事大臣，驻军758 人。
  清政府以为这样就可长治久安了，实际上后来南疆动乱迭起。
  重要原因之一就是在天山以北行之有效的屯田，在喀什噶尔、叶尔羌、和田未能很好推行。
  一、哈喇沙尔屯垦区乾隆二十二年(1757年)清军平定准部叛乱的西路军，为了保证清军侧翼的安全，派一部分绿营兵进驻哈喇沙尔屯田。从“吐鲁番屯田绿营旗兵”内，调一部分绿营兵“带种籽，于来春在哈喇沙尔或伊拉里克等处种地”(《淸高宗实录》)。次年，“用雅尔哈善、永贵等言，于辟展……哈喇沙尔规度官垦”(《清史稿·食货志一》）。可知二十年清军进驻哈喇沙尔，二十三年开始屯田。二十四年有屯地9675亩。四十二年（1777年)有屯兵362名，置屯地7 440亩，以参将督领。嘉庆末年:“屯工三处。头工在城东北六十里，屯兵七十一名，种地一千四百二十亩，由西北引开都河灌溉。二工在城东七十里，屯兵一百零一名，种地二千二十亩，由正西引开都河灌溉。三工乌沙克塔尔，在城正东二百二十里，屯兵一百三十名，种地二千六百亩，由东北察罕通格山沟内，引雪水灌溉。每年各屯共交粮五千九百五十二石一斗七升。”哈喇沙尔田官有:“游击一员，守备一员，千总一员，把总四员，经制外委三员”(《新疆识略•哈喇沙尔屯务》)。
  在平定大小和卓叛乱后，乾隆二十六年（1761年），清政府在哈喇沙尔举办回屯，分布在库尔勒和布古尔两地。屯户1200余户，每户种土地二十六亩九分，共种地3.5万亩，年征粮赋1 400石(《西域图志•贡赋》，《那文毅公奏稿》卷76)。后因一部分屯民拨赴伊犁，屯田减少，粮赋也减为982石。
  哈喇沙尔的民屯。嘉庆年间曲惠城(焉耆东135里)有户民报垦1 930亩。原厄鲁特部的土尔扈特和硕部屯田分布在开都河沿岸。
  哈喇沙尔也有发遣的犯人参加劳动，但为数不多。
  二、阿克苏屯垦区阿克苏有少量的军屯。乾隆二十七年(1762年），清军派绿营兵15名在阿克苏种稻，“稻屯在阿克苏东南，共一百五十亩，每年籽种二十九石，缴纳稻谷五百零二石三斗五升”(《新疆识略.阿克苏屯务》）。
  回屯创办于乾隆二十六年，后又陆续扩屯。由于“伊犁垦戍，又资接续，更移喀什噶尔等回众二千五百户屯阿克苏”(《清史稿•食货志一》)。由兆惠主持，每户拨地25亩，共垦种62 500亩。阿克苏所属库车也有回屯:“库车……归存官地，于入版图后，一体归民垦耕种者二百五十石种籽地亩”(《西域图志•贡赋》)。10亩籽种一石计，种地2 500亩。
  三、喀什噶尔屯垦区喀什噶尔，南疆重镇。乾隆二十四年（1759年），清廷平定叛乱，统一新疆后，在喀什噶尔设参赞大臣，总管南疆八城事务。
  乾嘉时期，喀什噶尔没有军屯，没有民屯，只兴办了几处回屯。
  乾隆二十六年（1761年），开始举办回屯。“喀什噶尔……归存官地，于入版图后，一体归民垦种植者，八百一石四斗有奇籽种地亩，内兼一易地亩，计征岁入十分之五，定额三千九百九十三石五升三合一勺”(《西域图志·贡赋》)。新疆有的地方计种不计亩，以每石种地10亩计，共种地8 010亩。当年，清廷决定在“叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏、乌什等城，增回屯，减兵额”（《清史稿•食货志一》)。参赞大臣招维吾尔族农民300户，在伯什克勒木(今疏附县城东四十里）屯田，垦荒种地10.8万亩。
  嘉庆十七年(1812年)六月“拨给喀什噶尔阿尔达什闲地四千亩，给道兰回子垦种，从参赞大臣范建丰请也”(《清仁宗实录》)。从以上资料看出，在乾嘉时期喀什噶尔的回屯规模约在10万亩上下。
  在喀什噶尔举办回屯的同时，叶尔羌也于乾隆二十六年办回屯，种地“一千二百八十三石六斗六升籽种地亩”(《西域图志•贡赋》)。以后回屯面积迅速扩大，到嘉庆二十年（1815年），“叶尔羌荒地，经阿奇木伯克迈哈默特鄂三等，开垦一千二百九十余顷”(《清仁宗实录》为了加强对回屯的管理，乾隆四十一年“令叶尔羌成丁余回，特畀耕地编户，凡千五百户为一所，三千户为一卫”(《清史稿•食货志一》）。
  四、和田屯垦区和田位于昆仑山北麓，古丝绸之路南路重镇。清代前期，主要军事行动在北疆，因此，兵力布署，屯田的兴办也主要在北疆，和田所以没有军屯和民屯，只有回屯。屯田兴办于平定大、小和卓叛乱之后。据(《西域图志•贡赋》卷34载:乾隆二十六年（1761年)“和田……旧存官地，于入版图后，一律归民垦种者，除沙碛地段不能耕作外，实可耕一万三千六十二石有奇，征税入十分之五，定额二千一百八十一石六斗”。以每石种籽可种10亩计，合130 600亩。
  规模是不小的。
  嘉庆五年（1800年）“和田所属各城，有粮无地之回民七百五十二户，并丈出官荒地二万零六百四十余亩……照前次分拨官地章程，按数拨给有粮无地之回户，均匀开垦”(《清仁宗实录》）。和田共有回屯垦地151 260亩，是南疆的一个大型垦区。
  总之，乾嘉时期，南疆仅举办了一些回屯。军屯在阿克苏只有15人，微不足道。焉耆屯兵只有362人，规模不大。民屯也只在焉耆有一点。乾嘉时期，清廷不允许驻南疆西四城官兵携眷永驻，不积极兴办军屯和民屯。而且对汉族人到南疆限制很严，只准汉族人民去有军队驻扎的地方，这样便于监视和镇压。即使有商人前去贸易，也只准驻于汉城附近，要领有准许经商的官票，时间也有限制，绝不允许在维吾尔族地区定居，以防止各族群众互相接近。这是乾嘉时期清政府的一个错误政策，后来付出的代价是沉重的。