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清军平定叛乱，统一新疆后，在伊犁大办屯田。除军屯、旗屯、民屯、遣屯外，还成功地举办了回屯。早在17世纪早期，准噶尔贵族就强迫南疆维吾尔族农民迁往伊犁种田纳粮，称为塔兰奇人，意即种地的人。由于连年兵祸，伊犁农民逃往殆尽，乾隆二十一年(1756年），兆惠率军进入伊犁时，仅见到维吾尔人三十余名(《清高宗实录》)。为了尽快恢复伊犁屯田生产，乾隆二十三年谕旨：“伊犁驻兵屯田，关系甚重，亦宜予为筹画。从前伊犁地亩皆回人耕种，今俟回城平定，即将回人酌量迁移，与绿旗兵参杂”(《清高宗实录》）。
  随即着陕甘总督杨应琚与兆惠赴伊犁、阿克苏等地勘察，筹画屯田，经商定：“派兵四五千人，回人一千户”(《阿文成公年谱》)，到伊犁屯田。
  《新疆识略•伊犁屯务》卷6记载：乾隆二十五年（1760年)春，阿桂“自带回子三百名，于伊犁河南海努克之地，分拨耕种”，这第一批到达伊犁的维吾尔人，是从阿克苏、乌什、赛里木（拜城县境)等地召募的。他们携带种子、耕畜、农具和粮食在500名官兵护送下，三月到达伊犁，随即整修渠道，开荒播种，这年播种虽晚，但仍获丰收，秋季收粮2 222石。“以播种计之，上地所获二十倍，中地所获十倍”(《清高宗实录》)。当年，家眷也送到伊犁。
  二十六年(1761年)第二批维吾尔农民共500户，其中阿克苏160户、乌什120户、赛里木13户、拜城13户、库车30户、沙雅30户、多伦150户，于二月到达伊犁。第三批200户，于六月到达伊犁。这时伊犁共有1 000户维吾尔农民进行屯田耕种。屯田的地方仍是以前维吾尔族为准噶尔部种田的地方，即伊犁河北的固尔扎、察罕乌苏、霍尔果斯河南岸的霍集尔、海努克、寄特木等地。由于土地肥沃，收成很好，南疆的维吾尔族群众，不少自愿前往屯田。到乾隆三十三年（1768年），伊犁回屯人数达到6 383户，（《西陲总统事略》)。各屯户数不一，均按地方大小而定，共九屯。海努克600户、喀什500户、博罗布尔噶苏1 100户、济尔格朗900户、塔什鄂斯坦400户、鄂罗斯坦600户、巴尔图海600户、霍诺海800户、达尔木图500户。在固尔扎建宁远城(今伊宁市），设三品至六品阿奇木伯克16人管理回屯。计户不计丁、计种不计亩，户给麦种一石、黍谷五斗二升。按当时每亩下种一斗，回屯6 000户计，种地约9万亩。每户岁纳租16石，共计9 600石。到1794年，主管回屯的保宁“以回子生齿日繁，增垦地面，情愿增加4 000石，以足十万石之数”(《新疆识略》）。到嘉庆时，已发展到3.6万人。