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八旗是清政府统治的重要支柱。在平定准部与大、小和卓叛乱，统一新疆后，八旗军大批地奉调移驻新疆，扼守边陲要地。如新疆当时的首府伊犁、军事重镇乌鲁木齐、巴里坤等地。他们主要担负着巡逻边防、守卡缉査、保护屯田、维持治安的任务。平时操练、战时出征、定期换防。满营兵丁因有粮有银，所以不屯田。而察哈尔、厄鲁特、锡伯、索伦四营兵丁则有银无粮，所有口粮，规定自耕自食。察哈尔官兵1 837名，皆在博尔塔拉河流域屯田；厄鲁特官兵1 200名，在伊宁县、特克斯至昭苏一带屯田；锡伯营官兵1 018名，在伊犁河南一带屯田；索伦营官兵1 018名，在霍尔果斯一带屯田。旗屯之初，每人种地8亩，政府供给籽种、牲畜、农具。自耕自食、不纳粮租。旗屯搞得最好的是锡伯营。乾隆二十九年（1764年)农历四月，从盛京抽调锡伯营官兵1 020人(家属3 275人）到伊犁驻防。
  乾隆三十一年(1766年），南渡伊犁河在察布査尔屯垦戍边。按“军政合一”的八旗牛录建制屯居(牛录:八旗组织的基本单位，努尔哈赤定300人为一牛录）。他们不领国家口粮，进行屯田生产，首先疏浚一条180里长的绰豁尔大渠，引水种地1万亩。很快实现军有粮、民有食，安居乐业。后来人口繁衍，原有的耕地就不够了。在锡伯族杰出的领袖锡伯营总管图伯特的领导下，从1802年开始，经过六年的辛勤劳动，修建成深一丈，宽一丈二尺，长200多里的察布査尔大渠，可灌溉7. 8万亩地。锡伯营的生活水平大大提高，在驻防伊犁的诸兵营中，最为富裕，每年陈粮储库1千万斤之多。在乌孙山下，“阡陌相连，村落相望”，成为屯垦戍边的楷模。
  满营兵丁最初不屯田，弘历年间虽曾有兴办旗屯的打算，但一直未办，灌溉缺水是一个原因，害怕兴屯后裁减粮钱也是一个重要原因。然而随着伊犁八旗人口的不断增多，特别是乾隆五十五年(1790年），清廷正式宣布伊犁驻防八旗不得再议增加兵额之后，八旗生计，日益艰难。伊犁将军松筠提议八旗应“按锡伯营屯种例，分畀旗兵地亩，各使自耕”(《清史稿♦太宗二》)，“永为世业，自耕自食，不纳粮租”(《新疆图志·赋税》)。嘉庆七年（1802年），松筠从满营中抽调360名闲散余丁屯田，效果良好。“乃于伊犁河北开渠，逶迤数十里。又于城西北导水泉，惠远、惠宁有水之地皆开渠”《清史稿·松筠传》)。到十四年（1809年），满营已屯田6. 4万亩。
  满洲旗营屯地，自嘉庆七年（1802年)兴办之后，分为两种。一种是“已分之田”，被分授各旗，每旗3 000亩，作为“自行管业”，由各协领、佐领派人进行耕种，每年所得之粮“由各旗分贍鳏寡孤独及贫乏各户，由将军衙门查核办理”。另一种“未分之田”，共4万亩。每年专派“协领职衔之佐领苏勒芳阿乌勒登布，督率八旗闲散，通力合作”进行耕种。“所得之粮总储一处，年终分给八旗，添补养赡鳏寡孤独及贫乏各户”(《钦定新疆识略•屯务》)。后因“未分之田”被视为公田，不愿精心耕作，收成较少。于是于嘉庆十七年（1812年)将灌溉有保证的2万余亩(其余地亩灌溉无保证），“分为八份,添入八旗已分田亩项下，均令各旗自督闲散耕种，以专责成”。清廷为保证旗民的生计，严禁旗地租佃或买卖。但后来这一制度被破坏。据《伊江集载》一书记载:“惠远城、巴燕岱(惠宁城)两处所开旗地七万余亩，赏给八旗耕种。后因不谙耕作，（准)其招佃纳税，每年收小麦六千石，抵放兵丁赡养……又巴燕岱收地租银1 300余两”。
  自此，租佃关系正式确立，闲散余丁不再屯田，大量旗地租佃给农民。