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清廷统一新疆后，边疆如何巩固？对准部如何统辖？都成为首要之事，从乾隆二十二年(1757年)起，清政府对边疆政策，发生了重大变化。 在清初期，新疆屯田主要是为了“裕军需，省转输”，服务于军事行动，是作为保障军粮供应的一个临时性措施。表现在当清与准噶尔矛盾尖锐了，就进军征伐，就组织屯田；待关系一缓和，就撤军，逐渐裁撤屯田。
  这个时期，对准部是采取“叛则伐，服则舍”的方针。叛乱平定后，除在西路巴里坤，北路乌里雅苏台、科布多等地屯兵以监督外，在准部腹地伊犁只留少量军队。主要靠封准部首领为王、为汗、为台吉而统驭诸部。乾隆帝最初的想法是:“亦惟欲按其四部，分封四汗，众建而分其势，俾之各自为守。”同时，“每年自京遣派大臣一员，前往巡査该处情形”(《清高宗实录》)。但两路大军刚撤，辉特部台吉阿睦尔撒纳即不满清廷的分封，“必欲为四部总台吉，专制西域，起兵反叛，各部上层喇嘛、宰桑蜂起应之”。定北将军班第所率500人在伊犁全军覆没。1755年冬阿再叛，定边右副将军兆惠率1500名士卒，从伊犁苦战到乌鲁木齐的特纳格(阜康），伤亡惨重，几乎覆没。两次惨痛教训，使乾隆痛感:“准部诸酋，甫受封赏，归辄叛。”(《圣武记》)体会到这个办法不能安邦定边。于是，平定准部后，决定变间接统驭为直接统辖，对新疆实行军府制。建军府于伊犁，设将军，集军政大权于一身，节制南北两路驻防官兵，抚绥属部，监督外藩，为统治新疆之最高长官。此外，乌鲁木齐设都统，伊犁、塔城、喀什噶尔各设一参赞大臣;其他诸城，各设办事大臣、协办大臣或领队大臣，分管各地的军政事务。自都统、参赞以下皆节制于伊犁将军。各地的伯克、扎萨克、州县长官及驻防官兵,都必须在军事上和政治上服从伊犁将军的管辖。同时在新疆驻屯大军，这一时期，全疆各地的军队经常保持在1. 9万人至2. 3万人之间。驻兵重点是天山北路，驻军多且为携眷永驻之驻防军》为了巩固边防，稳定新疆，采取“边防与屯政相维”(《清史稿•食货志一》)的方针。于是大兴屯田，屯垦戍边。清政府多次命令统军将领:“无分进剿、屯田兵丁，随到即令开垦地亩”，“以省兵粮运费”(《清高宗实录》)。把屯田作为长治久安的安边定国之策。随着平准战争的进展，每平定一处，随即屯田一处，巩固一处，从巴里坤起，逐步向乌鲁木齐，向伊犁发展。屯随兵兴，兵依屯饷，形成了一条屯垦区组成的边防带。