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清代初期西域的屯田，主要是出于平定准噶尔战争的需要。康熙帝玄烨三次出塞亲征噶尔丹，深切感受到长途转饷的困难。如魏源所说:“军事莫重于转饷，而转饷莫难于塞外”(《圣武记》)。为此，玄烨采用汉唐屯田办法。自康熙五十四年(1715年)清军进驻喀尔喀西部和西域(今新疆)东部后，清军与准噶尔的战局长期处于对峙局面，为了解决塞外军队的粮饷供应，玄烨命令两路大军屯田备边，由于资料所限，我们无法统计出屯田的总收获粮食数，仅就《清实录》中不完全的记载来看，也是相当可观的。基本上解决了塞外驻军的粮食供应，“裕军需于绝域”。又大大节省了转输费用。这一时期屯田的规模虽然不大，但其意义是深远的。
  首先，屯田的设置，巩固和加强了清军前线的防守阵地，有效地制止了准噶尔部的内犯。准噶尔部在策妄阿拉布坦和噶尔丹策零执政时期，势力达到全盛。向西征服了哈萨克大、中帐，控制中亚塔什干、撒麻耳干等城;南越昆仑，入侵西藏，据拉萨，锐不可当。然而同一时期，准噶尔曾屡次进攻哈密和喀尔喀地区，双方虽互有胜负，但战事基本局限于清军的前线阵地附近，使准部无法前进，充分显示了军事防守和屯田生产相结合的战略方针的正确。
  其次，为乾隆后来平定准部叛乱，统一新疆，进行了准备。康熙朝在西路屯田，在西域开军府于巴里坤城;雍正朝北路屯田，在喀尔喀设军府于乌里雅苏台城(今外蒙古扎布汗省会扎布哈朗特），使之成为西部、北部的军事中心。乾隆帝弘历两次出兵伊犁，平定准部叛乱，统一新疆，都是以巴里坤和乌里雅苏台为进兵基地和供应基地的。魏源在讲到清朝经营新疆时说:“圣祖(玄烨)垦之，世宗(胤禛)耨之，高宗(弘历)获之圣武记》)。道出了康、雍、乾三代经营西域的相互关系。
  再次，屯田对所在地区政治、经济发展具有重要的影响。喀尔喀蒙古和哈密维吾尔族在康熙朝先后归附清廷，并参与平定噶尔丹叛乱。以后一直首当其冲，直接受到准噶尔兵锋的威胁。清廷在前防阵地长期设屯驻防，保护了新附诸部免受准噶尔欺凌，使他们与清朝的关系得到加强。巴里坤大营辖哈密、吐鲁番等地，乌里雅苏台大营辖阿尔泰山以东，并建筑了科布多城，使这些地区人民得到了一个相对安定的环境进行生产，这是喀尔喀地区、哈密、吐鲁番乃至以后整个新疆长期统一于祖国的原因之一。屯田使内地先进的生产工具和农业技术迅速传入西域，促进了当地农业经济的发展，也为清代统一新疆之后的大规模屯田，积累了经验。
  但是，从康熙到雍正时期,新疆的屯田规模不大。局限在巴里坤、吐鲁番、哈密和额尔齐斯河一带。且时屯时撤，发展是不快的。
  这和康熙玄烨对待策妄阿拉布坦的态度有关。
  玄烨对策妄阿拉布坦，开始是友好的。当康熙十年(1671年），噶尔丹杀僧格次子而自立为汗时，策妄阿拉布坦身感危殆，向清乞降，“圣祖卵而翼之，使协力擒仇”(《圣武记》)，态度是友好的。
  康熙三十六年(1697年），穷途末路中的噶尔丹“仰药死“）一说暴病而死）。策妄阿拉布坦献噶尔丹之尸于清，且在清军征讨噶尔丹时，策妄阿拉布坦率劲旅伏阿尔泰山以策应，占领伊犁及额尔齐斯河一带，使噶尔丹回不了老巢。策妄阿拉布坦在平定准部叛乱中是有功的，给玄烨的印象是“外驯昵”。于是“划阿尔泰山以西到伊犁，俾捐游牧”。此时，清廷对策妄阿拉布坦是扶持的。以后复成西部大部落”。
  过了三年，策妄阿拉布坦欲征第巴(顾实汗及其子孙所委执掌西藏事务的官员），玄烨开始意识到策妄阿拉布坦“潜怀不靖”，引起警惕。遂大臣“因举汉赵充国所奏屯田事，敕所司留意”。这是因为要出兵解决万里之遥的策妄阿拉布坦，靠运粮不行，于是着眼于屯田。但只是说了一下，并未组织实施。
  康熙五十四年(1715年），准部兵2 000侵哈密，这才引起了清廷重视。立即组织北路和西路屯田，并加强了第一线的兵力。就在这时，也未下决心“犁其庭”。所以康熙六十一年(1722年），在清军胜利进军乌鲁木齐的情况下，策妄阿拉布坦看见形势不利，就找了“哲卜尊丹巴胡图克图代为请罪”。清廷就同意撤军了。说明玄烨并未决心用武力征服准部。基于这个态度，清廷对准部的方针是，服则舍，叛则伐”，“来勿纵，去勿追”(《圣武记》)的遏制方针。反映在军事行动上，当与准部矛盾尖锐时便进兵，缓和时便撤军，“旋罢旋调”;反映在屯田上是时屯时撤，规模不大，发展很慢。雍正时期，也基本是遵循了这一方针的。玄烨曾对胤祯密谕：“贼巢逖远，我师往则我劳，贼师来则贼困。惟有严兵诱致邀击为万全策”(《圣武记》)。
  所以当噶尔丹策零于雍正九年、十年两次东犯喀尔喀，遭惨败，元气大伤。十一年侵哈密，又受重创，不得已而向清求和。清军亦未乘胜追击，而是以准部“上年大创后，已远徙不敢深犯。我两路大军暴露已久，乃降旨罢兵”。北路筑城于鄂尔昆河，留戍兵屯田防秋，西路则戍哈密、巴里坤，仅备边防守而已。