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吐鲁番位于乌鲁木齐以东，“服属于准噶尔，岁有纳输”(常钧《敦煌随笔》卷上回民五堡）。康熙五十四年（1715年），清将军席柱在进军乌鲁木齐战役计划中提出：“吐鲁番与哈密接壤，且系策妄阿拉布坦咽喉要地，不可不先取”(《清圣祖实录》)。康熙六十年（1721年)七月，散秩大臣阿喇衲率军进驻吐鲁番，十二月，康熙帝谕:“吐鲁番现驻官兵，其可种之地甚多，总督鄂海、按察使永泰，在大将军处无甚事务，着前往吐鲁番地方，种地效力”(《清圣祖实录》卷295)。六十一年(1722年)正月，清廷从巴里坤调绿营兵五千赴吐鲁番“筑城、种地、驻防”(《清圣祖实录>)。雍正元年收粮9 330余石(《清世宗实录》）。雍正二年（1724年）收粮5 540石(《新疆识略.吐鲁番屯务>)。雍正三年(1725年)清、准议和，清军主力东撤，但“将种地兵—千名，暂留彼处，交于副都统克什图管辖”(《清世宗实录》)。当年收糜麦6 090石，不久便放弃了。
  雍正七年(1729年），清军再次进驻吐鲁番，在当地维吾尔人的支持下，屯田戍边。九年，宁远大将军岳钟琪奏称:“吐鲁番地方饶沃，宜广为屯种……屯种之农具、种籽，宜预为办运”(《清世宗实录>)。噶尔丹策零不断派军袭击围攻吐鲁番各城，巴里坤数次驰援。雍正十年(1732年)十月，清廷将吐鲁番人迁往瓜州。清军撤，吐鲁番屯田放弃。
  雍正五年(1727年)策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继位。
  噶尔丹策零黩武好胜，图谋向喀尔喀扩展，胤祯决定西北两路大军从科布多(今外蒙古科布多省会布扬图河畔)和巴里坤出兵会击伊犁。噶尔丹策零表示愿与清朝修好，缓兵期间，准噶尔出兵2万突袭西路清军，清与准部关系进一步恶化。
  雍正九年(1731年)六月，准噶尔派人到科布多清军北路大营诈降。说噶尔丹策零先遣部队不过1 000,现在科布多以西的博克托，不堪一击。清将贸然遣兵4 000奔袭，途中被早已埋伏在山中的准噶尔军队包围。清军的援军大部被紧紧包围在科布多以西200里的和通泊。这一役，北路清军损失惨重，一万多清兵，逃回科布多者仅2 000人。噶尔丹策零乘胜挥军突袭喀尔喀。喀尔喀亲王额附策零英勇善战，率蒙古兵2万夜半间道，黎明时分突自山上大呼压下，两军相遇于鄂尔浑河畔的额尔德尔尼昭(即光显寺）。激战3日，准噶尔大败而逃。光显寺一战，准噶尔部损失惨重，元气大伤，遣使请和。遂划定牧区界限，准噶尔部在阿尔泰山以西放牧，不得越过界东，而喀尔喀部在阿尔泰山以东放牧，不得越过界西。局势暂时得到缓和，以后维持了将近20年的和局。