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清顺治十年(1653年）巴图尔浑台吉去世，子僧格继位。康熙十年(1671年），僧格在内讧中被杀，噶尔丹自立为汗，野心勃勃地积极扩张。对外勾结沙俄;对内“兼并四部，蚕食邻封，其势日张”(《亲征平定朔漠方略》卷首）。欲吞并青海之和硕特部，“旋取青海和硕特车臣汗女”，以示和好。1677年，噶尔丹袭击拥护统一的和硕特部，杀其岳父车臣汗，“而占有其地”(《圣武记))。1676年，攻叔父楚琥尔乌巴什兼有四厄鲁特。1678年进兵天山以南,将察哈台后王伊斯玛叶勒汗及其家族掳去，扶立阿帕克和卓为南疆的傀儡王。
  1679年又领兵三万，侵占了哈密和吐鲁番，称雄西域。又思北吞喀尔喀(外蒙古），噶尔丹借故于1688年(康熙二十七年)夏，“领劲骑三万，逾杭爱山，突袭其帐”。这时喀尔喀蒙古土谢图汗部军民，因不堪以戈洛文为首的沙俄殖民军抢劫、搜捕和侵略，奋起反击。围攻被他们侵占的楚库柏兴(色愣格斯克），戈洛文一伙被打得抱头鼠窜，龟缩孤城。就在这关键的时刻，噶尔丹突然袭击喀尔喀，使土谢图汗部处于腹背受敌的险境，在噶尔丹和沙俄的夹击下，遭到惨败，倾国东逃。这一军事行动，是噶尔丹与沙俄密谋策划的。侵略军头子戈洛文在日记中供认:“卡尔梅克博硕克图汗(指噶尔丹)是根据陛下(指沙皇）的谕旨发动战争的，有大批的俄国军队，并有大批火器、大炮协同他们作战”(苏联科学院《十七世纪俄中关系》)。噶尔丹与沙俄勾结，由来已久，自1671年到战争前夕，“双方遣使书，往来不绝”。1690年初，噶尔丹遣使要求沙俄到克鲁伦河同他一起进攻清朝,噶尔丹对俄国人表示，“只要他们给他两千或三千哥萨克精兵和一些大炮，他就能够破坏中国在长城外的全部边境”(穆勒:《俄国历史资料集》卷1)。
  噶尔丹既统厄鲁特四部，兼有天山以南的回部、青海、漠北，据喀尔喀王庭，“控弦之士数十万，则益骄蹇”不奉命。1690年以追喀尔喀为名，选精锐东犯，五月兵抵乌尔会河。清政府派兵抵御，为厄鲁特所败。噶尔丹乘胜东趋内扎萨克蒙古地方，兵锋直指长城。
  康熙以“此人力强志大，必将窥视中原，至殒命不止，岂容泛视，置之度外”。明确提出：“断宜速灭，除恶务尽。”否则“烈焰费戢，必将燎原，积寇一日不除，则疆圉一日不靖”(《亲征平定朔漠方略》)。
  决心对噶尔丹进击。
  公元1690年，康熙亲统左右两路军出塞迎敌，破其“驼阵”，噶尔丹大败，得还科布多者，仅数千人。
  噶尔丹经过6年准备，自恃有俄国支持，于1696年率精骑三万，进至克鲁伦河。康熙统东、西、中三路进击，会战于昭莫多。噶尔丹精锐尽失，仅以数十骑逃遁。
  1697年,康熙三次亲征。此时，噶尔丹的腹地伊犁已为策妄阿拉布坦所据，南疆四部及青海先后离去，自阿尔泰以西，皆属他人。
  所属部落从者仅千人，皆老弱。其子赴哈密征粮被擒。左右亲信台吉，闻大兵将至，先后望风降清，密向导大军进剿。喝尔丹众叛亲离，走投无路，“遂仰药死”(《圣武记》)。
  平定噶尔丹叛乱，清军以分兵裹带粮食长驱进击，运粮大队跟随，三战皆捷。但在条件恶劣的朔漠征途中，已充分暴露出“千里运粮”的困难。1696年昭莫多会战时，清廷三路出兵深入朔漠3 000余里，中路和西路“兵士各赍八十日粮，给四马乘骑裹带。中路运输，先备车四千辆，后以车负过重，又增制一千五百辆车分载”。“络绎前进，长约百余里”。选派干练的左都御史于成龙、侍郎王国昌等督运粮食，天津镇总兵岳升龙等率兵护送。西路军途中遇雨雪后，“马既疲惫，粮多遗弃，兵士道中偃仆相继”(殷化行《西征纪略》)，渐有溃逃，“虽追斩之弗止”。西路军运输粮车与驼队载50日行粮尾大军行进。由于戈壁乏水草，牲口疲瘦，不得已将15日军粮留于途中。余35日粮以小车、胳驼继续转进。“于土地坚硬处，一日止可行三十余里地，沙碛岗阜处，一日止可行二十里，若遇大风冲击，不能逆风而行，随其所止”(《亲征平定朔漠方略》)。“虽再三严令按期将粮石转输军前，但终未能如愿。”西路大将军费扬古只得仰请中路转输军粮以接济，否则昭莫多会战是难以预期实现的。事后，康熙曾深有体会地说:“朕亲历行间，塞外情形，知之甚悉。自古以来，所谓难以用兵者是也。其地不毛，间或无水，至瀚海等沙碛地方，运粮尤苦，而雨水之际，樵炊颇难，区画不周，岂可妄动”(《清圣祖实录》)。
  可见塞外朔漠用兵，军粮供应之难。康熙三次亲征塞外，深深体会到长途运粮之艰难，这对以后的西域屯田有重大影响。