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朱元璋出身农民，深知民间疾苦，他总结了历代王朝兴衰的经验教训后提出：“兴国之本，在于强兵足食。”“养兵而不病于农者，莫若屯田”。“若使士兵坐食于农'，农必受敝，非长治久安之术”(《明太祖实录》。他在统一中国后，与刘基认真研究了历代军事制度以后，决定实行一种“兵农合一”，“将不专军，军不私将”的“卫所兵制”。在京师和各地皆设卫所。数府划一防区设卫，下设千户所、百户所。大抵6 000人称卫，1 120人称千户所，120人称百户所，百户所设总旗二(每总旗辖50人），小旗10人(每小旗辖10人）。军士有军籍，世袭为军。以大部屯田，小部驻防，军饷的大部分由屯田收入支给。其军官，卫称指挥使，所称千户、百户。各卫所分属于各省的都指挥使司（都司），统由中央的五军都督分别管辖。军籍归都督府掌管，军人不受地方政府管理。卫所制“寓兵于农，有事则战，无事则耕，暇则讲武”(《续文献通考》卷122)。卫所制也推行到边疆各地，其编制与人数，与内地卫所基本相同，但屯田尤为重要。否则靠内地运粮，难以为继。边地卫所分为一般卫所和羁縻卫所两种。与内地卫所不同之处是兼有管军、领土、治民之权。而内地卫所只管军事和屯田，不许参与民政。在边地卫所中，一般要委任少数民族头领提任指挥、千户、百户等职，史称“土官”。边地卫所军队主要用于反对外来侵略，保卫领土，平定叛乱，维护社会秩序安定。遇有小的战事，卫所自己应付，重大战争，则由中央派将挂印，率军征讨。
  永乐四年(1406年），明廷正式设立哈密卫。“永乐四年三月丁已，设哈密卫，给印章，以其头目马哈麻木火者等为指挥、千户、百户、镇抚；辜思诚哈只马哈麻为疆历”(《明太祖实录》)。为了使明政府的政令在哈密实施，卫所制得以推行，特命明廷官员“周安为忠顺王长史，刘行为纪善，以辅脱脱”。永乐三年，哈密忠顺王安克帖木儿为鬼力赤毒死，明廷命礼部遣官赐祭，“诏以脱脱袭封忠顺王，送还哈密”主政。脱脱系安克帖木儿兄子，“自幼俘入中国，上即位，求得之，抚养甚至。及闻安克帖木儿死，无嗣，欲以脱脱往嗣其爵，恐其众不从，尝遣回回可察吉儿等访其祖母速可失里及其头目。至是哈密告丧且请脱脱还抚其众。乃命脱脱袭封忠顺王，赐印诘、玉带、文绮。并赐其祖母及母文绮表里”(《明太祖实录》）。
  设立哈密卫，是明廷统一西域的一项重大决策。“中国立哈密卫有三要焉，断北夷右臂而破散西域交党，一也;联络夷狄而控之，二也;设险于边，保边无患，三也”(《纪录汇编.兴复哈密王国记》)。哈密卫的设立，对西域与中原的文化交流，各民族的友好往来，巩固祖国边疆，维护祖国统一，无疑是有重大意义的。