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明政府统辖西域的一个重要措施就是册封各部首领为王、为都督。除哈密王外，别失八里王、亦力把里王、吐鲁番王和瓦剌王等，都是明朝中央政府册封的，并颁发印信。
  据《国榷》卷13载：“永乐三年（1405年）四月庚辰，赐别失八里王沙迷査干。初，哈密安克帖木儿为鬼力赤毒死，沙迷査干问其罪，上义之。”永乐六年“遣祭别失八里国王沙迷查干。时，弟马哈麻嗣”。马哈麻者，元之余裔，袭封居此。永乐十四年(1416年)三月壬寅，马哈麻卒，仍封其子纳黑失只罕为王”。从此记述证明，别失八里数代王位，都是明中央政府册封的。
  天山北路之瓦剌，《元史》称为干亦剌，又作外剌。《语解》改作卫拉特。成祖时，尝封其首领马木哈等三人为王。永乐七年(1409年)夏，“封(瓦剌部首领)马哈木为特进金紫光禄大夫，顺宁王;太平为特进金紫光禄大夫，贤义王;把秃孛罗为特进金紫光禄大夫，安乐王。赐印诰”(《明史.外国九》)。
  明廷对吐鲁番首领的册封。永乐二十年(1422年)吐鲁番“酋尹吉儿察为别失八里酋歪思所逐，走归京师，天子悯之，命为都督佥事，遣还故土”(《明史·西域一》)。宣德三年（1428年）十二月甲午，“土（吐)鲁番城都督锁恪弟猛哥帖木儿来朝贡马，命为指挥佥事”(《明宣宗实录》)。
  此外，明朝中央政府还任命西域各地的头目为本地的都指挥、督佥事、指挥、千户、百户等官，管理本地的军政事务。地方官后代可以继承，但要经过明廷的任命才有效。
  明时，西域境内的哈密、吐鲁番、柳城、别失八里、亦力把里、于阒、哈什哈尔以及瓦剌，都经常派人向明廷进贡，有马、驼、玉石、皮货……等。明政府则赠给丝绸、金银等财物，每年使团有十次到数十次，人数最多时竟达1 800余人。
  西域诸国与明保持着从属的关系。明太祖对西域各部主张：“怀之以恩、待之以礼”(《明太宗实录》)。他在讲到与边境各民族的关系时称:“天下守土之臣，皆朝廷命吏。人民皆朝廷赤子”(《明史》)。“华夷之间，姓氏虽异，抚字如一”(《明太祖史录》)。明中央政府对边疆各民族，可谓礼义备至了。