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西域屯田有军屯，有民屯，元代西域屯田，主要是在平叛战争中进行的。民屯亦依附于军屯，其管理是以军屯系统为主。随着战争的发展、双方力量的消长，屯田管理也有变化，大体可以分为三个阶段。
  第一阶段：屯田初期。
  其管理机构是阿力麻里行尚书省。至元五年（1268年），元军大败海都，追击叛军至阿力麻里，随即开始屯田。这时元军一面戍守防止海都进犯，一面屯田，由军队统一管理。至元十二年（1275年)元政府任命安童以右丞相“行中书省，枢密院事，从皇子出镇北圉”(《元史·安童传》)。行尚书省，掌国庶务，统郡县，镇边鄙，分任军民之事，“凡钱粮、兵甲、屯种、漕运、军国重事，无不领之”(《元史·百官志七》)。这时新疆的屯田，统一由阿力麻里行尚书省管辖。其下则设有万户府、千户所、百户所。置万户、千户、百户以领之。屯田的基础生产单位是百户所。十人为一牌，设牌头。
  第二阶段:屯田兴盛时期。
  从至元十七年(1280年)开始，元政府于灭宋之后，腾出手来经营西域。不断增兵于西域，同时加强军政机构的设置。“忽必烈命阿只吉建牙别失八里以镇之，兼辖天山南路畏兀儿哈喇火者及哈密等处屯戍军事”(《蒙兀儿史记.阿只吉传》)。〔注:至元十四年，昔里吉劫北平王南木合，西北军中无主，元政府命阿只吉为西北诸军统帅，时间应在至元十四年以后。《哈密志》称是十六年〕。先后在九处进行屯田，这是元代屯田的兴盛时期。至元十九年(1282年)元政府又“置阿力麻里元帅府，领天山北路。至元二十三年(1286年)置别失八里元帅府(驻乌鲁木齐），领天山南路，又置火州、曲先元帅府，领吐鲁番、哈密至玉门、阳关以东”（《新疆图志•军制一》)。进一步加强了对西部元军及屯田的领导。以后根据需要又设置别失八里、斡端等处宣慰司都元帅府，几经变动，但屯田一直坚持到后期。
  第三阶段：屯田后期。
  元朝末季，国内民族矛盾、阶级矛盾日趋激化，人民起义如火如荼，遍及中华大地，国势倾微，无力西顾。天山北路逐渐为瓦剌所统，天山南路为别失八里所据。“于是创垂所遗，仅有威武王喃忽里镇守哈密等处畏兀儿地，分为柳城、火州、吐鲁番三万户，以万户府统之”(《新疆图志.军制一》)。这是在万户府管辖下的军屯，但已近尾声矣。
  西域的民屯大多依附于军屯，在阇鄘、斡端、可失哈儿、亦里黑、别失八里等地曾进行民屯。元政府曾征调柯尔克孜人到可失哈儿屯田，召募汉族农民到阇鄘屯田，组织工匠到斡端、可失哈儿屯田，蒙古贵族在征伐华北的战争中，俘获了许多汉族农民，其中一部分被迁到准噶尔盆地的南缘适于耕种的地区进行屯田，如孛罗(博乐）、彰八里（昌吉)等地种植小麦、黍、谷、稻等。特别是昌吉“广种稻麦，盛产瓜果”。从蒙元时期起，虽经战乱，但仍一代一代延续下来。 民屯的基层组织是社。元制，“凡五十家立一社，择年高晓农事者一人为之长”。督促农民开垦耕作，修理田渠，经营副业。“凡种田者，立牌橛于田侧，书某社某人于其上，社长以时点视劝诫”。“十年，令探马赤军，随处入社，与编民等”(《元史.食货志》）。可见“社”不仅是农民种田的基层组织，而且是民屯，以及探马赤军屯田的基层组织。
  元政府为了促进农业的发展，立奖惩制度，（大德)十一年“中扰农之禁，力田者有赏，游惰者有罚，纵畜牧损禾稼、桑、枣者，责其偿而后罪之”(《元史·食货志》)。
  西域军队屯田属元中央政府枢密院管辖，《元史•百官二》载：“枢密院，秩从一品。掌天下兵甲机密之务，凡宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之。”军队屯田，由枢密院直辖的有:左、右、中、前、后、武卫屯田，左、右翼屯田万户府，忠翊侍卫屯田左、右钦察卫屯田，左、右率府屯田，仁忠卫和宣忠扈卫屯田。“内立五卫，以总宿卫诸军，卫设亲军都指挥使;外则万户之下置总管，千户之下置总把，百户之下置弹压，立枢密院以总之”(《元史.兵制一》)。
  西域的民屯，属中央政府大司农管辖。《元史•百官三》载:“大司农、秩正二品。凡农桑、水利、学校、饥荒之事，悉掌之。至元七年始立。”发展新疆民屯除恢复生产、解决军民用粮之外，通过民屯，使大量漏籍人口得到清理，统编为屯户，稳定了边疆地区的居住人