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于阗在两汉时候，就是西域的大国，9世纪时，仍是一个独立的王朝。
  据公元872年于阗王给沙州节度使张议潮之侄的信件称自己是“大于阗汉天子”来看，当时的于阗也是一个独立政权，曾经称过“金国”，10世纪初称“大宝于阒国”。公元938年大宝于阗国的国王是李圣天，在本族称尉迟娑缚婆。是年，李圣天派马继荣到后晋朝进贡，后晋派张匡邺、高居诲使于阗，册封李圣天为大宝于阗国国王，后来曾派使臣到宋朝进贡。
  回鹘于840年前后西迁的时候，有一支到了于阗的新复州，在此居住下来。于阗国信仰佛教。喀喇汗王朝信仰伊斯兰教。为强迫于阗也改信伊斯兰教，双方进行了数十年的战争。于阗得到高昌回鹘、甘州回鹘和吐蕃的支持，喀喇汗王朝得到萨曼王朝的支援。
  双方进行了长期、激烈的战争，伤亡惨重。佛教军队曾一度攻占喀什噶尔。后来战争的主动权又转移到喀喇汗王朝手上。到1001年(宋咸平四年），于阒才被波格拉汗•哈仑的儿子喀的尔汗•玉素甫所攻占。从此，于阗成了喀喇汗王朝的一部分，并且改宗了伊斯兰教。
  公元1134年，西辽耶律大石派军东征，以肖斡里剌为兵马都元帅，率7万骑兵东征，首先进攻喀喇汗王朝首都喀什噶尔，喀喇军不战而降，东喀喇汗国亡。接着西辽军南下攻占于阗。又回军占领高昌回鹘。公元1134年，西辽军攻灭西喀喇汗国。至此，西辽占有西域，三国亡。
  从西域多国并立到西辽占领期间，西域屯田中断，前后共370多年。