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魏晋时，中央设有大司农，统太仓、藉田、导官三令，襄国都水长，东西南北部护掾曹掌管全国的仓储、农业、水利及屯田。西域屯田除受大司农管辖外，还受敦煌太守的领导。在西域负责组织屯田的是西域长史和戊己校尉。长史直辖楼兰的屯田，戊己校尉主管高昌的屯田。
  从西汉起，主管西域军政事务的是西域都护，从东汉延光二年(123年)起，安帝以班勇为西域长史，不再设都护之职，以长史行都护之权。魏晋依东汉制，不再设西域都护，仅设长史，统辖西域诸国。
  西域长史也称都督。设长史府，府治楼兰(一说晋时设海头长史府下设有属吏三四十人。
  沙畹先生的《汉文文书》728号简记有：“功曹史赵伦，主簿梁鸾，录事掾曹，监量掾曹。”第743号木简记有:“领功掾曹梁鸾、关主簿，张龟省。”758号木简有:“铠曹谨条。”第412号木简有:“辞曹。”孔拉迪的《斯文•赫定在楼兰发掘的汉文文书和其他小件文物》一书第49号木简记有:“泰始五年(269年)十一月九日仓掾曹李足，监食苏良，奏曹史淳于仁，兵曹史靳仁，从橡位张雅。”同书纸文书18—2记有:“医曹。”马斯伯罗的《汉文文书》247号记有:“水曹，督田椽鲍湘，张雕言事。泰始三年(267年)二月廿八辛未言。”从以上木简、文书可知长史府的属吏主要有:主簿管秘书，督邮管监察，录事管书记，督田椽管生产。还有诸曹散吏。如:功曹管纲纪，奏曹管奏议，辞曹管诉讼，法曹管邮驿，尉曹管卒徒转运，赋曹管伐盗贼，决曹管刑法，兵曹管兵卒，铠曹管武器，金曹管货币盐铁，仓曹管仓谷，水曹管水利，医曹管医药等。
  以上属吏设置说明，长史既要管理军政事务，还要管理生产、水利、仓储等屯田事宜。
  西域长史府下还有武将，称督将。各将领兵二三十人，称营部。
  又称将某部。是屯田生产的基层单位。楼兰出土文书中记载屯田将官有:尹宜、张佥、梁襄、史顺、狄讳、周異、张禄、张忠、陈颠……等十余人。
  戊己校尉，西汉时设置，由中央政府任命，东汉、魏、晋相沿，在西域主管屯田戍边。西汉时受西域都护节制，东汉延光二年改设西域长史后，长史和戊己校尉同时受中央和敦煌太守领导。魏晋时的西域戊己校尉驻高昌，负责组织屯田和保卫边疆。
  魏晋时西域屯田，主要是军屯。按生产者的不同，可区分为戍卒型屯田；田兵型屯田；士家型屯田和罪犯型屯田。
  戍卒型屯田，主要是指第一线的边防部队进行屯田。担任边防任务的部队，以戍为主。同时利用余暇时间进行屯田生产。平时屯田，有警出征。高昌屯田主要属于这种性质。
  田兵型屯田，这主要是指驻屯比较安定环境的部队。且耕且戍。如有大的军事行动，则参加作战。小的军事行动则由专责戍边的部队去应付。尼雅的屯田属于这种性质。但他们要和第一线的部队定期轮换。
  士家型屯田，这是军人家属所进行的屯田。魏晋时，西域驻军不少军人和官吏带有眷属。马斯伯罗的《汉文文书》第290号纸文书记载有楼兰戍卒带家眷的情况。“蒲壕窦成年卅，妻妈申金廿七，息男蒲笼年六□死。蒲壕隃林年卅、妻司文、年廿五，息男皇可笼，年五。蒲壕漅支，年廿五，妻温宜□年廿，息男奴斯，年卅(？），五口死。□□葛奴、年五十，妻句文，年四十。”将能劳动的家属组织起来，进行生产，谓之士家屯田，以解决自己的粮食供给。
  罪犯型屯田，是政府发配西域的人犯及其家属在监督下的屯田生产。魏晋时期亦如汉时一样，将重刑罪犯及其家属发配西域屯田。如曹魏灭蜀之战的名将邓艾，公元264年被冤杀后，“徙艾妻子及孙于西域”(《三国志·魏书·邓艾传》)。
  西晋时，西域屯田使用牛耕地，且重视耕作技术。管理严格，春播及灌溉进度要及时上报，年终依收成丰歉，进行奖惩。