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西域屯田是随着西域形势的变化，由小到大逐渐发展起来的，屯田的管理系统也是逐步完善的。大体分为两阶段：第一阶段在西域都护府成立前，多是由汉廷临时指派。公元前101年在轮台进行屯田，是由“使者校尉”负责的。公元前77年在此屯田的负责人是扜弥太子赖丹以校尉的身份在此管理屯田。公元前68年，在渠犁屯田是由侍郎郑吉、校尉司马熹管理的。在楼兰屯田开始“遣司马一人”，后来又“更置都尉”。从以上可以看出，开始在西域屯田的负责人并不固定，有使者校尉、侍郎、司马校尉、都尉等。但有一点是共同的，都是武官，说明屯田与军事的关系是异常密切的。
  第二阶段。公元前60年，匈奴日逐王降汉，“僮仆都尉由此罢”，汉统一西域，设西域都护府，“屯田校尉始属都护”。公元前48年在车师设戊己校尉，管理屯田，管理系统逐步完善。