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西域屯田是随着西域形势的变化，由小到大逐渐发展起来的，屯田的管理系统也是逐步完善的。大体分为两阶段：第一阶段在西域都护府成立前，多是由汉廷临时指派。公元前101年在轮台进行屯田，是由“使者校尉”负责的。公元前77年在此屯田的负责人是扜弥太子赖丹以校尉的身份在此管理屯田。公元前68年，在渠犁屯田是由侍郎郑吉、校尉司马熹管理的。在楼兰屯田开始“遣司马一人”，后来又“更置都尉”。从以上可以看出，开始在西域屯田的负责人并不固定，有使者校尉、侍郎、司马校尉、都尉等。但有一点是共同的，都是武官，说明屯田与军事的关系是异常密切的。
  第二阶段。公元前60年，匈奴日逐王降汉，“僮仆都尉由此罢”，汉统一西域，设西域都护府，“屯田校尉始属都护”。公元前48年在车师设戊己校尉，管理屯田，管理系统逐步完善。
  汉在西域屯田是和军事一体化进行的。屯田长官既是屯田的组织者，又是军事指挥员。“田卒”既是屯田的劳动者，又是汉驻西域持刀戍边的士兵。其管理系统有：
  1.西域都护。
  都护是汉在西域的最高军政长官，也是西域屯田的最高负责者。《汉书•百官公卿表》有“西域都护，加官，宣帝地节（当为神爵)年初置。……有副校尉，秩比二千石,丞一人，司马、侯、千人各二人
  2.校尉、都尉。
  西域的屯区也称田官区。“都护治乌垒城……与渠犁田官相近”。“渠犁田官”即“屯田校尉”(《西汉会要.职官二》)。如车师前部田官为戊己校尉。也有的田官是都尉，如伊循的田官为都尉。校尉、都尉均可设府，有属吏。戊己校尉有“丞、司马各一人”。除“丞”外，还有“史”。王莽时匈奴寇车师，时戊己校尉刀护“遣史陈良屯桓且谷备匈奴寇，史终带取粮食，司马丞韩玄领诸壁”(《汉书.西域传》)。
  除戊己校尉外还有戊校尉和己校尉。公元74年，东汉明帝派耿恭为戊校尉，率士兵到金满屯田。关宠为己校尉，率士卒到柳中屯田。
  楼兰简中还有“河平四年十一月庚戌朔辛酉□守居卢訾仑车师戊校”的记载。
  3.曲侯。
  《汉书•百官公卿表》记载：戊己校尉下有“侯五人，秩比六百石”。《后汉书•百官志》载:“大将军营五部，部校尉一人，比二千石……部下有曲，曲有军侯一人，比六百石。曲下有屯，屯长一人，比二百石。”曲是都尉、校尉属下一级屯田组织，主管官称侯或曲侯。如楼兰简有:“□者马君在部后曲侯尊丞商会史利”的记载。
  戊己校尉有“侯五人”，即五个屯田区之长官。楼兰简称作“曲侯”，而曲侯又分属校尉之别部司马代管。
  据以上所述，西域屯田的管理系统大致如下：、东汉后期，废除西域都护，设西域长史和屯田司马，负责屯田事宜。