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清代新疆的民族医药学得到了一定发展，通过丝绸之路，新疆地区和内地的医药学知识得到了进一步交流。
  首先新疆维吾尔医药学继续发展，创造了一些特殊治疗方法。
  如由于新疆地区所处的特殊自然环境，维吾尔医发明了“水疗、“气疗”、“热沙疗”等特殊疗法治疗疾病。《西疆杂述诗》中记载:阿克苏北行百里的特克和鲁温泉，四季水热，通过温泉浴能祛除寒疾、疮癣。有诗云：“洞里清泉何足奇，温炎偏在雪山陲，几时洗去人间浊，四海疮痍起殆危。”43此外，尚有库车东北部的齐木奇塔什火山，有诗赞云唐书龟兹国，北倚阿羯田，山亦曰白山，常有火渭此。”44此山不仅盛产硫磺，而且山腰部还有口径尺余的多处小洞口，四季冒烟、喷火气，当地维吾尔族居民不但在其洞口煮饭烧水，而且还用此医治寒湿风疾。其他如吐鲁番七泉湖温泉、博乐温泉、伊犁火龙洞等都是新疆地区闻名的医治寒湿疾病圣地。尤其是吐鲁番火焰山下的沙疗，更是负有盛名的维吾尔医传统疗法。在每年的七八月份，天气炎热，维吾尔医生把患有风湿性关节炎和其他一些属于寒湿型腰腿病的患者，将其患病部位埋在热沙之中，借沙子的热力，祛除寒湿病邪，往往会收到意想不到的效果。时至今日，每年盛夏，全国各地的风湿病患者，甚至有部分国外患者，千里迢迢，来到吐鲁番火焰山下的沙疗医院，接受热沙疗法治疗。而这种独特的外治方法，正是清代新疆维吾尔医生在内地兴起的外治疗法的启发下，结合新疆的实际自然环境所创造出来的行之有效的治疗方法。
  维吾尔医的精湛医术，曾引起清乾隆皇帝的高度重视。乾隆二十年，乾隆皇帝曾派宫廷御医专程到新疆叶尔羌河一带收集维吾尔医生的有效验方，当地维吾尔医生莫洛哈比文将自己多年总结出来的、专治头痛病的有效药方“帕舒药方”奉献给乾隆皇帝45，说明当时维吾尔医药学已具有相当高的水平。
  在清代，传统的古代蒙医药学随着经济文化的发展也有了进一步的发展和提高。在原有古代蒙医的基础上，进一步吸收了藏医的理论和经验，同时接受了汉、回、维吾尔等各兄弟民族医学的影响，编写了数十部蒙医古典著作。藏医传入蒙古地区以后，大大丰富了蒙医的理论和临床实践，推动了蒙医的发展。随着藏医的传入，在蒙医内部出现了三个不同的学术派别，即传统的古代蒙医学派、藏医学派和近代蒙医学派。通过各学派的争鸣，使蒙医药学进入了一个新的发展阶段。古代蒙医学派是13世纪以后形成的古代蒙医学的继承者，他们有骨伤科和饮食疗法等方面的丰富经验，著名正骨医师觉罗•伊桑阿、外科医生和著名正骨医师淖t济•墨尔根等人是这一学派的突出代表人物；藏医学派是藏医经典著作《四部医典》在蒙古地区广泛传播以后，坚持这一理论的人日益增多，而逐渐形成的一个学派，它与古代蒙医学派进行争论，他们有较高的理论水平，其中有很多人精通《四部医典》，撰写了许多医学著作；近代蒙医学派是17世纪末叶18世纪中叶的新兴学派，他们主张古代蒙医同藏医相结合的观点，这些医家既熟悉古代蒙医的传统医疗经验，又精通藏医《四部医典》的理论，他们整理编写了许多蒙医著作，在著作中吸收了以“三邪”学说（赫衣、布拉、巴达干）为主要内容的医学理论和经验，并进行整理和验证。清代，涌现了很多著名的蒙医药学家，留下了《方海》、《四部甘露》、《蒙药正典》等几十部古典蒙医巨著。在医学教育方面，曾先后举办了十几所蒙医学校，培养了不少的蒙医师和蒙药师46。
  清代，藏医药学也获得了相当的发展。公元1642年，阿旺洛桑嘉措在拉萨建立起甘丹颇章王朝，第五世达赖喇嘛曾责成尼汤、仲钦、洛桑嘉揩等在拉萨创办藏医学校，学习《四部医典》，同时还下令复办日喀则藏医学校，主要教材也是《四部医典》。数年后，德西、桑结嘉揩又在布达拉山对面的药王山上另建一所藏医学校，当时的学习内容为《四部医典》和新开设的《增补四部医典秘诀本集》、《草药秘方》等课程，并在布达拉宫的哈旺角设立高级医学讲座，经常聘请各地名医前来讲学。清代还大量印行藏医古籍，其中有狄玛•丹增平揩撰著的藏医经典《晶珠本草》上、下两部，共收载二千余种藏药，内容丰富，分类方法又相当科学，所以至今仍是研究藏医的重要参考书。同时，在清代新出现的藏医流派有直贡学派和西康学派。直贡学派的代表著作有《验方精华》、《验方宝库》等，这一学派是公元17世纪中期，由直贡、曲札在默竹工卡地区的直贡寺创立的，并在直贡噶举所属各寺庙中流传;西康学派的代表著作有《永恒的宝珠》、《临床甘露滴》等，这一学派是公元18世纪初期，由司徒、曲吉琼奈在昌都德格地区创立的。直贡学派和西康学派的学术思想均渊源于藏医南方学派，不过由于西康学派靠近内地，较多的吸收了内地中医药学的内容47。
  新疆各民族医药学的发展，保障了各族人民的身体健康，同时通过丝绸之路，源源不断地传到内地，丰富了中国医药学知识宝库。在清代的中医药学著作中曾详细记载了这些宝贵的民族医药交流情况，其中以赵学敏的《本草纲目拾遗》记载最详。
  赵学敏48，字恕轩，号依吉，乳号利济，钱塘人，约生于公元1719年，卒于公元1805年。赵学敏的父亲曾任盐官和知县，他原希望聪明好学的赵学敏攻读儒学，走科举仕途之路，而对学业一般的次子则安排学医，故家中除了四书五经之外并购置了不少医书，如《灵枢》、《素问》、《伤寒杂病论》、《针灸甲乙经》等，还在家院里专辟一处“养素园”种植药草。赵学敏自幼“性好博览，凡星历、医、卜、方技诸学，间亦涉历之”，还常和弟弟在“养素园”中栽种观察各种药物，默画铜人图游戏，渐渐对医学产生了浓厚的兴趣，常常背着父亲丢下四书五经而看医书。父亲禁止不得，只得听之任之。后来赵学敏决定放弃考科举而立志于医学。赵学敏不知疲倦地阅读钻研，夜间“焚膏继之”，“尝篝灯帷中，藏书夜观，煤积翠帐皆黑”。他还认真地摘录书写，“久而所积溢簏外，束庋阁上，累累几千卷”。赵学敏中年以后，他走出家园，到民间去向农民、草医、药农等请教，先后到过平湖、奉化、余姚、临安、上虞等地,直到古稀之年仍不断请教于民间。在长期的医疗实践中，赵学敏认为民间医生身背药箱，走街串巷，有着丰富的防病治病经验。“谁谓小道不有可观者欤？ ”于是与走方医赵柏云合作，总结整理民间治疗经验，编成《串雅》内外编。赵学敏非常敬佩李时珍，“瀕湖之书诚博矣，然物生既久，则种类愈繁”，《本草纲目》问世已有一百多年，必须及时进行补充。若“此而不书，过时罔识”。因此他决心要拾《本草纲目》之遗，用了近四十年的时间，査阅了六百多种书籍文献，请教了“辛苦劳碌之人”、“某仆”、“某妪”、“上人”、“渔海人”等二百多人，并亲自栽种和尝试了一些药物，最后编著成《本草纲目拾遗》一书。这是继《本草纲目》之后我国又一部有重要价值的药物学专著。赵学敏治学态度严谨，他说：“草药为类最广，诸家所传不一其说，予终未敢深信，……兹集闲登一二者，以曾种园圃中试验，故载之。否则宁从其略，不敢欺世也。”有的则写明“惜不能亲历其地为之细核，附笔于此，以俟后之君子考订焉。”此外，在医疗实践和医德修养方面，赵学敏亦颇多可学之处。赵氏看病必详细记录病者之姓名、年龄、性别、发病原因和病状，患者服药期间常往探视，以观察病情变化，用药的反应，并比较药物的用量和性能，一一记录，以便进一步总结提高。由于赵氏观察细致，善于总结，终于发现了一些前人未能确诊的疾病和治法，如顿呛（即今所谓“百日咳”)即是赵氏首先提出的。赵氏见多识广，医药知识丰富，除了《本草纲目拾遗》、《串雅》等著作外，还著有《医林集腋》、《养素园传信方》、《本草话》、《花药小名录》等十种,合称为《利济十二种》共一百卷。这些著作有从前人医书上精选的验方，有亲友传授的单方，也有他自己行医多年经验的积累，还有他对各种中草药的别名、俗名、隐名的考证。可惜封建统治者不重视医药事业，赵学敏行医一生，穷困一世，除了《串雅》和《本草纲目拾遗》这两部书被人辗转传抄留下来以外，其他都因无力刊刻而失传了。但在日本人丹波元胤所编《中国医籍考》中可以査到这些书的书名。
  赵学敏在公元1765—1803年著成的《本草纲目拾遗》十卷49，与李时珍的《本草纲目》相比，药物的分类取消了“人”部，增加了“藤”、“花”二类，把“金石”类，分为“金”部和“石”部，共载药九百二十一种，其中七百一十六种是《本草纲目》所未收载或叙述不详的。
  作者称该书“专为李氏之遗而作，凡纲目已登者，或治疗有未备，根实有未详，仍为备之。”《本草纲目拾遗》收载了许多民间有效验的草药，至今仍有实用价值。如清热解毒的白毛夏枯草，“外科圣药”千里光，强心的万年青，治疗跌打损伤的接骨仙桃，补血活血、舒筋活络的鸡血藤等。书中还收录了五十余种外来药物，如治疗疟疾的金鸡勒（奎宁的原植物）、治疗咽痛失音的胖大海、清热利咽的金果榄以及强水、刀创水、冲鼻水、日精油等外用药物，还记载了一些西方药露的制作工艺，这些都在一定程度上反映了该书的时代特色和作者比较开明的医学思想。此外，书中论及了生物在发展过程中的“变产”，如“石斛一也，今产霍山者，则形小而味甘；白术一也，今出于潜者，则根班而力大，此皆近所变产。”说明作者已初步具有生物进化的观点，这是十分可贵的。总之，《本草纲目拾遗》是继《本草纲目》之后，又一部具有重要价值的药物学专著，它总结了 16世纪后到18世纪前近二百年间的我国药物学发展的新动态、新成就。
  在《本草纲目拾遗》中记载了不少新疆各族人民特殊的食品疗法以及新疆地区的地产药。如《本草纲目拾遗•兽部》卷九下•二十二页记载：“七葛，《回疆志》出伊犁西番一带，用马乳装皮袋内，以绳绘口，手提袋提压半时许，放于热处一夜即成，名之曰七葛。饮之热而补人，若日日服之，有返老还少之功云。性热，补虚贏，体力怯弱者宜之。”50《本草纲目拾遗•兽部》卷九下♦二十三页记载：“貂尾，貂出西北塞外,食松粟，即南中松狗之类，其行捷，穿树枝如飞，盖以尾为用者，故其力在尾。纲目貂鼠条，止载其皮毛，拭目去眯，而遗其尾，故为补其功用。冻疮用貂尾，烧存性，为末，掺烂处自愈，未破者用旧貂皮毛煅研，香油和搽。”51《本草纲目拾遗•虫部》卷十•四十七页记载：“雪虾蟆，《忆旧游诗话》巴里坤雪山中有之，医家取作性命根源之药。军中人争买之，一枚价至数十金，且不易得也。朱退谷曾于吴门见之，云：遍身有金缐纹，其形绝似虾蟆。
  性大热，补命门，益丹田，能回已绝之阳，功兼参附，火盛者不可服。
  内造伏虎丹，《秘方集腋》，兴阳、种子、强肾、助神。用真川贝母四两，须四制，第一次用大附子一个，童便一汤碗，蒸，切细，干，烧酒三汤盌，韭菜汁三汤盌，同入砂锅，将贝母煮干，去附子不用；第二次用雪虾蟆一两，无，则以大蛤蚧一对代之，用石敲碎，亦用烧酒、韭汁各三碗，同贝母煮干，去蛤蚧不用；第三次用吴茱萸一两，亦用酒、韭汁各三盌，同贝母煮干，去吴茱萸不用；第四次用公丁香五钱，亦用酒、韭汁各三碗，同贝母煮干，去丁香不用，制完，其贝母烂如泥，置石臼中，再入真阿芙蓉一钱、乳制蟾酥三钱、麝香五分，拌匀，作条，焙干，收贮，用时唾津磨搽。雪里虾蟆，性热，微辛,壮阳，谷部冷，痿弱能兴。”52《本草纲目拾遗•禽部》卷九中♦九页记载：“雪鸡，生西陲，千百成群，栖止雪中。《西域闻见录》云：喀什噶尔雪鸡群飞，极肥，美人，以为食，惟性燥耳，入药雄者良。暖丹田，壮元阳，除一切阴寒痼癖之疾，较雪莲尤效《本草纲目拾遗•火部》卷二•二十四页记载：“烟筒中水，俗名烟油，按烟油一名烟膏，味辛，微毒，……诸城刘仲旭少府云：西北口外，出一种毒虫，名曰蜢虫卜，状如土中䖟蝇，人出遇之，即触人面，不论何处，被其触者，亦不甚痛，顷觉眶四围出细蛆，食睛膏，痛不可忍。彼土人治法，惟取烟杆四五枝，折取烟油，涂目内，忍痛片时，其蛆皆死，然后再用温水洗去烟油即愈。《椿园闻见录》载:挞拉巴哈合即准噶尔故地，夏多白蝇为害，触人畜眼角，辄遗蛆而去，非以胶粘之不出。按《常中丞笔记》云：西北台站及伊犁等处，出一种野蝇，扑人面，若被其触者，眼角内即出蛆虫，痛痒异常，因此成瞽者，土人多以烟油涂眼角治之，然疾愈后，目亦红肿数日不消，总不如蒙古治法，以鱼胶一块，向眼角粘出之，又不损目，较烟油为佳。”54《本草纲目拾遗•草部下》卷五•八十三页记载:“一枝蒿，绍郡府佐李秉文，久客西陲，言巴里坤出一种药，名一支蒿，生深山中，无枝叶，一枝茁土,气味如蒿，四月间，牧马卒驱马入山，收草携归，煎膏以售，远客有贩至兰州货卖者。活血解毒，去一切积滞，沉痼阴寒等疾，驱风理怯。”55《本草纲目拾遗♦果部下》卷八•三十一页记载酒杯藤子，出西域，藤大如臂，花坚硬，可以酌酒，文章映沏，实大如指，味如豆蔻，食之消酒，相传张骞得其种于大宛。甘、辛、平，无毒，消食下气，消酒止渴，辟邪疟，消痈肿，杀蛔虫，治尸蛀、劳瘵、虫蛊、瘰疠、瘿瘤、结核、痈疽溃烂，食果成积，用酒杯藤子烧灰，糖拌，服下五七钱自效。饮酒过量成疾病，用酒杯藤子煎眼极验。”56《本草纲目拾遗•诸蔬部》卷八•九十九页记载：“沙葱，《西北游记》曰，口外沙石中生野葱，一名枵葱，一名沙葱。石楞中所产，故名〓；沙碛中所产，故名沙。其叶与家葱同大，更过之，味辣于家葱。根绝似蒜头大，更过之。味亦辣于蒜，善食辣辛者，不能整一枚。虽细如草莛，攒生于沙碛，甚密。醃之调羹，胜如韭，雉羹、兔羹尤宜。又有沙葱草与沙葱相似，人食之心迷乱，马食之腹隐痛，惟宜于〓驼。采者折以辨之，沙葱本脆，折易断；此草柔初难折。入药取根。《西域闻见录》、《尔雅》云:斯类野蒜，头大如鸡子，叶如葱而不中空，味辛，甘肃人呼为沙葱，回人嗜之。宽中下气，消食解肌，活血发汗，表风寒，滌宿滞。”57《本草纲目拾遗•诸蔬部》卷八•一百一页记载：“刺儿菜，《西北游记》曰即内地之紫花地丁，俗呼刺儿菜。叶如柳有刺毛，夏开紫花，生平地者起茎，生沟壑者起蔓。内地处处有之生，口外沙漠者，花开于夏至后，大如蒜头，色紫可爱。人多采食之，暮春萌芽之际，挖其根，状如大枝人参，色较微白，巨者如芦菔，烹调适口，诚塞外鲜品。然干其根带回内地入药，其清火之功，胜于金银花，解毒之用更捷于山茨菇，一物而兼二物之用如此。清火、疏风、豁痰，解一切疔疮痈疽肿毒如神。”58以上《本草纲目拾遗》中所载的七葛、貂尾、雪虾蟆、雪鸡、烟筒中水、一枝蒿、酒杯藤子、沙葱、刺儿菜等都是盛产于新疆各地的药物。当然在《本草纲目拾遗》中收载的新疆的地产药物决不仅限于此九味，我们列举此数种，只不过举例说明而已。仅从上述列举的九种药物中，我们不难看出，新疆的独特的地产药物及新疆各族人民创造的独特的治疗方法，在清代已通过丝绸之路传播到内地，丰富了中医药学的内容。清代中期，不少内地中医药人员通过丝绸之路来到新疆，采用行医、售药等形式，为新疆各族人民的医药保健事业做出了应有的贡献。如公元1755年清政府平定了准噶尔贵族的武装叛乱，实现了安定统一后，随营军医逐渐开始为当地各族人民诊治疾病。公元1876年随湘军“赶大营”的挑担行商来到乌鲁木齐后，一方面销售日用杂货，同时也销售从内地带来的中成药。此后不久，湘军首领刘锦棠出任新疆巡抚，在乌鲁木齐修建了“定湘王庙”,庙内设有求医“神笺”和“简易草药室”,抽得“神笺”的患者，可以免费取药。但是刻版印就的“神笺”，不仅不能适应各种复杂病症，有时适得其反。为了维护“定湘王”的“神威”，刘锦棠在庙外开了一座“定湘王”药店，并选派一名湘军医官坐堂看病。这样以来，“定湘王”大显神通，各族群众纷纷前来求医看病。以后，又有湘军转业人员在乌鲁木齐开设了“福临泰”药店。“定湘王”药店的创立，充分证明了清代丝绸之路医疗活动交往的盛况59。
  上述历史资料说明，在清代，新疆的各民族医药学得到了进一步发展和提高。通过丝绸之路，新疆和内地的医药学交流十分密切，祖国医药学宝库更加丰富多彩。