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清代有着更完善的医事制度、更精细的医学分科、更完整的医学教育体制以及医事刑律。
  清代沿袭明制。顺治初，因明代太医院之旧，继续设有院使、院判、御医、吏目、豫授吏目、医士、医生等职事，并制定祀先医之礼。
  康熙时，太医院员额迭经增减。雍正、乾隆年间，始渐形成定制，规定太医院掌医之政令，率其属以供医事，设院使一人(正五品），左院判、右院判各一人(正六品），御医十五人(正八品，后改七品），吏目三十人（八品十五人，九品十五人），医士四十人（九品冠带），医员三十人，医生二十六人。
  内府置有御药房，掌调制药剂进御，有东西二所，西药房由院使、院判、御医、吏目分班轮值，称为宫直；东药房由御医、吏目、医士分班轮值，称为六值。顺治时，药房隶于太医院，又曾裁撤，康熙时复置，旋定药房不属太医院，另派太监管理。其先职名甚杂，经改定后，设兼管司官二人、内管理一人、主事一人、委署主事一人、副内管理二人、库掌二人、委署库掌二人、笔帖式十二人。其医疗事务，由使、判、御医、吏目、医士等轮值如故。御药房如须在生药库取用药物时，例由太医院请礼部转咨户部査取。供事内官，如须习医，择取太医院官学识素著者为教习，居东药房以教内官（称为内教习）。清初曾仿前代制，在京师设施药厂,康熙中期曾一度扩充，至四十年停办。
  太医院每当文武会试，例以医士一人入闱供职，由院简送礼部委任。每当军前需医，由院遴选二人奏准送兵部，遣官护行。又经常以医士二人服务于刑部，诊疗狱囚疾病，由院简送，每六年更换—次。
  外省各府、州、县，置有医学，府设正科一人（从九品），州设典科一人，县设训科一人(均未入流）。例由各省有司选择谙于医理者咨部给劄充当，但有名无实32。
  清代医学分科较细，并曾数度变动，在顺治年间（公元1644—1661年）有大方脉、伤寒、妇人、小方脉、痘疹、口齿、咽喉、眼、疮疡、正骨、针灸等十科;嘉庆二年(公元1797年）减痘疹，合并口齿咽喉为一科，而成九科;道光二年(公元1822年)又减针灸，并正骨于疮疡而共为七科；同治五年（公元1866年）又合并伤寒、妇人于大方脉，改疮疡为外科，共为五科33。
  清代医事刑律大致与明代相同，凡医生开方配药有错误，处以笞杖之刑，庸医为人治病误药误针而致死者，“责令其他医生来辨认方药、穴道，如属无意致害者，以过失杀人论”34，罚其不许行医，如属故意用伪药治病诈取财物，以盗窃论，或因而致死，或因事故用药杀人，则处以死刑。新刑律二百九十六条规定：“凡未经官署许可的医生而业医者，处以五百元以下的罚金。”35清代的医学教育仍以家传与师徒传授为主，官方则设教习所培养医学生，教习所分内教习与外教习两种。内教习专门教授“内监之习医学者”36，教师选自太医院中学识渊博者，于东药房教授内监医学；外教习的学生由医官保送，主要是医官子弟及普通平民，学习课程有《内经》、《伤寒论》、《金匮要略》、《本草纲目》及有关本专科的医书，至乾隆十四年（公元1749年）以后，《医宗金鉴》也作为教科书，学制为三年，期满经考试合格者录取为医士。
  鸦片战争后，医学教育也随着帝国主义的入侵而改变，太医院及地方医学的传统教育日趋衰退，而帝国主义开办的医院及西洋医学堂代之而兴起。在此种形势下，清朝政府也仿照西洋医学教育开办医学堂。最早是在同治四年(公元1865年），北京同文馆所设科学系，其中有医学科学研究，清政府聘请英国人德贞为教授,这是中国学习西洋医学教育的开端，但数年后即中断，未培养出人才。公元1881年天津开设医学馆，第一届学生于公元1885年毕业;公元1883年李鸿章听从美国领事建议，接办医学馆，改其名为北洋医学堂，由李鸿章直接领导，经费由天津地方政府拨给，这是最初由政府创办的医学校，其师资力量则仰仗外国人；公元1914年改称中国海医学校，至公元1930年停办。公元1902年袁世凯操练新军，在天津设立北洋军医学堂，聘请日本人任教，1906年更名为陆军医学堂。以上可以看出中国政府开办医学教育，是先从军医开始的。公元1898年创办的京师大学堂（即今北京大学前身），中医科为八科之一，公元1903年京师大学堂添设医学实业馆教授中西医学及外文，公元1905年称医学馆，该医学馆即现在北京医学院的前身。清末各省也相继设立医学堂，如湖广设立湖北医学堂，广东设陆军医学堂及海军医学堂等。民间也开始出现了自办的中医院校，如浙江乐清人陈虬，于公元1885年在浙江温州府瑞安县城东创办“利济医学堂”，招收学生开讲达十三年之久，并于公元1897年出版《利济学堂报》，供讲课及研究之需；学校的章程也很详细，所用课本，除《内经》、《伤寒论》外，多系自编，如《利济教经》、《卫生经》、《医历》、《蛰卢诊录》等。该校培养了不少中医人才，较有影响的如陈葆善等37。
  明末清初，新疆地方割据势力的主要代表，是准噶尔上层农奴主贵族。准噶尔，是我国蒙古族厄鲁特人的一支。17世纪初，满族建立后金政权（以后改称为清朝），厄鲁特开始与后金和清朝建立臣属关系。当时厄鲁特分为准噶尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特四部。公元1636年,作为“四卫拉特之首”的和硕特部首领图鲁拜琥(即顾实汗）向清政权“遣使通贡”®。公元1642年，图鲁拜琥又同西藏达赖喇嘛一起，向清政权“奉表贡”39。公元1646年，清政府向图鲁拜琥“赐甲胄弓矢”，“俾辖诸厄鲁特”40。公元1653年，清政府册封图鲁拜琥为“遵文行义敏慧顾实汗”41，并赐金册、金印。厄鲁特其他各部也都先后同清政府建立了隶属关系。其中准噶尔部从首领巴图尔珲台吉（公元1634—1665年)时起，即向清政府称臣纳贡。以后到僧格(公元1665—1671年)和噶尔丹开始执政时，这种隶属关系一直未中断。但是，当准噶尔部上层贵族的势力逐渐强大，取得四部统治权之后，便大肆扩张地盘，占领了整个天山南北，并不断向青海、蒙古、甘肃、西藏进行侵扰。到噶尔丹执政时，竟然发展到对抗清中央政府政令、发动武装叛乱的地步。清朝自1667年康熙亲政之后，积极致力于国家的统一事业，在平定“三藩之乱”、统一神圣领土台湾之后，在公元1690年亲自率领军队平定噶尔丹叛乱，当年11月在乌兰布通大败叛军。公元1696年春，康熙再次率大军出征，在昭莫多（今乌兰巴托附近），击溃噶尔丹，给叛军以重创。当年秋天，康熙第三次率军出击噶尔丹，次年噶尔丹在清军的紧逼下，穷途末路，服毒自杀，结束了其分裂祖国的罪恶可耻生涯。其后又平定策妄阿拉布坦、罗卜藏丹津等叛乱。康熙之后，雍正、乾隆继承这一未竟之业,继续与准噶尔贵族分裂势力进行了斗争，公元1755年2月，清军分两路进兵新疆，以达彻底平叛之目的。西路出巴里坤，北路出乌里雅苏台，两路清兵所向披糜，势如破竹，5月即直捣叛军巢穴伊犁，叛乱头目达瓦齐逃往格登山，准噶尔兵丁溃散。达瓦齐在逃路途中被乌什维吾尔族首领霍集斯活捉。其后厄鲁特辉特部首领阿睦尔撒纳又发生叛乱，公元1756—1757年，清军再次进行平叛战争，阿睦尔撒纳失败，叛逃俄境，不久患天花死亡，至此准噶尔叛乱基本平定。其后南疆大、小和卓在公元1756年发动叛乱，公元1758—1759年，清军在南疆展开平叛战争，接连击败大、小和卓叛军，克复库车、阿克苏、叶尔羌、喀什噶尔。清军乘胜追击，到达伊西洱库尔淖尔（即叶什勒池），彻底击溃叛军，大、小和卓带少数人马逃出国界，被巴达克山汗素尔坦沙捉获，“函首以献”。至此，天山南北的叛乱被彻底肃清，东起哈密，西至巴尔喀什湖在内的楚河、塔拉斯河流域以及帕米尔等广大新疆地区，重新获得政治上的统一，置于清朝中央政府的直接管辖之下。故《清史稿♦地理二十三》卷七十六有如下记载：“新疆，顺治四年，哈密内属，吐鲁番亦入贡。乾隆二十三年，克库车、沙雅尔、阿克苏、乌什诸城。二十四年收和阒、喀什噶尔、叶尔羌诸城。二十七年设伊犁总统将军及都统、办事、领队诸大臣，分驻各城，并设阿奇木伯克理回务。光绪九年，建行省，置巡抚及布政使司，以分巡镇迪道兼理按察使衔。改甘肃迪化州及镇西、哈密、吐鲁番三厅来隶。迪化升府,建省治。又改阿克苏为温宿直隶州。喀喇沙尔、库车、英吉沙尔并为厅，置分巡阿克苏道辖之。喀什噶尔为疏勒，叶尔羌为莎车直隶州，英吉沙尔、玛喇巴什为厅，及和阗直隶州，置喀喇噶尔兵备道辖之。库尔喀喇乌苏为直隶厅，辖于镇迪道。又改伊犁为府，精和、塔尔巴哈台为厅，置分巡伊塔道辖之。二十四年，升喀喇沙尔为焉耆府。二十八年，改库车厅为直隶州，疏勒、莎车、温宿三直隶州并为府。又改玛喇巴什厅为巴楚州，隶莎车府。凡领府六，直隶厅八，直隶州二，厅一，州二，县二十一。宣统三年，编户四十五万三千四百七十七，口二百六万九千一百六十五。东界外蒙古喀尔喀扎萨克图汗部，西界俄罗斯，南界西藏界阿尔泰山，东南界甘肃、青海，西南界帕米尔，东北界科布多，西北界俄罗斯，广七千四百里，袤三千七百里，东北距京师由南路八千六百八十九里，由北路八千五百七十六里。北极高三十四度至四十九度有奇，京师偏西二十—度至四十三度。”42清政府经过多年的努力，在18世纪重新统一了新疆地区，并在新疆建立行省、府、州、县等各级地方行政机构。与之相应的清代的医事制度、医学分科、医学教育制度也和其他省一样在新疆健全起来，府、州、县分别设有正科、典科、训科等医事官职，管理医学及医学教育，为新疆医药卫生事业发展提供了组织保证，使丝绸之路医学交流更加密切。