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清代是我国统一的多民族国家进一步巩固和发展的历史时期，也是中国医学史上医学趋于普及和发展的历史时期。
  明朝后期，如同历代王朝的后期一样，土地大量集中和兼并，繁重的赋役，加上连年的灾荒，迫使农民不断地起来斗争。李自成领导的农民起义军于公元1644年攻占明代首都——北京，明朝的腐朽统治终于被农民革命的伟大力量所推翻。然而，散居在吉林、黑龙江一带的女贞族部落，在与关内日益频繁的经济贸易和文化交流中逐渐发展壮大起来。明代后期，建州女贞的首领努尔哈赤逐步统一女贞各部。他把女贞人编成八旗，每旗有许多牛录(一个牛录三百人）。旗人平时耕猎，战时出征。八旗制度推动了女贞族社会经济的发展。公元1616年，努尔哈赤自称为汗，建立政权，定都赫图阿拉，国号金，史称后金。努尔哈赤死后，他的儿子皇太极继承汗位，把“女贞人”改称为“满洲人”。公元1636年，皇太极自称皇帝，改后金国号为清，皇太极就是清太宗。正当李自成的农民起义军推翻明朝的时候，关外的清军大举南下，驻守山海关的明朝将领吴三桂投降清朝，满汉官僚地主互相勾结，镇压了农民起义，李自成被赶出北京，满清统治者窃夺了农民战争的果实，建立起满清王朝。
  清王朝建立后，为了能长久地统治中国，开始采取了一系列适应广大汉族地区经济关系和实际需要的措施，即所谓“清承明制”。
  清代早期的最高统治者多尔衮、顺治帝、康熙帝保持了一定的朝气和较为清醒的头脑，他们以满洲贵族为核心，联合汉族地主阶级的封建政权，使统治得到了进一步的巩固。他们礼葬明崇祯帝，祭孔子等，对拉拢汉族地主阶级及其知识分子起了重要作用。所以清朝初建的一百多年间，武力强盛，疆域扩大，国家统一，国内各民族统一加强，封建的经济文化逐渐恢复并发展到了高峰，农业、手工业、商业更加繁荣，进一步促进了资本主义的萌芽，科学文化逐渐进步，乾隆、嘉庆时期达到了鼎盛，出现了史家所说的“乾嘉盛世”。
  但是在这个盛世之下，也正孕育着它的衰亡。清中期以后，土地逐渐集中，地价、物价不断上涨，统治阶级生活日益腐化，吏治腐败。特别是乾隆中期以后，贪污成风，人口急剧增加，而社会生产力却不能相应增长。由于统治者的奢侈挥霍，加之乾隆的南巡北狩而致国库空虚，使清王朝开始走下坡路。当时已萌发的资本主义，也由于封建统治的束缚，而得不到相应的发展。
  与此同时，西方资本主义正在日渐兴起，并纷纷向外扩张，寻找原料和市场，地大物博、人口众多而落后的中国正是他们觊觎的对象。即使清政府采取了严格的闭关自守政策，也没能阻挡住帝国主义列强的入侵。公元1840年英帝国主义发动侵略中国的鸦片战争，结果中国割地赔款，开放了上海、宁波、福州、厦门、广州五大通商口岸，允许鸦片无限制输入；紧接着法、美、德、日、俄诸国也相继入侵中国，并强迫清政府签订了《南京条约》、《望厦条约》、《黄埔条约》、《辛丑条约》等一系列不平等条约。从此，中国的财政、金融、对外贸易、机械采矿等经济命脉大都被帝国主义掌握或操纵。但在广大的农村，封建的生产关系则仍然占主导地位。就这样，中国由一个独立的封建会沦为半殖民地半封建社会。
  从1840年鸦片战争到1911年清朝灭亡的这七十多年时间，是外国资本主义侵略者与封建统治阶级互相勾结压榨中国人民的历史，也是中国人民风起云涌、前仆后继地进行反帝反封建斗争的历史。其中以1851—1864年洪秀全领导的太平天国革命，1899年的义和团运动及1911年的辛亥革命，给帝国主义和封建势力打击最为沉重，影响最为深远。清王朝统治阶级内部在帝国主义入侵面前也产生了分化，19世纪60至90年代形成了以西太后为首的顽固派和以曾国藩、左宗棠、李鸿章等人为首的洋务派。顽固派拥有很大的势力，他们盲目排外，幻想恢复闭关时代。洋务派还包括部分不当权的爱国分子，他们主张“师夷长技以制夷”，“以商制商“以商敌商”①。虽然他们的目的是企图以此来挽救清王朝，但它已包含一些资本主义思想和进化史观的因素，客观上在反对外国侵略、引进西方先进的机器生产和科学技术（包括医学科学）方面，发挥了一定的作用。19世纪70至80年代出现的以康有为为首的改良派，代表着中国民族资产阶级上层的愿望，幻想依靠皇帝权力，实现变法维新，自上而下地对中国腐朽的封建制度从政治、经济、文化等各方面进行改革，使中国走上富强的道路；但在顽固派的镇压下，改良派的变法运动仅三个多月便失败了。
  在科学文化方面，一方面清初曾出现了黄宗羲、顾炎武、王夫之等杰出的思想家，他们学识渊博，富有民主思想和朴素的唯物主义观点，对当时的社会影响很大；另一方面许多知识分子或走八股取士的道路，或怕清王朝的文字狱，便兴起一种逃避现实，潜心经史的消极学风，在很大程度上阻碍了科学文化的发展。表现在医学上也是提倡尊经复古，繁琐考据，造成医学科学因循守旧，满足于取类比象、思辨推理的方法，缺乏革新和创造精神。
  清初，在自然科学方面的成就，有方以智（公元1611—1671年）的《物理小识》，有明安图（公元？ 一 1765年）的《割圆密率捷法》，有邝荣光制订的我国第一本地质图《直隶省地质图》与《直隶省矿产图》等。在医学科学方面，十七八世纪，官方主持编撰了一些带有总结性的综合医书，私人著作也较活跃，医学普及和门径工具书的刊刻也很盛行，呈现了名医辈出、学派林立的局面。
  清代初期，随着西方资本主义的渗入，也带来了一些西方先进的科学技术，如天文、数学、解剖医学等。鸦片战争以后，帝国主义者为了配合其政治经济侵略的需要，派来了大量的传教士和医生，到处建教堂，办医院，设学校，极力宣传帝国主义文化，对中国人民实行奴化教育，使中国的科学文化和医学科学也带上了半殖民地半封建的烙印。当然这在客观上也促进了东西方文化的交流，并使当时的中国出现了民族虚无主义与国粹主义，新学与旧学错综复杂的文化思潮。在医学上形成了中医与西医并存的局面，，并开始出现了中西医汇通派，医药队伍出现了中医、西医、中西医汇通派三支力量，从而使清代海陆丝绸之路医药学交流也达到了一个新的高潮。