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明代，西域各民族医学也得到了进一步发展，涌现了一大批优秀的民族医药学家，撰写了一大批很有价值的民族医药学著作。其中维吾尔医学、蒙古族医学和藏医学的发展尤为明显。
  明代维吾尔医学在元代的基础上又有所发展，涌现了一大批著名的维吾尔族医药学家，撰著了一大批极有价值的维吾尔族医药学著作，许多维吾尔族医学独特的医疗方法继续得到完善和发展。
  明代出版了大批有价值的维吾尔医药学著作，这些著作大多用阿拉伯、波斯、乌尔都文字书写。其中较著名的有《祖皮塔土卡瓦尼依拉吉》即维吾尔医学的《治疗准则》，此书现存手抄本残卷，主要是论述维吾尔医学临床各科的医疗方法，为一临床专著;《苏拉赫》是一部包括哲学、文学及维吾尔族医学等内容的辞典，全书用波斯文撰成，作者为马力•卡拉西，系今新疆伊犁人，约成书于回历681—704年，并在回历1328年于印度的哈布尔正式出版；此外，还有斯马依尔著的《罕黑拉罗克曼》、木拉德拜克•阿里一拜克在喀什噶尔撰写的《医疗宗旨》、赛依德•穆合塔尔•布拉克一拜克在喀什噶尔编写的《诊治与疗养》等维吾尔族医药学著作，为明代维吾尔医药学的发展作出了卓越贡献92。
  由于西域所处的特殊的自然环境，自古以来，当地的人民喜欢应用“水疗”、“气疗”和“热沙疗”等独特的治疗方法解除风寒类疾病。如《西疆杂述诗》中记载云：“阿克苏北行百里的特克和鲁温泉，四季水热，通过温泉浴能除寒疾疮癣，有诗曰：洞里清泉何足奇，温炎偏在雪山陲，几时洗尽人间浊，四海疮痍起殆危。”93此外，还有库车东北齐本奇塔什火山，而《唐书》所称龟兹国北倚阿羯田山亦日白，山常有火，即指此处。这里不但是出硫磺之处，山腰还有口径尺余的小洞口，四季出烟，喷火气，当地居民不但能煮水炊饭，且无臭气，还能医治各种风、寒、湿类疾病。另外，吐鲁番的七泉湖温泉、博乐的温泉、伊犁的火龙洞都是西域人民进行“水疗”的理想场地。
  火焰山下的闻名中外的“热沙疗法”，更是治疗风湿型关节炎及各种寒湿类腰腿疼痛的有效方法。而这些西域各族劳动人民通过医疗实践所总结出来的民间传统医疗方法，在明代时期又得到不断的完善，使其更加科学化，为当地各族人民的医疗保健事业作出了应有的贡献。
  明代维吾尔族医药学的进步，既发展和完善了维吾尔医药学说，又充实和丰富了中国医药学知识宝库。《本草纲目》中所记载的近百种西域的药材及部分治疗方法和方剂，就是明证。
  明代藏族医学也得到进一步发展。在这一时期西藏山南地区帕木竹巴万户长绛丘坚赞起兵推翻了信奉花教的萨迦王朝，定都乃东，建立起尊崇白教的帕竹王朝。帕竹王朝的第二代法王释迦坚赞在公元1372年(洪武五年)受到明太祖朱元璋的册封。帕竹王朝建立后，广泛设置封建庄园——溪卡，这标志着当时的社会已经由奴隶制转向封建农奴制，这一变革在当时有利于生产力的发展，促进了西藏地方经济的繁荣和文化的发展。藏族医药学正是在这一历史条件下获得发展，学术思想空前活跃，并逐步形成两大学派。
  出生在昂仁地方的名医强巴•南杰査桑（公元1394—1475年），创建了藏医北方学派。他的医学著作中较为著名的有《药学宝箱》、《精简八文药方》、解释《四部医典•论述本集》的专著《甘露源流》、解释《四部医典♦后续本集》的专著《所需可得》等。北方学派的学术特点是，擅长应用温热药物，方剂药味较多；精于艾灸、放血等操作技术；对风湿性疾病的治疗，经验丰富。贡嘎瓦•却给多吉创立的藏医上部学派，流行在萨迦及阿里地区。这一学派师承于萨迦王朝的昌狄学派，学术观点与北方学派基本相同，可以说是藏医北方学派的支派。
  藏医北方学派建立不久，出生于塔拉索卡地方的名医索卡•年姆尼多吉（公元1439—1475年），在山南地区的朗县地方创建了藏医南方学派。这一学派的学术特点是，擅长使用清解药物，方剂药味较少；精于地方草药的鉴别和应用，对温热疾病的治疗，经验丰富。藏医下部学派的创始者是索卡•年姆尼多吉的第二代弟子，《恰布本钦医学史》的著者恰布本钦•多吉帕朗。这一学派特点不甚突出，实质上是南方学派的支派。
  藏医南北两大学派及支流虽各有专著，但均以《四部医典》为主要经典著作。他们对不同学术观点的相互争鸣，有利于促进藏医药学的发展94。
  明代，藏族医药学的发展，体现在形成了南北两大学派。这两大医学派分别有着各自不同的学术观点和学术著作，他们之间的学术争鸣，颇类似于金元时期中医界刘完素寒凉派、张从正攻下派、李杲补土派、朱震亨滋阴派等四大学派之间的学术争鸣，有力地促进了藏医学的发展。
  在明代，蒙古族医学得到发展，14世纪初叶，希布拉僧格曾把印度经典《金光典》的维吾尔文和藏文译本再译成蒙文。其中有关于古印度哲学“四大元素学说”和生命吠佗医学“气、胆、痰”理论等方面的内容。蒙医学曾受其哲学思想的影响，这对萌芽时期的蒙医理论的发展和系统化起了促进作用。这个时期，随着蒙古族同其他兄弟民族之间的经济、文化交流日益扩大，医学交流也日益频繁。
  汉医、阿拉伯医、意大利医的医疗经验开始传入蒙古地区。蒙医从中吸收了适合本地区和本民族特点的医疗经验，丰富了古代蒙医学的内容，形成了具有初步医疗理论的蒙医学，并有了临床经验丰富的古代蒙医药学。随着经济文化的发展，传统的古代蒙医学得到不断的发展和提高。在古代蒙医的基础上，进一步吸收了藏医的理论和经验，同时又受到汉、回等兄弟民族医学的影响，在医学界出现了三个不同的学术派别，即传统的古代蒙医学派、藏医学派和近代蒙医学派。各学派纷纷著书立说，开展学术争鸣，编写了数十部蒙医古典著作。
  明代蒙古族医学也类同藏医学，出现了三个不同的学术流派，他们分别著书立说，进行学术争鸣，活跃了蒙古族医学的学术空气，促进了蒙古族医药学的大发展。
  总之，明代西域的维吾尔族医药学、藏族医药学、蒙古族医药学都在蓬勃发展，取得了明显的进步。维吾尔族医学中涌现了大批著名医药学家，撰著了大批有价值的医药学著作;藏族和蒙古族医药学界分别出现了不同的医学流派，他们之间互相进行学术争鸣，活跃了学术空气，促进了藏族和蒙古族医药学的进步。西域民族医药学的发展，不仅为西域各族人民的医药卫生保健事业作出了重大贡献，而且也充实了中国医药学知识宝库。李时珍《本草纲目》中记载的近百种西域的地产药品，尤其是酪、酥油、乳腐等维吾尔族、藏族、蒙古族人民日常食用的乳制品药材，就充分地证明了西域民族医药学对中医药学的巨大影响。