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明代由于许多医家和人民群众的丰富医疗实践，临证各科都取得许多新经验和新知识，并且各科都有各自发展特点与突出的成就。
  在内科方面有薛己所著的我国医学史上第一本以内科命名的医籍——《内科摘要》42。该书主要为内科杂病二百余例医案。薛氏治病基本大法是调补养正，而且尤其强调温补。另外张介宾对内科学的贡献也相当突出，其医学思想是提倡命门学说，力主补益真阴、真阳。明代力倡温补的另一位医家赵献可，对薛氏温补学说十分推崇，尤其发挥命门之说，强调“命门之火”的重要，特撰《医贯》一书®，其用意是以保养“命门之火”的论点贯穿于养生与治疗等一切问题之中。明代对内科病证论述较多或较重要的医著还有虞抟编撰于公元1515年的《医学正传》44，龚廷贤于公元1587年撰写的《万病回春》45，龚廷贤编辑于公元1615年的《寿世保元》46，王纶写于公元1549年的《明医杂著》六卷47，王肯堂编撰于公元1608年的《证治准绳》（又名《六科准绳》)48，胡慎柔作于公元1636年的《慎柔五书》五卷49，秦景明、秦皇士等著的《症因脉治》四卷50，汪绮石写的《理虚元鉴》等®。这些内科学著作标志着明代的内科学发展的水平。
  在外、伤科方面，明代也有较明显的新进展，主要有三大特点：外、伤科病证理论知识的提高，发明了一些外科手术与外伤科医疗用具，外、伤科著作空前增多。外、伤科著作有薛己撰写于公元1529年的《正体类要》，汪机撰集于公元1531年的《外科理例》，薛己写于公元1571年的《外科枢要》，王肯堂编撰于公元1608年的《疡医证治准绳》，陈实功编集于公元1617年的《外科正宗》，沈之问编写于公元1550年的《解围元薮》，薛己写于公元1554年的《疠疡机要》，陈司成编撰于公元1632年的《霉疮秘录》等书。这些著作有的专论正骨，有的专论疮疡，有的提出各种外科手术方法，有的专论麻风，有的专论梅毒，充分反映了明代外、伤科的医疗水平52。
  明代妇产科的证治，积累了不少新经验，较著名的妇产科专书有王肯堂编撰于公元1607年的《女科证治准绳》，收辑妇产科资料相当丰富；武之望编撰于公元1620年的《济阴纲目》，将女科诸病分列纲目，有论有方，并加注释，便于临床应用。除妇产科专书外，明代综合性医籍中，多有妇产科内容，如《景岳全书》载有《妇人规》二卷明代儿科所取得的新经验与新知识也比较突出，儿科著述相当繁多，较重要的有薛铠、薛己父子合撰的《保婴撮要》二十卷，万全(字事，号密斋，湖北罗田人）编撰的《万密斋医书十种》(其中半数为儿科著述，有《育婴秘诀》、《片玉心书》、《幼科发挥》、《痘疹心法》、《片玉痘疹》等），王肯堂撰写于公元1607年的《幼科证治准绳》等。明代还有不少痘疹方面的著述，麻疹病名的出现也是在此时期，最早见于龚信的《古今医案》，书中详细叙述了麻疹的症状、并发症、治法与预后，并从证候上与痘疹作了鉴别。可见明代医家对麻疹的认识比之前代已深刻得多54。
  五官科方面，明代眼科专书有傅仁宇编写的《审视瑶函》，又名《眼科大全》、《傅氏眼科审视瑶函》,于公元1644年刊行。全书共五卷，记述了一百零八种眼科病证，内容丰富，是眼科史上一部有价值的专书。此外王肯堂的《证治准绳》中收载了眼科证候一百七十余种。薛己撰著的《口齿类要》，刊行于公元1529年，是现存早期中医口齿科专书，不分卷，论述了茧唇、口疮、舌症、咽痛、诸虫入耳等的症状与治疗，并附有医案，介绍了治口齿诸疾的方剂六十余首，为一部很有价值的五官科著作55。
  针灸学在明代仍受到重视并有所发展，明代的针灸学著作，数量多于前代，具有二个特点：多数主要是摘录前人的针灸学论述汇集成书，书中内容多以歌赋形式表述。明代较著名的针灸学专书有徐凤(字廷瑞，江西人）编撰于公元1439年的《针灸大全》六卷，汪机撰著于公元1530年的《针灸问对》共八十四问，高武编撰于公元1529年的《针灸节要》(又名《针灸素难要旨》)和刊行于公元1529年的《针灸聚英》(又名《针灸聚英发挥》)四卷。还有杨继洲编著于公元1601年的《针灸大成》(又名《针灸大全》)十二卷，该书广收前人针灸著作，使某些针灸资料得以流传后世，在针灸学发展史上，起到了承前启后的重要作用，并且很早就流传到日、法等国，在国内外都有相当的影响。此外，尚有李时珍著于公元1572年的《奇经八脉考》一卷，丰富了经络学说的内容，对奇经八脉的完善及经络学说的发展，其贡献是很大的56。