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元代，我国海陆交通发达，对外贸易大大超过前代。元朝政府在沿海城市广州、泉州、上海等地都设有市舶司和提举司等行政机构管理对外贸易事宜。元代的海外贸易东起朝鲜、日本，西达非洲南岸，十分活跃。摩洛哥人伊本•拔图塔曾把中国的泉州称为“世界最大港之一，实可云唯一最大港”，每日有“大海船百艘，小者无数”90。中国出口的商品有陶瓷器、丝绸等，进口的商品有丁香、豆蔻、钻石、珠宝等。随着元代对外贸易的蓬勃发展，海上丝绸之路医药学交流也迅速扩大，达到了一个新阶段。
  1.中国与阿拉伯诸国的医药学交流元代时，我国的药物、针灸疗法等流传到阿拉伯诸国。曾经入仕元朝的意大利人马可·波罗在其著作《马可•波罗游记》中记述了中国药材外运的史实。马可•波罗在马拉巴看到大批中国船只装载着大宗中国出产的药材，同其他货物一起，被阿拉伯人运往亚丁港，再转运到亚历山大里亚等地，他还具体谈到姜、茶、胡椒、大黄、麝香、肉桂等药物传入阿拉伯诸国的情况。
  公元1313年，波斯医生拉什德·阿尔丁 •阿尔哈姆丹尼，用波斯文编写了一部关于中国医药学百科全书《伊尔汗的中国科学宝藏》91，在书中载有许多中国医学内容，包括脉学、解剖学、胚胎学、妇产科学、药物学等，并附有内脏解剖图以及切脉部位图等，书中还特别提到王叔和的名字。这部书系统地把中国医学介绍到阿拉伯诸国及西方，对传播中医药学知识起到了一定作用。
  阿拉伯医药学知识也通过海陆丝绸之路流传到中国，并在中国产生了巨大影响。公元13世纪，元朝政府曾聘请阿拉伯名医爱薛为御医，掌管上都回回药物院。爱薛，元代西域弗林人，通晓西域诸部语，工星历、医药之学。公元1263年，元世祖忽必烈任命他掌管西域星历、医药二司事，后改为“广惠司”，仍委任他主持“广惠司”工作，掌管回回医药事宜。公元1276年擢秘书监，迁翰林学士承旨。公元1297年授平章政事。仁宗时封泰国公。爱薛卒后，被追封为太师。元朝政府在公元1270年在大都设立阿拉伯式的医院组织“广惠司”，在公元1292年又在京城设立“回回药物院”，专门用回回药物治疗疾病。同时还出版了阿拉伯式的医药书籍《回回药方》等，这样在一定程度上丰富了中国医药学内容，为当时中国人民的身体健康做出了应有的贡献。
  2.中朝医药学交流元代初期，中朝两国交往十分频繁，医药学知识不断得到交流。当时元朝政府应朝鲜政府的邀请，经常派遣中国医生赴朝鲜行医，为朝鲜人民防治疾病，并传授中国医药学知识。
  同时朝鲜医学家也多次来中国交流医药学知识。公元1285年元世祖忽必烈患病，元朝政府也曾向朝鲜诏求良医，朝鲜派尚药侍医薛景成来中国医治元世祖忽必烈疾患，用药后立效92。元成宗(公元1295—1307年）曾患病，再次诏求薛景成医治，亦获得良效。
  后薛景成在中国留居，至忠宣王五年，卒于中国，被传为中朝两国人民医药学友好交往史上的一段佳话。
  3•中日医药学交流元代时，中日两国医药学继续进行着广泛的交流，中国的医药学著作继续不断地传到日本，对日本医学产生了重大影响。如公元1307年邹铉著的《寿亲养老新书》四卷，内容丰富，“证引方药类多奇秘，于高年颐养之法，不无小补”93,不仅在中国国内流传，而且东传到日本；萨德弥实著的《瑞竹堂经验方》十五卷，也东传至日本，在公元1796年有缮生室印本发行。此外金元四大家之一滋阴派名家朱震亨的相火论也被日本医学家四代三喜介绍，传到日本，在日本医学界产生了重大影响，在日本汉医中形成了丹溪学派。
  日本医学家在接受中医药学的基础上，也撰著了大批汉方医学著作，促进了日本医学的发展。如公元1315—1327年间，日本侍医梶原性全撰著成《万安方》六十二卷、《顿医抄》五十卷94，前者是梶原氏汇集中国唐宋元时代医方的巨著，后者则论述了五脏六腑图和十二经络等。从而使日本汉方医学获得特殊的成就，促进了日本汉方医学的全面发展。
  4. 中国与东南亚诸国的医药学交流中国和东南亚诸国通过海上丝绸之路进行着广泛的医药学方面交流。中国的药材不断地运往东南亚各国，中国的医生也不断地赴东南亚各国行医。据《大越史记全书》载录95，元代的针灸医生邹庚曾到越南为皇太子白皋治病，被尊称为邹神医，官至宣徽院大使兼太医使。
  而东南亚诸国的医学家也不断来到中国进行医疗活动。如尼泊尔人阿尼哥檀长工艺，元世祖忽必烈曾请他修复明堂针灸铜人像，为中国元代的针灸事业发展起了一定作用。东南亚诸国的大批香料、药物也源源不断地进入中国，不仅扩大了中药品种，而且对中国医药学的发展起了推动作用。
  5. 西洋医药学的输人公元13世纪中叶，欧洲人约翰曾到元朝大都行医96，通过行医把西洋医学介绍到中国。这是西洋医学传入我国的最早记载。
  元代时，我国与海外诸国频繁的海陆路医药学交流，既促进了朝鲜、日本、越南以及阿拉伯诸国、东南亚诸国的医药学发展，同时又丰富了中国医药学的内容，对中国人民和世界各国人民的医药卫生保健事业产生了重大的影响。