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元代，通过丝绸之路，各族医药学术得到广泛交流，促进了西域医药卫生事业的发展。
  在基础理论方面，维吾尔族医学家、翻译家安藏，将中医基础理论经典著作《难经》、《本草》翻译成回鹘文，这在推动西域的医药卫生教育事业、培养西域医药卫生人员方面起了举足轻重的作用。
  在药物学方面，维吾尔族杰出的农学家鲁明善在他著的《农桑衣食撮要》一书中，详细记载了丰富的关于栽培中草药材和灭虫防病的知识。
  在营养学方面，最负盛名的是忽思慧的《饮膳正要》。忽思慧74，一名和思辉，为元代延祐年间（公元13U—1316年）饮膳太医。他根据任职期间宫廷所见到的经常进用的奇珍异馔及汤膏煎造方法，并参考各家医方和日常所必食的谷、肉、果、菜，取其富有营养价值的部分，在天历三年(公元1330年）撰成《饮膳正要》共三卷。卷一记述有养生避忌、妊娠食忌、乳母食忌、饮酒避忌以及各种珍奇食品的食谱共九十四例；卷二载各种医疗、保健饮食(包括汤煎五十六种，食疗方六十一首），如“食姜粥”、“生地黄粥”、“桃仁粥”、“葵叶羹”、“椒羹面”等;卷三是食物本草，计有谷类、兽类、禽类、鱼类、果类、菜类食品共二百一十四种。该书继承我国古代食、养、医结合的传统，对每种食品都同时注意到它的食用、养生和医疗效果。如“补下元，理腰膝，温中顺气”的苦豆汤；“治腰背疼痛，骨髓虚损，身重气乏”的生地黄鸡；“治脾胃虚弱，泄泻久不瘥者，食之大效”的鲫鱼羹等。这些既是鲜美可口的佳肴，又是强壮身体、延年益寿、预防和治疗疾病的良药。书中十分重视饮食卫生，提倡先饥后食，勿令食饱；先温而饮，饮勿令过；不可饱食而卧，尤其夜间不可多食;勿食不洁和变质之物；不可大醉;食毕宜用温水漱口，睡前刷牙等。还提到有关食物中毒的防治，列举了许多有效的解毒方法。对各种食品的制作和烹调也作了详细介绍。在食疗本草部分，还增有一些以前所未载之品及其功效。因此《饮膳正要》在我国古代营养学发展史上占有重要的地位。同时《饮膳正要》的问世，也促进了我国西域药物学和营养学的发展。
  在方剂学方面，对西域医药学发展最有影响的是《回回药方》。
  前面在介绍回回医学时曾做过详细介绍，此处仅就对西域医药学影响做一简单介绍。元代回回药物院当时有《回回药方》一书流传，计三十六卷，约为公元十三四世纪时作品，撰者不详。这是一部反映西域少数民族和阿拉伯医学为主要内容的著作。由于元代战伤外科疾患较多，故《回回药方》论述伤科的内容极为丰富，如现存该书第三十四卷所论金疮、折伤等门。在折伤门又分伤损类、接骨类、骨脱出类等，论述详尽。如对伤员，言明需要观察“伤损的动静”75。“伤的动静”分为十等，其中伤损的直裂纹是第一等；圆裂纹是第二等;伤损周围的汉纹是第三等；伤损去皮肉，其伤损破处宽大且深是第四等;伤重内陷，浮皮不显是第五等；伤重内陷，浮皮显出是第六等;……鉴别很是详尽。对于接骨，包括“骨折损的动静”，“碎骨在肉内的诊断，接骨、移骨的总治法以及因损折、接骨错误需要重新整复的手法等。在骨脱出类项下，该书对于两颔骨脱出以及项圈骨、肩骨、肘骨、手腕、手指骨节、眷梁骨、腰下、大腿、膝骨、足踝骨等处脱节均有论述。其治疗有很多整复手法，亦为前代少见者，如两颔骨脱出，该书指出：“凡两颔骨脱出，比余骨亦少，纵有亦或在一边，若全脱者极少。”又说:“此等证候的显验是口张，不能收合并唼动。盖因头后并项上的连筋肉与之相连，故能转动，今既脱出，则不能转动矣。”治疗方法是”一人扶正病人头，病人复大张其口，后令其颔垂解，医生方扶起此骨，左右摆动，缓缓向前推去，抬向上㱔，却入本处”77。描述可谓相当细致。
  这部书有许多是外来药物，但也有许多中药名。而在外来药物名称下，亦每附以中药名，如阿而马尼即五倍子，咱法兰即番扼子花蕊，哈里哈达即枯红矾，木黑里即安息香，撒答卜子即薄荷子，法体剌撒里菜即当归，突鲁必的即柴胡等。药物制剂、内服药包括有锭子、凉药、井子、油剂等。外用药有熏、洗、炙、榻、贴、膏等。在《回回药方》最后一卷中讲的是修合药饵、制药、和药、量药等。此外在现存各卷中还提到了几位回回医生，如三十卷中曾提到医生札里奴西，三十四卷提到医生卜忽刺忒等名字，但没有进一步说明他们各自经历。《回回药方》对信仰伊斯兰教的西域民族医药学，尤其是维吾尔族医药学的发展具有深远影响。
  在骨伤科方面，由于元代的蒙古族、维吾尔族将士征战多骑马，骨折战伤者居多，所以元代医学家积累了丰富的治疗创伤外科的经验，使骨伤外科发展成为一门有丰富经验的临床学科，并出现了许多骨伤外科专著，其中较著名的有危亦林的《世医得效方》和李仲南的《永类钤方》。危亦林78，字达斋，南丰人，生于公元1277年，卒于公元1347年，享年七十岁。危亦林出身世医之家，高祖云仙擅长内科，伯祖子美精于妇科、骨科，祖父碧崖善于儿科，伯父熙载专于眼科。危亦林从小勤奋好学，博览医经，更深得家传。对内、外、妇、儿、眼、骨伤、口齿咽喉等科均有研究,尤擅长骨伤科。他学识渊博，医术高超，曾任南丰州医学教授。在长期临床实践中，有感古代医方浩若烟海，难于检索应用，遂参考医学十三科目，“依按古方，参以家传”，自天历元年(公元1328年)起，历时十年，于至元三年(公元1337年）编成《世医得效方》二十卷，后经江西医学提举司送太医院审阅，在至元五年(公元1345年)公开印刷发行。危亦林的《世医得效方》对我国骨伤科贡献很大。如该书将四肢骨折和关节脱位归纳为“六出臼、四折骨”。前者是指肩、肘、腕、髋、膝、踝六大关节脱位，后者是指肱骨、前臂骨、股骨、胫腓骨四大长干骨骨折。这表明14世纪的中医骨伤科，对全身主要的骨折、关节脱位都已有较深刻的认识。书中强调在诊断骨折的时候，必须要触摸辨别骨折移动的方向。首次记载了肩关节有前上方脱位和孟下脱位两大类型，并指出足踝部骨折脱位有内翻和外翻的区别。对邻近关节部位的骨折，或脱位合并骨折也有一定的认识。凡此都大大丰富了中医骨伤科的诊断。在骨折脱位的治疗方面，危亦林也有许多创新和发明，如首次采用悬吊复位法治疗脊椎骨折。他认为脊椎骨折大多由剉创所致，往往引起压缩性骨折，单靠手法整复难以复位，因此必须要用悬吊的方法复位。即“须用软绳从脚吊起，坠下身直，其骨便自归窠,未直则未归窠，须要坠下待其骨直归窠”，强调伸直脊椎才能复位。这种悬吊复位的方法，不仅是我国伤科史上的重大发明，也是世界医学史上的创举。英国医生戴维斯在1927年，才应用悬吊复位法治疗脊椎骨折，比危亦林晚了近六百年。对肩关节脱位，危氏运用“杵撑坐登法”和“架梯法”。其复位原理类似唐代的“椅背复位法”，但已不需医者的牵引和旋转，仅借助患者自己的身体下坠力而达到复位的目的。对肘部脱臼骨折，除用手法复位外，还提出用夹板外固定。对足踝关节骨折脱位，则主张应用牵引，反向复位的方法;并强调复位时要配以揣按手法，以避免“误人成疾”的严重后果。危氏还十分强调骨折脱位复位后的适当活动，以防止关节粘连。如肘关节复位固定后，“不可放定，或肘又用拽屈拽直，此处筋多，吃药后若不屈直，则恐成疾，日后曲直不得”。治疗膝关节也指出：“服药后时时用屈直，不可定放”。在《世医得效方》中，危亦林还特别重视麻醉术在骨折脱位治疗中的应用，常选用蔓陀罗、草乌等作为麻醉药物。他认为“治伤损骨节不归窠者，以此麻之，然后用手整顿”广麻倒不知痛，或用刀割开，或用剪剪去骨锋者，以手整顿骨节归元”。并指出必须按患者年龄、体质、出血等具体情况，决定麻醉药的剂量，这些要求与现代医学麻醉原理基本相同。在欧洲19世纪中叶发明乙醚、哥罗仙等麻醉药之前，日本著名外科医生华冈青州曾于公元1805年使用蔓陀罗作为手术麻醉药，被誉为世界麻醉史上的佳话和先例。其实此法不仅比《世医得效方》晚了四百六十余年，比绍兴十六年(公元1146年）窦材《扁鹊心书》中用蔓陀罗麻醉的记载更晚了六百五十多年。危亦林对其他各科的诊治也颇多阐发。如用口内灌漱“破毒方治疗双蛾风；喉内吹入“雄黄散”治疗缠喉风；口内含化”开喉关”以润喉开闭；对喉风的治疗，则主张针药兼施。危氏还曾进行过较大的腹部手术，指出：“肠及肚皮破者，用花蕊石散敷线上，经用手从上缝之，莫待粪出，用清油捻活，放入肚内”，还特别谈到缝合时必须“从里重缝肚皮，不可缝外重皮”等。危亦林不仅在学术上造诣很深，而且敢于突破“传子不传女”的传统观念，把五世祖传秘方公诸于世，这种精神十分难能可贵。他并反对墨守陈规，强调对古代成方必须通晓其要领，融会贯通，灵活运用。如对小柴胡汤，认为主半表半里证固不待言，抑不知此方非特为表里和解而设，用其解血热，清恶血也可获效。若表发热，里又有燥渴便结者，为内外俱热，小柴胡汤加大黄则屡建奇功。这些都反映了危亦林有着丰富的临证经验和善于化裁古方的创新思想。李仲南79，一作李中南，又名李乃季，号柄碧，元代安徽〓县人。仲南无世俗嗜，尝就道士习丹术，后悟曰：“丹之道远矣，庶几明方脉，以寿吾母”，遂广集古人医籍，择其精要，编辑成书，复钤以图。时有名孙允贤者，与仲南相友善，允贤以此书略于治法，故为之补订加详，至顺二年(公元1331年）著成《锡类钤方》二十二卷。时仲南母已殁，衔哀茹痛，故改名《永类钤方》刊于世。书中最后一卷“风损折伤”篇，专题讨论了骨伤科疾病的诊断和治疗，归纳为明辨经络、相度损处、推按骨臼、拔伸收捺、接理夹缚、活血止痛、敷洗敷贴等方面，并重点论述了头骨、颈椎、脊椎、胸骨、肋骨、胧骨、前臂骨、指骨、髌骨等部位的骨折，以及肩、肘、髋、膝、踩关节的脱位。提出用牵引手法治疗颈椎骨折，“令患人卧床上，以人挤其头，双足踏两肩即出”。这就是由助手固定患者头部，医者从相反方向用足蹬患者双肩，同时牵引头部的方法。挠骨远端骨折，在书中称为“手腕失落”、“手盘出臼”。其整复步骤是：“用衣服向下承住”、“用手拽伸”，“用手撙安一伸一折”，“摇动三次”，然后“使手撚住”，“贴药夹缚”固定”，这与现代整复挠骨远端骨折的方法完全一致。书中还载有许多切实可行的诊断方法。例如，对髋关节脱位的类型鉴别，即“以患人膝比并之，如不粘膝，便是出臼内；如粘膝不能开，便是出于外”。这种以“有无粘膝”作为确定髋关节后外方或前内方脱位的方法既方便又正确。此外，有关肱骨外踝颈骨折的整复法、小夹板固定治疗前臂骨折等大都与现代相同；治疗腰椎骨折的过伸复位法，也与近代华生——琼斯氏法相似。书中还谈到有关目、耳、鼻、唇、腮、喉、肠、阴囊等损伤的治疗，计有药方百余首，并创制了缝合针——“曲针”引丝线以及由内向外逐层缝合的方法。危亦林、李仲南在骨伤科方面的成就，正是元代丝绸之路医药学术交流的具体体现。
  在针灸学方面，元代也取得了很大进步。元代针灸治疗已为西域广大各族人民所喜爱，元代翰林学士忽公泰著《金兰循经取穴图解》是元初颇有影响的针灸学专著。忽公泰80又称忽泰必烈，字吉甫，蒙古族人,尝任翰林集贤直学士，中顺大夫。其兼喜针灸，尝绘针灸经络图，并为之注释，著《金兰循经取穴图解》一卷，后省称《金兰循经》。其书“首绘脏腑前后二图，中述手足三阴三阳走属，继取十四经络流注，各为注释，列图于后”。其子光济诠次，邵文龙为序。
  当时这部书在北方、西北地区读者甚多。《医籍考》卷二十二引钱普语称该书“与《素问》若合符节，大德癸卯（公元1303年）刊于吴门，图长尺有四，折而装潢之，他书未有也”。说明这部书不仅附图，而且“折而装潢”，这在当时是别开生面的。
  总上所述，元代西域在药物、营养、方剂、骨伤、针灸诸方面都进行着广泛的交流。这种广泛的医学交流，促进了西域各族医药学的发展，保障了西域各族人民的身体健康。