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元代基本上沿袭宋金的医事制度，但更趋于健全、完善。元代的太医院为全国最高医药行政机构，其管理人员及医生的职称虽然经多次变动，但医生的地位却均高于历代王朝。元代提高了太医院职权，太医院秩正二品，银印。“掌医事，制奉御药物，领各属医职”21。其职额，自中统以来，屡经更改。至治时，乃定为院使十二员(正二品），同知二员（正三品），金院二员（从三品），同金二员（正四品，院判二员（正五品），经历二员（从七品），都事二员（从七品），照磨兼承发架阁库一员（正八品）。还有金史八人，译史二人，知印二人，通史二人，宣使七人。
  太医院领导的单位很多。一为广惠司，“掌修制御用回回药物及和剂以疗诸宿卫士”22，设卿四员（正三品）、少卿二员、丞二员、经历一员、知事一员、照磨一员，其所属有大都回回药物院、上都回回药物院各一所，掌回回药事。每院有达鲁花赤一员、大使一员、副使一员等职。二为御药院，“掌受各路香贡，诸番进献珍贵药品，修造汤煎”23，设有达鲁花赤一员（从五品）、大使二员（从五品）、副使三员（正七品），还有直长一员、都监二员等职。三为御药局，“掌两都行院药饵”。大德时分立行御药局以后，“但掌上都药仓之事”24，设有达鲁花赤一员（从五品）、局使二员（从五品）、副使二员(正七品）等职。四为行御药局，“掌行院药饵设有达鲁花赤一员（从五品）、大使二员（从五品）、副使三员（正七品）等职。五为御香局，“掌修和御用诸香设有提点一员（从五品）、司令一员等职。以上五单位大体均以为皇室服务为主。六为大都惠民局，“掌收官钱，经营出息，市药修剂，以惠贫民”27;又有上都惠民局，职责同前，均设有提点一员（从五品）、司令一员等职。又诸路总管府，各设有惠民药局提领一员。以上各单位，大抵以便利人民为主。七为医学提举司，“掌考校诸路医生课义，试验太医教官，校勘名医撰述文字，辨验药材，训诲太医子弟，领各处医学”28，设有提举一员（从五品）、副提举一员等职。在各路较重要的地区，大概还授给适当人员以“提举管内医学”的兼衔。又诸路总管府各设有医学教授一员。
  此外，医学博士的名称也还存在。八为官医提举司，“掌医户差役词讼”29。在大都、保定、彰德、东平四路各置一所，均设有提举一员(从五品）、同提举一员、副提举一员。河间、大名、晋宁、大同、济宁、广平、冀宁、济南、辽阳、兴和十路各置一所，均设有提举一员（从五品）、副提举一员。卫辉、怀庆、大宁三路各置一所，均设有提举一员(从五品〉。河南、江浙、江西、湖广、陕西五省各置一所，均设有提举一员（从六品）、同提举一员，副提举一员等职。以上各单位，以推进医学教育和处理医学生员免役事宜为主。
  太医教官（即太医品秩）凡十五阶，即保宜大夫、保康大夫（以上从三品）、保安大夫、保和大夫（以上正四品）、保顺大夫（从四品）、保冲大夫（正五品）、保全郎（从五品）、成安郎（正六品）、保和郎（从六品）、成全郎（正七品）、医正郎（从七品）、医效郎、医候郎(以上正八品）、医痊郎、医愈郎（以上从八品）。其授官在正三品以上者，不限于此阶。
  此外，集贤院领导的单位中，有饮膳太医，储政院所属有典医监领东宫太医、修和宫禁药饵”30，设达鲁花赤二员（正三品）、卿二员、太监二员、少监二员、丞二员、经历一员、知事一员、吏属十八人。典医监，领一司二局，一为广济提举司，“掌修合药饵以施贫民”31，设达鲁花赤一员、提举一员、副提举一员；二为典药局，掌修制东宫药饵，设达鲁花赤一员、大使二员、副使二员、直长二员；三为行典药局，“掌供奉东宫药饵。这些都是服务宫廷和承太子使令的医官。另外，中书省有省医三人，刑部有部医一人，枢密院有院医二人，御史台有台医二人。江南诸道行御史台也有台医，大宗正府有医生一人。这一类职司，都是为机关保健而设置的。在至元八年(公元1271年）元政府在各地设立专为军人医疗服务的安乐堂。
  对医学教育，元代政府也很重视，从中统三年（公元1262年）起，在各地建立医学校。至元九年(公元1273年)设有专门管理医学教育的医学提举司，凡各地医生的考核、选拔、医书的编审、药材的辨验，都属其职责范围，而医学提举司又由太医院领导。关于医学教育实施的办法,大抵医学生员，就各路府受学，每岁由医学提举司，拟定十三科疑难题目，呈由太医院转下诸路医学校教授，令医学生员依式习课，年终置薄解送提举司以定其优劣，每三年选试一次，于是年之八月内，先由各路总管府考试十三科经论，中试者次年二月赴大都省试；其试验者着重考校医经文字，辨验诸药产地、性味;合试经书，则有《素问》、《难经》、《圣济录》、《本草》、《千金翼方》等。考试中选者，分别补充太医承应，当时极重其选，故多名医33。元代医学校有十三科，后合并为十科,其中较突出的是出现了正骨科。为保证较高的教学质量，元代不仅如上所述注重对学生的严格考核，而且对各级教师也同样实行考核奖惩制。这些措施的实施，为元代医学教育的发展奠定了基础。
  此外，为了避免庸医伤人，从至元八年(公元1271年）起，元政府实行医生考试制度34。规定每三年一试，其试考校医经、辨验药性，合试经书主要为《素问》、《难经》、《本草》、《千金方》等。至元九年（公元1272年）各路设“医学提举司”，掌管考核医生、试验在职医官、培养学生，领导各路医学等工作。延祐三年(公元1316年），规定每位医生必须精通十三科中的一科，并要经过内外郡县的医学考试，及格者才能行医；凡充任太医和郡县医官的人，也要经过考试合格方可任职。
  在加强药品管理方面，元政府也采取了一系列措施，如禁止卖毒药。元代统治者为了防止汉族人民的反抗，误服毒药，所以下令禁卖毒药。在至元五年(公元1268年)下令禁卖的药物有乌头、附子、巴豆、砒霜以及各种坠胎药等。至元六年(公元1269年）禁止假冒游行货药。至大四年(公元1311年)除禁乌头、附子、巴豆、砒霜四种外，又增加了大戟、芫花、黎萎（芦）、甘遂、侧子、天雄、乌喙、莨菪等。在延祐六年(公元1319年）禁止玩弄蛇虫畜兽、聚众售药，违者处以重罪35。
  据此可知，元代在医事制度、医药管理、医学教育方面的制度都极其健全。这种完善的医事制度，促进了元代医药学的进步。
  元代医学教育多交地方主办，公元1262年太医院大使王犹建议在全国各路设立医学，各州及大多数县也设立了医学。上州、中州的医学设教授，下州设学正，县设教谕，管理各级医学教育。
  作为元代疆土之内的西域，也必然遵循元王朝的各项医学法令，在各州、县设置相应的医事机构。
  元代，在西域广袤的地面上，主要生活着三个兄弟民族。北部阿尔泰山、额敏河一带，是蒙古族游牧的场所。西北部的阿里麻里、海押立和普剌等地，主要居民是哈剌鲁人（即唐代的万逻禄，是突厥的一部分），当这些地区归附蒙古政权以后，不少蒙古人也迁移到这里。天山南北的其他地区，主要居民是维吾尔族。以哈剌火州和别失八里为中心的东部地区，原来是高昌回鹘所在地，元代把这一带称为畏兀儿地面，居民则称为畏兀儿人。西南部原为葱岭回鹘，元代这一带地区的居民没有统一的共同体称呼，而是按其所生活的地区分别称为斡端人、可失哈耳人等。在畏兀儿地面以东，还有一个叫做哈密里的地方，就是今天的哈密，其居民被称为哈密里人。公元13世纪初，成吉思汗建立蒙古政权后不久，畏兀儿和哈剌鲁的首领就先后前来归附。公元13世纪20年代末蒙古军队出征西辽，葱岭东西维吾尔居住的地区都归于蒙古政权统治之下。成吉思汗死后，西域被分封给窝阔台和察合台，但畏兀儿、哈剌鲁以及哈密里等的首领，仍享有统治本部人民的一定权力。蒙可汗即位后，为了加强中央集权，建立三处行尚书省，其中之一称为别失八里等处行尚书省，其管辖的范围主要应即是西域。元朝政府为加强对西域的管理，先后设立了宣慰司、元帅府、都护府、按察司等行政机构，计亩征税，发行交钞。在忽必烈统治后期，窝阔台系和察合台系诸王发动对中央政府的叛乱，控制了西域大部分地区，与元朝中央政府对峙。此后双方时战时和。尽管在交战时期，窝阔台系和察合台系诸王仍然承认元朝皇帝是最高统治者，西域广大地区（包括察合台系和窝阔台系诸王控制的地区在内）与中原的政治、经济、文化、医药联系，一直没有断绝过。据《元史•地理志》卷六十三，西北地附录记载：“畏兀儿地（至元二十年，立畏兀儿四处站及交钞库），可疾宁、可不里、巴达哈伤、途思、忒耳迷、不花剌、那黑沙不、的里安、撤麻耳干、忽毬、麻耳亦囊、可失哈耳、忽炭、柯散、阿忒八失、八里芒、察赤、也云赤、亦剌八里、普剌、也迷里、阿里麻里（诸王海都行营于阿力麻里，盖其分地也。自上都西北行六千里，至回鹘五城，唐号北庭，置都护府。又西北行四五千里，至阿力麻里。至元五年，海都叛，带兵南来，世祖逆败之于北庭，又追至阿力麻里，则又远遣二千余里，上令勿追，以皇子北平王统诸军于阿力麻里以镇之，命丞相安童往辅之。）、哈剌火州、鲁古尘、别失八里（至元十五年，授八撤察里虎符，掌别失八里畏兀城子里军站事。……十八年，从诸王阿只吉请，自大和岭至别失八里置新站三十。二十年，立别失八里、和州等处宣慰司。……二十三年，遣侍卫新附兵千人屯田别失八里，置元帅府，即其地以总之。）、他古新、仰吉八里、古塔巴、彰八里(至元十五年，授朵鲁知金符、掌彰八里军站事。）”36。元代这些西域的地名，大部分是现在新疆维吾尔自治区所辖地区。据《中国古今大辞典》对其中部分地名的考证，“可失哈耳”即今新疆维吾尔自治区喀什地区，“别失八里”即今新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州吉木萨尔县37，“阿里(力）麻里”即今新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州38，“也迷里”即今新疆维吾尔自治区塔城地区额敏县等39。
  从《元史·地理志》的记载中，我们可以看到，元朝政府在西域也和其他边疆地区一样进行了有效的统治，如设官府、置驿站、建军站、立屯戍，行交钞、置局织造、计亩收税、有了自然灾害也由内地拨粮放赈济（如公元1278年别失八里一带发生饥荒，元政府曾拨款赈济；公元1286年，又派侍卫新附兵千人屯田别失八里，并置元帅府管理屯田事务）。同样，元代的医事制度、医药管理、医学教育等医学法令也在西域得到推行，为西域培养了大批优秀医生，促进了西域医药学，尤其是维吾尔族医学的发展。而维吾尔族医家安藏翻译中医经典著作《难经》、《本草》等书的事实正是元代在西域地区发展医学教育的有力证据之一。据《新元史》记载：安藏，字国宝，元代畏兀儿人，世居别失八里，尝奉旨将《尚书》、《资治通鉴》、《难经》、《本草》等著作，翻译成畏兀儿文以进@。从此，维吾尔族人民有了本民族文字的中医药经典著作，为畏兀儿人民学习中医药知识铺平了道路，安藏也为西域的医药学教育做出了杰出的贡献。
  被安藏翻译的这些医学经典著作，正是元朝政府规定医学生必修的《素问》、《难经》、《圣济总录》、《本草》、《千金方》等医学课程中的一部分。试问，如果西域没有医学校，没有医学生，没有医学教育的话，医家安藏又何必要奉旨进行医学经典著作的翻译工作呢？因此，我们从安藏翻译中医药学经典著作的事实中可以看出，元代的各项医事制度、医药管理、医学教育制度等都在西域得到了充分地贯彻实施。而这些医学制度在西域的实施，促进了西域的医药卫生事业的发展，促进了元代丝绸之路医药学的密切交流。