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元代是我国封建社会历史上第一个由少数民族统一全中国的封建王朝，是我国统一的多民族国家发展和巩固的历史时期，也是中国医学史上各少数民族医学空前交流发展的历史时期。
  公元13世纪初叶，北方的蒙古族逐渐兴起。公元1206年，被尊称为成吉思汗的铁木真统一了蒙古各部，建立了蒙古政权。公元1234年蒙古政权灭掉金朝。公元1271年成吉思汗的孙子忽必烈正式定国号为元，定都大都。公元1276年元军攻占了南宋的都城临安。公元1279年，元军打到南海边的崖山，南宋大臣陆秀夫背着年幼的皇帝投海而死，南宋宣告灭亡。元朝统一了全中国，结束了自唐以后三百多年的分裂局面。
  元代初期，由于蒙古族军队擅长征战，从而使疆域扩拓，横跨亚欧两洲，“北逾阴山，西极流沙，东尽辽左，南越海表”，比汉唐盛世时的版图更为辽阔，成为世界史上空前未有的大帝国。元朝统治者采用“汉法”，稳定了社会政治，促进了经济发展，商业繁荣，海陆交通发达，对外贸易活跃，各民族的彼此接触日趋频繁，与各国的交往日趋密切，从而促进了中西方文化交流和科学进步。宋代时期中国发明的指南针、火药、活字排版印刷术传到欧洲各国，欧洲的数学、天文学以及工艺，炮术、建筑术等也输入到中国。在医学方面，13世纪中叶，欧洲人爱薛和约翰等都曾到北京行医，并把西洋医学介绍到中国来;阿拉伯人也来中国寄居，传来了阿拉伯人民所习用的治法和药物；当时在北京就有中国医学和阿拉伯医学两种不同的医学体系。元代，由于理学流派的影响，促进了学术界理论研究风气的兴起，影响到医学界，使医学理论的研究形成了不同的流派，出现了医学界百家争鸣的生动活泼的新局面。中国医学史上有名的金元四大家之争，标志着我国医药学术思想已发展到了一个新的阶段。元代时期，各少数民族医药学得到了空前的发展和密切的交流，回鹘族医学、吐蕃族医学、党项族医学、回回医学、蒙古族医学不断发展，彼此渗透，从而促进了丝绸之路医药学交流，丰富了祖国医药学宝库。