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两宋时期，中日两国的经济、文化、医药交流也比较频繁。在宋代，明州一直是中日交通的门户，中国到日本的商船，多由此地放洋，回国时亦停泊于此。由于明州海外贸易的发达，所以当地颇有通晓日语的译人。据南宋周辉《清波杂志》卷四记载：“顷在泰州，偶倭国有一舟飘泊在境上，一行凡三二十人，至郡馆谷之，或询其风俗，所答不可解。旁有译者，乃明州人当时从日本输入的货物，主要是木材、黄金、硫磺、水银、砂金和各种手工艺品。木材大量用于建筑房屋与造船，如南宋时，明州天童山干佛洞和阿育王山舍利殿的楹柱，都是用日本的大木材造成的。日本的木材，价廉物美，我国人民喜欢购用，老年人多希望买来作棺木。中国黄金的价格比日本高，因此日本的黄金大量输入中国。单在南宋理宗宝祐时，庆元府（明州的改称）一年之间由日本商人输入的黄金总额约有四五千两;而南宋时期，中国黄金年产量也只有数千两。日本黄金的大量输入，有利于中国商品经济的发展。日本制造的宝刀和纸扇（折扇），最负盛名，深得宋代士大夫的喜爱。尤其是日本纸扇上的绘画多出自名家手笔，很受宋人赞尝，江少虞的《皇朝事实类苑》卷六十《风俗杂志•日本扇》中叹为：“意思深远，笔势精妙，中国之善画者或不能也”88。而中国输往日本的商品，主要是瓷器、丝绸、香料、药材、书籍、文具以及铜钱等。北宋初和神宗时，准许铜钱出口，但因日本与东南亚诸国需要量太大，特别是日本镰仓时期（公元1185—1333年），商业发达，而其国内币制紊乱，铜钱质量低劣，所以对中国钱币需求十分迫切。南宋理宗时，日本政府一次就从中国运去铜钱十万贯。日本商船也从台州偷运铜钱，甚至使台州城内一度铜钱绝迹。据不完全统计，日本全国二十八处出土中国钱，自唐至明共为五十五万三千余枚，其中北宋钱占百分之八十二点四，这些钱大部分是南宋时输往日本的。中国书籍也不断传入日本。如北宋太宗时，中国的雕版印本《大藏经》(开宝敕版的初印本）等大部头书，由日本僧人奝然于雍熙三年(公元986年）坐中国商船带回日本，藏于京都法成寺。此外，《新唐书》、《新五代史》等书，也在南宋时传入日本。同时，两国僧徒频繁往返，如日本名僧荣西，在公元1168年和1187年两次来中国学习禅宗，他不仅把禅宗输入日本，还将茶种带回日本，并著书宣传茶的作用。这些僧徒在促进中日文化交流方面也起了重要作用。
  两宋时期，中日两国间的医药交流也较密切。据赵汝适《诸蕃志》和日本史学家宫本泰彦《中日文化交流史》记载.当时我国运往日本的主要是香药，日本输入我国的大多为硫磺。如咸平元年（公元998年）日本名僧奝然派遣弟子赴宋赠送琥珀等贵重物品，其中硫磺就有七百余斤。福州客商周文裔在天圣六年(公元1028年），赠送给日本右大臣藤原实资的礼物中，则有麝香、丁香、沉香、熏陆香、诃黎勒、朱砂等药物。康定二年(公元1041年）、宋惠清到日本镇西行医。同年，藤原清贤奉命赴宋求治眼方。治平三年（公元1066年），南宋王满赴日本时带去“灵药及鹦鹉”89。宋医郎元房亦曾到日本，并得到当政者北条时赖和北条时宗的信任，担任他们的侍医。
  日本丹波家族的荣西，也在乾道四年(公元1168年)和淳熙十四年(公元1187年)两次入宋。据载，他曾从中国带回茶种，还参考宋代的《证类本草》，撰成《吃茶养生记》二卷。书中写到：“得唐医口传，治诸病，无不得效验。®大力提倡喝茶养生。许多入宋的日本僧人，不仅在中国学到了医疗技术，而且在回国之际带去许多中医古籍，如藤原隆英就在我国学会了解毒丸的制作方法。智玄自宋学医回国后，曾为后鸟羽天皇治病成功。淳祐元年(公元1241年），园尔辨园从宋带回典籍达数千卷，藏于普门院书库。故在普门院《藏书目录》中，就载有中医书籍三十余部。其中《魏氏家藏方》十一册，就是宝庆三年（公元1127年）的刊本。中国医学在日本的传播，促使日本医学家自著医学方书。宋太宗雍熙元年(公元984年），日本著名医学家、针博士丹波康赖根据巢元方《诸病源候论》以及晋唐之间百余家医论，写成《医心方》三十卷，以进于圆融朝，此为日本早期最具权威的医学书籍，当时被推崇为方书的府库，日本曾用此书以课授医生，后人还续出有节要的著述。《医心方》是日本研究我国医学现存重要的著作。该书保存了许多我国已佚医书的内容，所以很具有历史价值。其后，丹波康赖医业世代相传，在日本很负盛名，其曾孙丹波惟忠著有《医略抄》、《医心方略》等书，由于医术精湛，被尊称为“日本的扁鹊”。
  两宋时期，中日两国通过海上丝绸之路，在经济、贸易、文化、医药方面进行了广泛的交流，尤其是在医药学方面交流更为频繁。
  在医学基础理论、药物学、方剂学诸方面密切交往以及两国医学家之间医疗活动的频繁，使医学著作大量涌现。两国之间的医药交流，丰富了中国医药学宝库，又促进了日本汉方医学的发展，为中日两国人民的卫生保健事业作出了一定贡献。