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两宋时期，中国医药学获得了全面大发展。在其影响下，西域各少数民族医药学也相应地有了较大进步，尤其是维吾尔族医学和藏族医学更取得了引人注目的成就。
  两宋时期，维吾尔医学得到空前发展，维吾尔医学理论体系基本形成。公元10世纪上半期，以操突厥语的游牧民族和部落为主(其中包括游牧于喀什噶尔一带的割禄、样磨、九姓乌古斯等民族），在西域建立了喀喇汗王朝，其疆域包括今巴尔喀什湖以东、以南地区，河中地区及今新疆的西部，中心是楚河附近的巴拉沙衮以及今天的喀什噶尔。伊斯兰教在公元7世纪产生于阿拉伯半岛，随着阿拉伯人的东征，伊斯兰教开始传入西域。维吾尔族人民接受了伊斯兰教后，阿拉伯文、波斯文被奉为官方文字，随着伊斯兰文化广泛传播，公元807—950年以后，阿拉伯、波斯医药学在今新疆南部也逐渐兴盛起来。喀喇汗王朝是第一个信奉伊斯兰教的突厥王朝，它的汗沙土克、渤格拉汗、阿布德、阿勒•克里木是第一批信仰伊斯兰教的贵族统治者。在阿尔斯兰汗、苏夫满的兄弟波格阿汗、哈仓等统治时，喀什噶尔、巴拉沙衮和于阗的政治、经济、文化、医学正处于兴旺发达的鼎盛时期，著名的《福乐智慧》及《突厥语大词典》两部著作就问世于这一时期。其中，在《福乐智慧》中就有这样的记载:“此外还有一些不同职业，他们的知识又不同，其中一种是医生，他们为人治病。这种人也为你服务，缺少他们生活就不好。人们平时要闹病，医生治愈它。你看疾病常常是死亡的伴侣，死亡是人生的大敌，也要好好对付它们，要保护这种人的权力。”29这一记载从一个侧面反映了当时医生所处的崇高的社会地位。《突厥语大词典》所收条目较为广泛，不仅收有天文、地理、饮食、器用等条目，而且还收有许多草木、金石、医学、药物等方面的条目30。其中，所收的疾病名称有麻疹、天花、伤寒、白内障、胃炎、赤痢、感昌、妊娠斑等；收的药物有菖蒲、土木香、青蒿、葡萄、胡椒、龙葵、胡罗卜、紫檀、铁丝莲、阿月浑子、红尖歆子、罂粟壳、酸奶子和硼酸等。该书中还收有过滤水、刀具、药具等医药器械等条目。从这两部名著中，可以看出维吾尔医学在喀喇汗王朝时期的累累硕果。与此同时，也涌现出许多著名的医药学家，撰写了一批高水平的医学著作，独具特色的维吾尔医学理论也在这一时期基本形成。
  在这一时期著名的医药学家及医药学著作有如下数家31:艾卜——奈斯尔•艾勒——法拉比，他出生于外药杀河区，约生于公元870年，卒于公元950年，享年80岁。法拉比是阿拉伯杰出的哲学家、语言学家、数学家和医学家。法拉比所处的时代，正是各种唯心论——神学、占星术、巫术、宗教十分盛行的时期，但他以朴素的唯物主义科学观点对上述唯心主义思想进行了严肃的批判。法拉比一生著书立说，为阿拉伯的科学文化、医药卫生事业发展做出了卓越的贡献。他所撰写的著作有上百种，其中有关医药卫生的著作有《器官的功能》、《论神经病》、《论精神与生命》、《生命的原理》、《关于生命》、《关于生命的性质》、《论自然界的热性•凉性•平性》、《论听觉和视觉》等，可惜因为战乱及其他种种原因，这些宝贵的医学著作均已散失，实为研究阿拉伯医学史的一大憾事。法拉比的研究，对阿拉伯及维吾尔医学理论体系的形成以及现代维吾尔医学的发展都做出了巨大的贡献，产生了举足轻重的影响。公元13世纪阿拉伯史学家艾尼•海立卡尼在其著作中记载：“伊本•西拿的著作也全部反映了法拉比的精髓。”（见《伊斯兰教哲学史》第96页）伟大的东方医学家伊本♦西拿，从年轻时就读遍了许多医学大师的著作，尤其酷爱艾勒——法拉比的著作。伊本•西拿的医学学术思想对维吾尔医学理论体系的形成，产生过极其重大的影响。他的医学著作《医典》，曾在公元1057年被萨吉经学院作为教科书使用。这一时期，维吾尔族科学家布拉克别克、伊麻迪丁 •喀什噶尔分别编辑了《治疗手册》、《医学原理解说》等维吾尔医学著作（今已散失），伊马拉丁 •喀什噶尔撰写了《医典注释》，阿拉依丁、穆汗默德、和田尼编写了《医典疗法之精华》，加马利丁、阿克沙来依用阿拉伯文写了《阿克沙著》等。这些医学著作的编撰，为维吾尔医学理论体系的形成奠定了良好的基础。《艾勒卡奴》是形成于喀喇汗王朝时期的维吾尔医学经典著作，被发现于和田地区，为一手抄本残卷，现存五卷。《艾勒卡奴》一书广泛吸取伊本♦西拿《医典》等阿拉伯医药书籍和同时代其他医学著作的精华，是古代维吾尔医学理论知识的总结。这部书全面论述了维吾尔医学对人体结构、形态、脑、心、中央器官、生理、病理、药理、诊断、治疗方法、预防措施等各方面的认识，并且对维吾尔医学临床实践也进行了详细阐述，确立了维吾尔医学的主导思想和治疗原则。
  喀喇汗王朝时期，维吾尔医学理论体系基本形成。维吾尔医学认为，水、火、土、气是构成世界的基本物质，是一切生命赖以生存的物质基础。由四大物质产生气质，气质产生四津体，四津体产生精神，精神产生各种力，力产生各脏器功能，从而形成了从自然到人体，从生理到病理，从诊断到治疗，贯穿始终的完整的医学指导思想，医学理论体系基本形成。下面对维吾尔医学的基本理论体系简要进行介绍32。
  (1)四大物质学说。四大物质学说是古代朴素的唯物主义哲学思想，也是维吾尔医学的理论基础。维吾尔族人民在长期的生活实践中，在对自然界各种事物的观察体验中，逐渐认识到自然界万物的生长、盛衰，均受四大物质的影响。四大物质各有其属性及特点：火，源于太阳，其在高位，量为最轻，性热情，调节天地寒热、干湿程度，具有使有机物成色的作用；气（空气），位在空中，量比火重，因其位在火之下，水之上，故其性为湿热，以动为性，是万物赖以生存的条件，具有填补空间和隔离的作用；水，位在地面，量较气重，性寒冷，水为万物生长准备条件，起连接和平衡的作用；土，位在水下，量较水重，性干寒，具有收摄作用，能保持事物的属性、成形，并防止水的泛滥。根据四大物质的属性，火、气、水、土分别在人体代表胆汁质、血液质、粘液质、黑胆汁质。进一步又可将体液、器官、组织，按其不同的性质、作用、形态分别归属于火、气、水、土，并以此来阐述人体的生命运动以及人体与外界环境的关系，使诊断获得依据，从而建立起人与自然是一个统一体的整体观念。四大物质并不是孤立、静止不变的，它们之间有着相互资生和助长、相互制约和克制的关系。四大物质学说以此来说明事物之间的相互关系，在医学领域则表现为人体的生理运动和病理状态。如胆汁质(火)之热可温血液，表现为相生的关系；粘液质(水）之寒，可制约胆汁质(火）的元热,表现为相克的关系；如果胆汁质失调可影响血液质的正常功能等。因此，在诊断治疗时，不但要治疗病变的体质，还应考虑到与之相关的体质，从而达到治疗目的。四大物质学说，在一定程度上阐述了人体的生理、病理状态，指导了临床的诊断及治疗，在维吾尔医学理论体系中占有重要位置。当然，四大物质学说也有一定的缺陷，还不够全面，需要进一步完善其朴素的逻辑推理等方面的不足之处。
  (2）气质学说。气质学说是维吾尔医学理论体系的重要组成部分之一。气质分为平和气质和非平和气质(或称非正常气质)两大类型。平和气质又分为八类，非平和气质又分为两种。在长期的实践观察中，维吾尔医学家将人体的气质又总结为四型，即干热型气质、湿热型气质、湿寒型气质、干寒型气质。每型气质包括了这种人的一般性情及易发病。如干热型气质的人，急躁易怒，动作迅猛，敏感多情，克己力差，少寐等，属血液中的胆汁质，易患精神病、肝病、消化系统的疾病等。因此，对不同气质的病人，在治疗方面应予以区分。同时，人体各器官、部位具有相应的气质，如心脏的原气质为干热；肝脏的原气质为干热，肺脏的原气质为湿寒，胃的原气质为湿热.睥脏的原气质为干寒，肾脏的原气质为湿寒等。各脏器部位的原气质，在正常的功能活动中，在相互作用影响下，原气质又变成正常气质。如脏原气质为干热，心脏的干热气质变为温热气质，保证了心脏正常的功能活动。了解和掌握人的气质类型、脏器及部位的原有气质，对于认识人体，诊断疾病，正确的进行治疗，都有十分重要的意义。
  (3)四津体学说。人体吸收各种营养物质以后，按人体不同需要，变化而成的体液称作四津体液。它们分为血津、痰津、胆津、黑胆津四种。四津体各有其属性、产生来源及功能。如痰津有正常与非正常两大类。正常自然的痰津，性湿寒，味淡，色白，属于水，位于肺及全身，产生于人体所吸收的各种液体营养物质，主要是蛋白质及血液质中的生血成分。痰津是人体不可缺少的粘液状营养物质，具有营养、滋润及滑利的作用。当人体处于失血状态时，痰津便流入血液质内，补充人体失去的血液，是人体贮备之血。非自然痰津又分为六种，均属病理状态。四津体的正常形成，主要依靠健全的脏器功能，而脏器功能是否正常运行又有赖于四津体数量与质量的自然与非自然。四津体的生理与病理变化，直接影响人体气质的变化，由此可査明发病原因，指导临床的诊断和治疗。人体的生命活动是一个复杂的综合性的活动过程。四大物质、四津体、气质与人体脏器功能的相互协调，维持着正常的生命活动，它们之间的制约关系，保证了各种功能活动的正常进行。一旦这种协调关系失常，则意味着将产生各种疾病。
  (4)人体气（力）。气包括第一气(先天之气及生命气)和第二气(后天之气）。这两种气包括了生命气、感受气、思维气、判断气、自卫气、记忆气、消化气、排除气、生长气、遗传气等十余种气。气的核心在心，心气布散于周身，生命赖此以维持，气为人体活动的根本所在。
  (5)人体脏器。人体的脏器包括首脑器（中央器官）和如心、脑、肝、睾丸等非首脑脏器两类。首脑器又分为辅助器官与非辅助器官两种。辅助器官按其分布的位置、功能性质，又分为主辅助与辅助器官两种。主辅助器官对其他器官的支配相对而言占主导地位，借助于其他辅助器官和接受主辅助器官的支配进行工作的器官，被称为辅助器官。非辅助器官即接受生命之气的营养，在本质和质量方面，又不能成为独立器官，也不能支配其他器官，因而被称为非辅助器官。
  (6)诊断学。维吾尔医的诊断方法，包括问诊、切脉、摸诊、痰液的肉眼观察法、小便的肉眼观察法、粪便的肉眼观察法以及其他辅助检査法等十余种。其中维吾尔医十分注重切脉、察舌，尤其是脉学，在接受中医学的基础上，独创十余类、48种脉象。按脉的长短、宽细、高低、快慢、沉浮、査脉的部位，分别有据术式脉、波浪式脉、钉钉式脉、鼠行急促脉等。
  总之，公元10世纪到11世纪的喀喇汗王朝时期，维吾尔医学在众多医药学家的努力下，在广泛吸取阿拉伯医学及中医药学的基础上，不断地发展，终于形成了其独立的理论体系，标志着维吾尔医学的发展已进入了一个新的历史阶段。
  维吾尔医学家在长期的医疗实践中，一方面采用药物治疗，药物剂型有丸、散、膏、糖浆剂、煎剂；用药的方法也十分丰富，有内服、外洗、熏浴、坐药、穴位敷药等数种。另一方面，还充分利用西域的自然地理条件，创用了许多独特的治疗方法，如日光浴、水浴、沙疔、冷热敷、放血、裹兽皮治疗法等33。其中，埋沙疗法的历史十分悠久，这种治疗方法充分利用了西域沙漠辽阔、日光照射强、沙表温度高（可达摄氏80度至85度）的自然条件。它的发现大约是人们因偶然的机会，露宿沙地或经常徒步经过沙漠时，由于沙表的熨煨作用，致使某些风、寒、湿所致的关节痛、腰痛等疾病的症状减轻或消失，久而久之，人们便逐渐有意识地使用这种方法来治疗疾病。现在新疆各地凡有条件的维吾尔医医院，都在采用这种治疗方法，取得了较好的疗效。大约在唐宋时代，维吾尔医学家发明了治疗白癜风病的医方，载于有关的维吾尔医学文献中，当时仅用茴香—味药治疗，目前已发展到以药物内服，同时配合日光疗法进行综合性治疗，取得了较显著的效果。这些独具特色的治疗方法，不但提高了维吾尔医的医疗水平，也极大地丰富了祖国医药学宝库。
  维吾尔医的医学教育历来是师徒传授的形式。到了公元11世纪中期，喀喇汗王朝时规定，医生必须精通二门以上外语，主要是阿拉伯语、波斯语、乌尔都语34。在当时的喀什噶尔城，有一所高等学府——“萨吉亚宗教学院”,公元1057年在阿图什境内设立了其分院——“萨吉经学院”。在这里伊本•西拿的医学著作《医典》、《表症的出现》、《治疗的救星》等，被作为教课书向学生传授。南疆地区的许多名医，曾就读于这所学院。萨吉经学院为当时西域培养出了一大批名医，在整个维吾尔医医学发展史上，具有十分重要的意义。喀喇汗王朝时期，不仅是政治、经济大发展的重要时期，也是维吾尔族科学文化，尤其是维吾尔医学取得辉煌成果的历史时期。
  在两宋时期，我国藏族医学也得到了空前发展。公元9世纪中叶，吐蕃王朝第九代藏王达磨赞普（公元838—842年）因“毁法”而被刺杀，又因无子而导致了贵族争权的战乱。长期遭受剥削压迫的奴隶们，纷纷举行起义，反对奴隶制度。奴隶起义持续了九年之久，终因缺乏经验而被奴隶主贵族势力残酷镇压，出现了吐蕃王族四系割据长达三百余年的局面，后来被阿里王朝达磨赞普的曾孙尼玛贡所统一。公元1038年(宋宝元元年），阿里王朝古格王智光派人礼聘孟加拉高僧阿狄夏、迪巴卡拉到阿里地区讲经传法。这两位高僧精通天竺医学，入藏后亲自编译了《头伤固定治疗》、《补精壮阳甘露秘方》等著作，促进了天竺医学与藏医学的交流。后来阿里王朝著名的医学家洛杰•仁钦桑布首先将阿狄夏、迪巴卡拉带进西藏的天竺医学经典著作《八支药方》和解释《八支药方》的专著《目光》翻译成藏文，在西藏地区广为流传。洛杰•仁钦桑布的弟子众多，号称西藏阿里王朝的“普兰四名医”，就出自他的门下35。
  随着四王系割据形势的稳定，在教派之中，有一迭玛教派以从事考古和文物发掘为特点，从而有许多医学著作在各地出土。例如，《医药甘露宝瓶》在今达旺地方被掘出，《救命甘露》在今隆子地区被掘出。尤其重要的是公元1012年(宋大中祥符五年），德敦•査巴旺西在山南桑耶地区桑鸯寺乌兹经堂的瓶形殿柱内发掘出宇妥•元丹贡布手书的《四部医典》，并专心致力于该书的研究和流传。査巴旺西在他逝世前，将该书传给维巴塔礼，以后又依次下传给多敦•贡觉杰布和宇妥•萨玛元旦贡布。
  宇妥•萨玛元旦贡布(公元1126—1213年），是后藏尼昂堆古希热人，自幼跟父亲学医，后又拜师多人，并到印度、尼泊尔、斯里兰卡等国求学探索，后又到江仔地区学习参考内地传入西藏的医书《月王药诊》等。他医术高明，曾在祥白基地区行医。他撰写有《脉诊指要》、《医疗实践简论》、《三部卷轴医经》等医学著作。当他得到宇妥•元丹贡布的手书《四部医典》后，视若珍宝，一方面进行认真的学习和研究，并加以批注；另一方面根据《四部医典》成书后三百多年来藏医学的发展和实践经验的积累，对《四部医典》作了新的补充和修改。与此同时，他还编写了多部关于《四部医典》注释的著作。据统计，流传至今有关注释《四部医典》的著作共有十八部，其中半数都出于宇妥•萨玛元旦贡布的手笔。此外，他的医学著作还有《五行调和论》、《妇人医方十四种》、《本草大全》等十余种。宇妥•萨玛元旦贡布不但是一位杰出的医学家、药学家，还是一位有名的画家，他所绘制的《脏腑解剖图》和教学用的接骨囝画，在藏医学的发展中也发挥了重要的影响。因此，公元1703年(清代康熙四十二年）著名的藏医学家德西•桑结嘉错（公元1653—?年)在全面研究了宇妥•萨玛元旦贡布的生平和著作后，在他的著作《藏医史》中评价说宇妥•萨玛元旦贡布编写的医书，犹如黑暗中的明灯，照亮了藏医学发展的道路”，并把宇妥•萨玛元旦贡布誉为“凡间的药王”36。可见宇妥•萨玛元旦贡布在藏医学发展史上所占的重要地位。
  两宋时期，西域的民族医药学得到了显著进步，尤其是维吾尔族医学理论体系基本形成，并出现了许多著名的维吾尔医学家和医学著作；藏医学得到很大发展，以宇妥·萨玛元旦贡布为代表的藏医学家们，撰写了大批藏医学著作，推动了藏医药学的发展。这些民族医药学的进步，促进了宋代丝绸之路医药学的广泛交流。