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隋代在临床医学方面积累了丰富的经验,对疾病的病因、病机和证候的描述都比较详尽，其中巢元方等人集体编写的《诸病源候论》，是反映公元7世纪以前我国病因证候学方面成就的代表著作。
  《诸病源候论》主要为巢元方等编撰，故简称《巢氏病源》。但据《隋书·经籍志》载为《论病源候论》五卷，目一卷，吴景贤撰® ；《旧唐书•经籍志》则题为《诸病源候论》五十卷，吴景撰®；《新唐书•艺文志》记载有《吴景诸源候论》五十卷，又载有《巢氏诸病源候论》五十卷，后者且题撰者为巢元方;宋代除《通志•艺文略》同《新唐书》载有同名书二种外，其他《崇文总目》、《遂初堂书目》、《文献通考》和《宋史•艺文志》等则只载《巢氏诸病源候论》。另据《北史•麦铁杖传》的记载，当时医界确有吴景贤等人。因此本书系多人奉隋王朝政府诏令编撰，巢、吴二氏均参与其事，但多认为主要是巢元方。《诸病源候论》成书于隋大业六年(公元610年）。巢氏把隋代以前和当时记载的各种病因、证候加以归纳和整理，使之条理化，系统化。全书共五十卷，六十七门，一千七百三十九论。其内容极为丰富，主要论述各种疾病的病因、病机和病变，全书涉及到内、外、妇、儿、五官科等多种疾病。
  《诸病源候论》在病因学方面的记载广博而精详，巢氏对病源的认识和论述，除根据《内经》的基本理论加以阐发外，还结合临床实践，突破前人固见，提出许多有创见的论点。在流行性传染病方面，隋代以前，大多把流行性传染病列于伤寒、温病或时行病中，认为是由于气候变异，人触冒之而发病。而巢元方指出“疫疠”、“时气”有流行性和传染性，“疫疠皆由一岁之内，节气不和，寒暑乖候，则民多疾病，病无长少，率皆相似”(疫疠病候）。“夫时气病者，此皆因岁时不和，温凉失节，人感乖戾之气而生，病者多相染易，故须于服药及为方以制之”(“时气令不相染易候”）。在寄生虫病感染方面，巢氏在“蛔虫候”论指出：“蛔虫长一尺，亦有长五六寸，或因脏腑虚弱而动，其发动则腹中痛，发作肿聚，去来上下。……口喜吐涎及吐清水”;在“蛲虫候”论曰：“蛲虫形长小，如今之癘虫状，亦因脏腑虚弱而致发病。”;在“寸白虫候”论指明：“寸白虫(类似蛲虫）或日饮白酒。一云以桑树枝贯串牛肉炙”;对羌虫病，在“沙风候”中指出：“山内水间有沙风”，“其中长细不可见”，“人浴及汲水澡浴，此虫著身，及阴雨日行草间亦著人”。以上均说明巢氏对多种寄生虫病的病源作了详细论述。对血吸虫病，巢氏在“水毒候”中还就血吸虫病作有一定论述，指出血吸虫病流行地区“自三吴已东，及南诸山群山县。有山谷溪源处，有水毒病”,发病季节“冬月蛰在土里”，“夏月在水内”，“春秋取得”。传染途径为“夏月在水内，人行水上，及以水洗浴，或因大雨潦时，乃逐水便流入人家，或遇道上牛马等迹内即停住”。在创伤性感染方面，巢元方对多种创伤性感染的病源和途径作了精辟的描述，如对破伤风则认为此病在外科与金疮感染有关；在妇科与产褥感染有关；在小儿与脐疮感染有关，并说明此病与中风、贼风、风癫相鉴别的要点。又如“马毒入疮候”论中曰：“凡人先有疮而乘马，汗并马毛垢及马屎尿，及坐马皮䍽并触有毒，毒气入疮焮痛，疼而烦热，毙人”。在过敏性疾病方面，巢元方已认识到某些过敏性疾病与人的体质禀赋有关。如在《漆疮候》中对漆过敏的描述:“人无问男女大小，有禀性不耐漆者，见漆及新漆器便着漆毒，……也有耐漆者，终日烧煮，竟不为害也。”在其他方面，如对石淋的病源认为是在肾脏，与机体物质代谢失常有关:“淋而石出，谓之石淋，肾主水，水结化为石，故肾客沙石”。对山区多见的癭病的病因指出是由于“饮沙水”而酿成。对不育症的病因，不能单方面责之妇人。对疥疮的发病，巢氏也举揭无遗:“疥者，……并皆有虫。人往往以针头挑得，状如水内癟虫。”“疥疮多生于手足之间，小儿多因乳养人之病疥，而染着小儿也”。
  《诸病源候论》对中风、风痹、虚劳、伤寒、天花、霍乱、疟疾、水肿、腹水、黄疽、消渴、脚气、呕哕、寄生虫病、精神病、痔漏、月经不调、白带、阴挺、乳痛、妊娠恶阻、难产、产后恶露、淋病、肛门瘘管、痈疽等多种疾病的症候作了至详至微的描述。其中对中风、麻风病、糖尿病、脚气病、急性血吸虫病和猩红热等症状的描述，更是发魏之医家所未言。巢元方对中风症候的描述道：“中风其状奄忽不知人，喉里哕哕然有声，舌强不能言，汗不出，体直”(“风癔候”）；在“风偏枯候”中描述中风瘫痪的症候为:“其状半身不遂，肌肉偏枯，言不变，智不乱”；在“偏风候”又云：“偏风者，风邪偏客于身一边也，……其状或不知痛痒，或缓纵”。对麻风病巢氏则分期描述其症候，早期为“初觉皮肤不仁，或淫淫痒如虫行，或眼前见物如熏然”；潜伏期则“初入皮肤不能自觉，或流通四肢，滞于经脉”。巢氏描述其病“或在面目，羽羽奕奕，或在胸颈，状如虫行，身体遍痒，搔搔生疮，或身面肿，痛彻骨髓”，甚者“眉睫堕落”，“鼻柱崩倒”、“肢节堕落”，“彻外从头面部即起为疮肉，如桃核小枣”，则类似于近代所称之结核样型麻风；若“拘急难以俛仰，手足不能摇动，面无颜色，恍惚多急”，则类似于现代医学所称之神经型麻风。对糖尿病的论述，巢氏在“消渴候”中描述道：“夫消渴者渴不止，小便多是也”，“其病多发痈疽”，“有病可甘者，……此肥美之所发，此人必数食甘美而多肥”，与现代医学糖尿病的症状极为吻合。《诸病源候论》认为，脚气病“皆由感风毒所致，得此病多不即觉”，“其状自膝至脚有不仁或苦痹，或淫淫如虫所缘，或脚指及膝胫洒洒尔，或脚屈弱不能行，或微肿、或酷冷、或痛疼、或缓纵不随、或挛急”，“或有物如指，发于喘肠，经上冲心，气上者，或举体转筋，或状热头痛，或胸心冲悸。
  ……若治之缓，便上入腹，入腹或肿或不肿，胸胁满，气上便杀人。急者不全日，缓者或一、二、三月”。本病的特点，据“脚气缓弱候”记载，“多从下上，所以脚先屈弱；然后毒气循经络，渐入府藏，府藏受邪气，便喘满。以其病从脚起，故名脚气”。关于急性血吸虫病，巢元方描述说：“初得恶寒，头微痛，目眶疼，心内烦懊”，“朝楚暮剧”，“洞利及呈间出血”，“热势猛者，则心腹烦乱，不食而狂语，或下有血物如烂肝”。关于猩红热病症，巢氏在“伤寒斑疮候”中描述说：“热毒乘虚，出于皮肤，所以发斑疮、隐疹，如锦文，重者，喉口身体皆成疮也”。巢元方除了对各种病症进行广泛的研究外，还记载了当时医学发展的最新成就。如在“妊娠欲堕胎候”中记载说:“此谓妊娠之人羸瘦，或挟疾病，既不能美胎，兼害妊妇，故去之”;在“金疮断肠候”中记载说:“夫金疮断肠者，视病深浅，各有死生，……肠两头见者，可速续之，先以针缕如法，续断肠，便以鸡血涂其际，勿令气泄，即推纳之”;在“拔齿损脉候”中记载说:“拔齿而损脉者，则经血不止，脏虚而眩闷”；在“阴中生息肉候”中记载说：“状如鼠乳”，类似子宫颈息肉。从这些记载中可以看出，隋代时已比较普遍地进行了人工流产、肠吻合、拔齿等手术及妇科检査。
  此外，《诸病源候论》还对证候分类有所改进。全书大体按内科病、五官病、外科及皮肤病的次序排列。在内科病中，把风病、虚劳病、热性病(包括伤寒、温病、热病、时气病）等全身性的“大病”列在最前，其次再根据证候特征，或脏腑系统，对各种疾病分门别类地进行叙述。其中如把消渴、脚气、黄疽等作为独立疾病专章叙述，把脾胃病、呕哕病、食不消病等列在一起，可见巢氏对疾病的分类已有了比较进步的看法，特别是把妇产科疾病分为杂病、妊娠病、将产病、难产病、产后病五类，对后世疾病的分类作出了一定的贡献。
  《诸病源候论》篇章浩繁，内容庞杂，难免瑕瑜兼容，前后重复；但巢元方荟萃群说，详于述证，略于载方，对后世病因、症候学说发展影响很大。《千金方》、《外台秘要》、《太平圣惠方》等许多医学著作都直接或间接地引用了《诸病源候论》的原文或论点。据晁公武《群斋读书志》记载，宋代曾用本书来课试医术，可见巢氏之著在我国医学发展史上所居的地位是何等重要。