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这一时期，有不少医学家从事对《内经》等古典医籍的整理和注释工作。最早进行这项工作的为齐梁年间的太医侍郎全元起，他对《黄帝素问》八卷进行了注释，写成《素问训解》一书①，是《内经》最早的注释本。此书在南宋时已亡佚，但其部分内容保存在宋代林亿等人校订的《重广补注黄帝内经素问》的注文中，对研究《黄帝内经素问》有一定的参考价值。
  杨上善撰写的《黄帝内经太素》是隋代影响较大的注释《内经》的著作②。杨上善在隋大世年间（公元605—616年)任太医侍御，精于医术，他在行医之余，历经艰辛，撰成此书。《黄帝内经太素》是现存研究《黄帝内经》的最早版本之一。该书在北宋时很流行，宋代的林亿、高保衡、孙奇等在校勘王冰《补注黄帝内经》时，就曾以《黄帝内经太素》作过对照勘本。但到了南宋至金元时代，由于战事频繁，兵火浩劫，书便在我国散佚。公元19世纪日本学者在日本仁和寺宫偶然发现了我国唐代传过去的手抄御藏本。我国流行的《黄帝内经太素》系清光绪年间，杨醒吾从日本影抄而归的本子。《黄帝内经太素》凡三十卷，但现存二十三卷，近又发现三卷，尚缺四卷。
  《黄帝内经太素》首创对《内经》作全面分类，正如日本学者丹波元胤所说:“今日者其体列，取《素问》、《灵枢》之文错综以致注解者,后世有二经分类之书，上善实为上首”。《黄帝内经太素》将《素问》、《灵枢》两经各八十一篇全部拆散，按其不同的内容，首次分为为摄生、阴阳、人合、脏腑、经脉、输穴、营卫气、身度、证候、诊候、设方、九针、补泻、伤寒、寒热、邪论、风论、气论、杂病十九大类，每一大类之下又分若干小类，有纲有目，加强了原书的系统性。杨上善撰《黄帝内经太素》虽精勤博访，但对原文却不妄加改动。例如《太素•五脏痿》“肾热者,色害而齿熇”。杨上善注：“熇，当为槁，色黑齿枯搞也”。他明知是错的，但不妄加改动，保持经文原貌，仅以“当为槁”说明之。这样做有益于后世辑佚钩沉。此外，《黄帝内经太素》对经文中某些难解的字句后多引用《说文》、《尔雅》、《释名》、《广雅》等古籍加以解释。如《太素•刺节真邪》中：“舌焦唇槁腊”，杨上善注:“腊，干肉也”。这是引用《说文》的解释。又如《太素•十二水》中“足阳明，外合于海、水，内属于胃”。杨上善注：“海，晦也”。
  这是引用《释名》的解释。当碰到经文中个别疑难文字，《太素》并不牵强附会，姑且释文，而是采取存疑的态度。如《太素•气府》中“上天容四寸各一”，杨上善注：“天容字错，未详”。杨上善以两经分类，虽稍嫌其类目琐碎，未尽得其要，但使《内经》理论体系的脉络日臻分明。