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魏晋南北朝时期，由于海上交通的开辟，我国同南亚各国，尤其是同印度的政治、经济、文化、医药联系更加强了。尤其是佛教在这一时期特别兴盛，僧侣的往来经常不断。据不完全统计，在这一时期，印度等国的僧侣来中国传教、译经的有七十多人，中国僧侣前往印度等国取经的有近九十人。他们多是学问僧，对中国同印度等国的文化交流作出了贡献，其中影响最大的是中国名僧法显。
  法显三岁出家，虔诚信教。公元399年（隆安三年）他从后秦京城长安出发，先后约得同伴九人西行取经。他历经艰险，翻越葱岭，经过今阿富汗到达了印度。他游历了印度各地，到达释迦牟尼诞生地迦维罗卫城，在回国途中又到过狮子国和耶婆提国。他西行取经前后经历了十四年，回国时只有他一人。法显回国后，与刚来中国的尼泊尔高僧佛驮跋陀罗一起翻译他带回的大量佛经；又著《佛国记》，记述了古代中亚、印度、南亚诸国的地理、历史、风土人情；对促进中国同印度、尼泊尔等国的相互了解和文化交流作出了重大贡献。法显在狮子国曾见到过中国制的白团扇。狮子国国王曾赠佛像给东晋安帝。据《魏书•释老志》记载，当时佛经有四百一十五种，一千九百一十九卷，僧尼二百万人，寺庙三万余所，可见这一时期佛教之盛行。
  随着佛教的传入，印度医学也陆续介绍到中国。北周时，从印度翻译进来的《五明论》，其中就有印度医学的一部分。南北朝时期，印度医学对中国医学已有相当影响。陶弘景增补的《肘后百一方》，其名显然是接受了佛教的一百一病之说。陶弘景云：“人用四大成身，一大辄有一百一病”（见《补阙肘后百一方序》)。故陶氏所补《肘后方》以一百一首为度。当时，僧人常用印度医学和中国医学结合的观点，阐明医学理论。晋孝宗升平五年(公元361年），当有人问僧医于法开“高明刚简，何以医术经尔？ ”他回答说:“明六度以除四魔之病，调九候以疗风寒之疾” 。在魏晋南北朝时期，佛教大昌，僧徒甚盛，且中医学的经典著作已陆续完成，僧侣中能通晓医术者日益增多，如支法存、僧深、道洪、智斌、行矩、莫满、昙鸾等，可能由于他们的介绍和倡导，致使一些大概和印度医学有关的方书，纷纷出现，见录于《梁七录》和《隋书•经籍志》。如《摩诃胡出胡国方》、《龙树菩萨药方》、《西域诸仙所说药方》、《香山仙人药方》、《西域波罗仙人方》、《西域名医所集要方》、《婆罗门诸仙药方》、《婆罗门药方》、《焉婆所述仙人命论方》、《乾陀利治鬼方》、《新录乾陀利治鬼方》、《龙树菩萨合香方》、《龙树菩萨养性方》等。这些大概都是以印度方术为主的医方，现已佚亡。
  印度在这一时期，对中国医学和医家也有所了解。后魏时，敦煌人宋云去乌场国取经，当该国国王问起中国情况时，宋云回答中提到了“华佗治病”。中国和印度互派使者访问，是促进医学交流的另一途径。梁武帝天监二年（公元503年），中天竺王屈多（即笈多）派遣使者来建康访问，馈赠琉璃唾壶、杂香等礼物。据《拾遗记》卷九记载太始十年(公元274年)有浮支国（浮支即浮图之讹音，犹言佛国）献望舒草（夜来香、含羞草之类）”，这种“色红”、“叶如荷”的植物，后来被“植于宫中”的池里，“名曰望舒荷池”。说明这一时期，通过各种途径，中国有印度药材的输入，还有印度药用植物的引种。 魏晋南北朝时期，中国和印度等南亚诸国在政治、经济、文化、宗教、医药方面交流密切，尤其是伴随着佛教的传入，印度的医学知识、医药学著作、药物学知识、植物学知识不断地通过丝绸之路传到中国，丰富和充实了中国医药学知识宝库。同时中国的僧侣西行印度，把中国医药学知识介绍到印度，对古老的印度医药的发展也起了积极推动作用。