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魏晋南北朝时期，我国出现了不少重要的医论和方书，对中医理论、方剂学和临证医学的发起了积极推动作用。其中较有影响的有《肘后备急方》、《刘涓子鬼遗方》、《中藏经》、《褚氏遗书》、《小品方》、《集验方》等医学方书。
  《肘后备急方》共三卷，简称《肘后方》，'又名《肘后救急方》、《肘后救卒方》、《肘后急要方》、《肘后要急方》，系东晋葛洪所著。该书内容涉及古代急救、传染病、内、外、妇、五官、精神、伤骨各科以及疾病的预防、诊断、治疗等。其病种、病源和症状的描述，扼要而简洁。同时，选方切合实用，疗法简便。原书上卷，即现存一至四卷，是“内疾”，包括中恶、心腹痛、伤寒、时气、中风、咳嗽、水病、发黄等急性病。原书中卷，即现存五至六卷，是“外发”，包括痈疽、疮疥，耳目咽喉头面疾病等。原书下卷，即现存七至八卷，是“他犯”，包括虫兽伤、中毒、百病备急丸和牲畜病等。该书对疗法的选择，不拘一格，诸如针灸、推拿、角法(拔罐）、㗜鼻、蒸、熨等，凡适合急救的简便疗法，包括外治法，都尽可能选用，如“令爪其病人人中取醒”治疗卒中，至今在农村还常常应用。在药物方面，如常山治疟，麻黄治喘，商陆治水肿，大黄泻下，硫黄、水银、雄黄、密佗僧治皮肤病等，都是古代劳动人民宝贵的用药经验的结晶，有些至今仍被临床应用。《肘后方》普及和实用，对后世医家有深远的影响。
  《刘涓子鬼遗方》为晋末刘涓子著®，后经南北朝时齐人龚庆宣整理，于齐东昏侯永元元年(公元499年）成书。本书现存版本，为宋代刻本，共五卷，其中收载处方一百四十多首。此书是我国现存最早的一部创伤外科专书，主要内容有关金疮、痈疽，其中还包括疮疖、瘰疠、疥癖，及其他皮肤病等。这部书在继承前人基础上，又有新的进展，无论是预防、诊断、治则、方药等方面，都有某些独特见解。
  《小品方》又名《经方小品》，共十二卷®，为陈延之撰，成书于刘宋孝建元年(公元454年)至元徽元年(公元473年)之间。本书内容，第一卷包括药物相畏、相反、备急要方及各药法、调三焦诸方，治胸痹、心痛腹胀、下利、咳嗽、上气、水肿诸方。第二卷治头面风、喉痛、暴厥、中风、狂妄、脚弱诸方。第三卷治渴利、虚劳、梦失、多汗、虚烦诸方。第四卷治霍乱、中恶、食毒、出血、发黄、患淋诸方。
  第五卷丸、散、酒、煎、膏诸方、治下利、咳嗽上气、心腹胸胁中病、虚补养、渴利、狂癫诸方。第六卷治冬伤寒、春夏温热、秋中冷诸方。第七卷治妇女病方。第八卷治少小病方。第九卷治服石方。第十卷治误吞物、烫伤、溺水、眼毒、丹疽等方。第十一卷为本草药性。第十二卷是灸法要穴。《小品方》在清代得到广泛流传，并为医家所重视。因其有较高的学术地位，故唐医事律令将《伤寒论》和《小品方》并列为医生必读之书。
  《集验方》共十二卷，为北周、姚僧垣所撰。其主要内容：卷一为卒心痛、卒腹痛、循尸、疰病等；卷二为天行、伤寒;卷三为中诸毒、自缢等;卷四为心痛、腹痛、症积、吐逆等;卷五为痰饮、咳逆、腰痛、虚劳等；卷六为疟、淋、消渴、癞狂等;卷七为水肿、赘疣、诸虫等；卷八为耳、目、口、齿、舌、喉病;卷九为疖、疮、痈、疽等；卷十为毒箭伤、蛇、蝎、熊、虎伤等;卷十一为妇人病;卷十二为少小病。《集验方》对后世影响较大，在唐宋之间的医籍《外台秘要》、《证类本草》，以及日本丹波康赖的《医心方》中均有引载。