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魏晋南北朝时期，药物学研究有了新的发展，药物学著作也非常丰富。根据《隋书•经籍志》记载®，约有以卞几种:《神农本草》五卷，《神农本草属物》二卷，《蔡邕本草》七卷，《吴普本草》六卷，《陶隐居本草》十卷，《随费本草》九卷，《秦承担本草》六卷，《王季璞本草》三卷，《李当之本草》一卷，《谈道述本草》一卷,宋大将军参军徐叔向《草药源合药要钞》五卷，徐叔向等四家《体疗杂病本草要钞》十卷，王未钞《小儿用药本草》二卷，甘浚之《痈疽耳眼本草要钞》九卷，陶弘景《本草经集注》七卷，赵赞《本草经》一卷，《本草经轻行》一卷，《本草经利行》一卷，云糜将军徐滔《新集药录》四卷，李当之《药录》六卷，《药法》四十二卷，《药律》三卷，《药性》二卷，《药对》二卷，《药目》三卷，《神农采药经》二卷，《药忌》一卷。上述诸书，虽均已亡佚，但从中可以看出当时药物学研究的盛况。
  在这一时期还出现了制药专书。西晋葛洪曾进行过多次制药炼丹实验，其中有汞、硫、砒及升、降二丹的制法，这是世界制药化学的先声。北齐时代的徐之才《雷公药对》根据药物效能，将药物分为宣、通、补、泄、涩、滑、燥、湿、轻、重等十剂，这是最早的药物分类(一说十剂是唐、陈藏器所创的）。刘宋王朝雷敦的《雷公炮炙论》对药物的采集、修治、加工经验等进行结，一千多年来一直指导着药物的加工炮炙，是我国医学史上最早的制药专书。梁代的陶弘景对本草进行整理，写成《神农本草经集注》七卷，这是对中国药物进行的第二次大总结。
  在上述本草学著作中，影响较大的有《吴普本草》、《本草经集注》、《名医别录》、《雷公炮炙论》四部。其中《本草经集注》和《名医别录》将在丝绸之路医药学交流部分详细介绍，现仅简单介绍《吴普本草》和《雷公炮炙论》。
  《吴普本草》为华佗弟子吴普所著，全书共六卷，载药四百四十一种，是中国历史上第一部有明确作者的本草学著作。吴普是广陵（今江苏江都县东北)人，他是华佗医学的主要继承人，活了九十多岁，他公元239年以前撰著了本书。该书著录药物范围较广，除沿用和充实《神农本草经》的正名、性味、功用、别名和产地等五方面的内容外，又增设了药物生态、形态、采集、炮制、加工、配伍宜忌项目。《吴普本草》对药性的介绍，采用一药多论，兼顾各家之说的著录方法，比《神农本草经》一种药仅收录一种药味，内容显得丰富。尤其对药物的毒性，颇为重视。对药品的别名《神农本草经》多不记载，或偶而载一二种，《吴普本草》则一一载列，如“贯众”有八个异名，“薯预”有秦、越、齐、楚、郑、赵六个地区的不同称呼。别名的载列，对于防止发生同名异药和异名同药的错乱现象，以及促使药名趋向统一是有益的，并为后世研究古代地方药物提供了方便。
  对药物功用的说明，除保留《神农本草经》的内容之外，增补了一些新的知识。关于药物产地的记载,它也比《神农本草经》具体，多列出实际地名。对药用植物的生态和形态的描述也很详细。其他如药物的采集时间、加工炮制、畏恶宜忌等内容的介绍也颇为深入。
  《吴普本草》对后世药物学、植物学、农学，都产生了广泛而深刻的影响。陶弘景在编撰《本草经集注》和《名医别录》时，已将《吴普本草》作为主要参考书之一。此外东魏的重要农书《齐民要术》也辑录了《吴普本草》的部分资料。后世的《蜀本草》、《嘉祐补注本草》、《本草图经》、《证类本草》、《本草纲目》等本草学著作均撷取了《吴普本草》中的精华或以它作为素材。
  《雷公炮炙论》，简称《炮炙论》。作者为雷敦，南北朝时宋人，道家，是我国制剂学始祖。《雷公炮炙论》是一部专门记述药物的性味、煮熬、炮炙、修治等理论和方法的专著，共三卷，载药三百种。药物经过一定加工处理以后，可降低毒性，缓和偏猛药物的药性，改变药物的某些特性，以及防止药物变性，有利于提高和保持疗效，降低药物的副作用。药物通过修拣整理，还有利于进一步加工及贮藏，书中记载：“凡修事巴豆，敲碎，以麻油并酒等可煮巴豆子，研音后用。”巴豆是剧毒药品，用麻油一起煮，可使其有效成分巴豆油溶解于麻油中，而巴豆所含的毒性蛋白质则受热后变性破坏。又如大.黄，要求剉蒸后晒干，这种加热破坏酶的处理方法，可防止大黄的有效成分蒽醌甙，被其共存的酶分解,使贮存期延长。此外书中还指出，含挥发油成分的药物，“勿令犯火”，不可用高温处理。含鞣质的药物，如芍药、没食子等不宜用铁器加工。蛇类药用酒浸后炙能防腐，质地坚硬的贝类药物用煅制，便于粉碎应用等。《雷公炮炙论》在前人的基础上，增加了炒、煨、煅、飞、度、镑、伏、杀、璏、曝等法。而每一类大法，又有许多不同的处理方法。如浸法，根据溶媒的不同性质，分为水浸、盐水浸、蜜水浸、浆水浸、药汁浸、米泔汁浸、酒浸、醋浸等。又如炙法，分为蜜炙、酥炙、酥蜜炙、猪脂炙、黄精自然汁涂炙。煮法分为水煮、盐水煮、浆水煮、甘草水煮、米泔水煮、药汁煮、乌头煮等。蒸法分为一般蒸、酒拌蒸、黄精汁浸后蒸、生地黄拌蒸，以及其他药汁拌蒸等。由此可见雷敦炮制方法是丰富多彩的。
  总之魏晋南北朝时期药物学的发展是显著的，所取得的成就是巨大的。