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两汉时期，已有了较完备的医事制度和卫生设施。汉有太医令丞、药丞、方丞、侍医、女医等。据《汉书•百官志•公卿表》记载：“奉常属官，有太医令丞。……少府属官，有太医令丞。”说明西汉太医令丞有二，一属太常，一属少府，均主医药。据《汉书•王嘉传》记载：“侍医伍宏等侍内案脉。” 又《贡禹传》记载：“侍医临治……”《艺文志》记载：“侍医李柱国校方技等。” 侍医主要是医治天子疾病，故颜师古注曰：“侍医，天子之医也。”此外，宫妃医事，有所谓“女侍医”，又称“女医”或“乳医”，专侍产乳诸疾，故《外戚传》记载：“有女医淳于衍得入宫侍皇后疾。”此外尚有太医监、尚药监、医工长等，《通典》记载：“汉有医丞，有医工长。汉成帝时又设本草待诏。汉平帝元始五年，曾徴“天下通知……方术、本草……教授者，遣诣京师”(见《汉书•平帝纪》）。据《史记•仓公传》记载，当时诸侯王国，也有太医和侍医。西汉末年，王莽称帝时亦有太医，在军队中有伤病医与兽医。据《居延汉简》载，在居延和敦煌附近，都曾发现汉简，其中有“作病医宋昌”字样，又有治牛马伤病的药方;还有折伤簿，书面有“天凤元年”字样，天凤是王莽的年号。东汉时，医药官制比较明确，据《后汉书•百官志》称：设太医令一人，掌诸医，计员医二百九十三人，员吏十九人，药丞各一人，主药，方丞一人，主药方。据《后汉书•李固传》记载有侍医，据《后汉书♦盖勋传》记载有尚药监，据《通典•职官典》卷十八记载有大长秋中宫药长，医士长，据《通典•职官典》卷七记载有医工长等医药官员。同时凡官府各部均置官医，考选补用均由太医令主之。
  两汉时期已有医院的萌芽，公元2年（汉平帝元始二年），郡国大旱蝗，人民流亡，当时的措施是“民疾疫者，舍空邸第为置医药”。。这是雏型的传染病院。据《后汉书•皇甫规传》记载，公元162年，“皇甫规军中大疫，死者十三、四，规亲入庵庐巡视将士，三军威悦”。这种庵芦当即军人养病之所，具有临时军医院的性质。
  至于民间医事，据《后汉书•曾褒传》记载：曾褒任城门校尉“时有疾疫，褒巡行病徒，为致医药，……多蒙济活”。又据《后汉书•钟离意传》记载：“建武十四年(公元38年），会稽大疫，死者万数，意独自隐亲，经络医药，所部多蒙全济”。以上两段记载，说明对民间疾疫，已设有专门人员管理。医学传授均为民间私相传授，诸如淳于意受业于阳庆公孙光，意复传授予宋邑、高期、王禹、杜信、唐安、冯信。张仲景受业于张伯祖。师徒授受，演成风习，沿袭后世，影响深远。
  此外，汉代的预防医学以及环境卫生都比前代进步。汉代注重疾病预防，如《淮南子·说山训》记载：“良医者，常治无病之病，故无病；圣人者，常之无患之患，故无患，而在《汜论训》记载道：“狂马不触水，狾狗不投于河。” 这都强调要预防疾病，防止水源污染;关于水源卫生，在《后汉书•礼仪志》中记载曰夏至日浚井改水，冬至日钻燧改火，可去温病。”更明确提出讲究水源卫生，预防温疫疾病的办法；汉代开始修造下水道，汉代用砻石为沟，据《三辅黄图说》记载：“未央宫有石渠阁，著何所造，其下砻石以道，若今御沟，因为阁名……”这大概是城市建造下水道的最早记载;关于沐浴的规定，汉以前规定三天一休沐；到了汉代，则改为五天一休沐，《汉律》记载曰：“吏五日得以下沐，言休息以洗沐也。”由此可见，汉代已比较重视个人卫生。另外，古人认为，许多传染病多由尘埃中得来，且尘埃随风飞扬，行旅者为之裹足不前，应用水喷洒，则可使尘埃不扬，减少行旅之苦，由这说明汉代已较重视保持环境卫生。灵帝中平三年（公元186年），掖庭令毕岚除铸作“天禄蛤蟆”(人造喷泉）外，还利用“翻车”和“渴鸟”的引水车作喷洒路面的机车。《后汉书•张让传》:“又作翻车、渴鸟，施于桥西，用洒南北郊路，以省百姓洒道之费。”“翻车”近似现在的“引水车”(戽水车），而“渴鸟”则似现在的“抽水机”，两部分合之作为“洒水车”。虽然车是固定不能移动的，但对于净化环境，改善卫生状况具有相当的意义。汉代已有对排泄物的处置，曾在侍中设一官，据说是职掌帝王的排泄物。孔安国曾为汉武帝掌过唾壶(痰盂据应邵《汉官仪》记载说:“武帝时孔安国为侍中，以其儒者，特听掌御唾壶，朝廷荣之。”此外，汉代武梁祠石刻有“驱虫图”，表明当时人民对环境卫生也很重视。由此可见，汉代的卫生设施已比较先进。
  两汉时期，汉政府在西域设置军事和行政机构，管理西域事务。西汉时在西域楼兰、渠犁、轮台等地设校尉管理屯田，后郑吉在西域设立幕府，治乌垒城。东汉时，班超在龟兹它乾城，设置西域都护府。既然汉朝政府在西域设置西域都护，驻扎军队，管理屯田，那么汉王朝的医事制度，以及公共环境卫生设置也必然和其他政令一样，在西域贯彻执行。尤其是军队的医药卫生制度也必然随着军队驻防西域，而被原封不动地带到西域，在西域发挥防治疾病的积极作用。