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《黄帝内经》是我国现存最早、比较全面系统阐述中医学理论体系的古典医学巨著。全书包括《素问》、《灵枢》两部分，有十八卷，一百六十二篇。它的问世是中医学基本理论初步确立，并发展到一个新阶段的标志。
  《黄帝内经》这部书最早见于《汉书•艺文志》，同时记载的还有《黄帝外经》、《扁鹊内经》、《扁鹊外经》等，但只有《黄帝内经》流传于后世，其他则仅存书目，内容则不可而知。
  《黄帝内经》的成书，并不是由一个作者在一个时期内完成的，而是由不同时期的医家共同写成。它不仅包括战国时代及其以前的医药经验和理论知识，也包括秦汉时期的医药成就，还含有隋唐和宋代医家整理校注后所补充的某些内容。故可以认为，《内经》约产生于战国时期，经过秦汉时期的整理综合，增补修改，逐步充实丰富。以后，在其版本的流传过程中，又有所因革损益。
  《黄帝内经》的基本观点有人体是一个有机整体，人与自然环境之间的整体联系的整体观念;运用阴阳对立统一法则来阐述宇宙内万物发展变化规律和解释人体医学理论的阴阳平衡观点；疾病的过程从邪正关系来说，就是邪与正互相斗争过程的邪正斗争观点；认为预防是主要的、积极的，相比之下，治疗则是一种被动的措施的重视预防的观点。《黄帝内经》的主要内容包括阴阳五行学说、藏象经络学说、病因病机学说、诊法治则学说、针灸运气学说等。
  《黄帝内经》的成就主要表现在以下几方面。其一，引进阴阳五行学说，建立整体观念。在春秋时期医学家已将哲学上的阴阳、五行理论及思想引进医学领域，并用以解释和论述人体的生理、解剖、病理、诊断和治疗原则，至《内经》成书，该理论与医学之结合已达到入微的地步。在人体体表、内脏，人与疾病，人与自然环境，人与气候季节以及疾病认识、处治原则等方面，无不渗透着阴阳五行学说。如人体体表为阳，体内为阴；五脏为阴，六腑为阳；疾病则热为阳，寒为阴等。对脏腑除了分辨其阴阳外，还要辨别五行之生克关系。在考虑脏腑关系时，也要注意到肺病（金)有可能伤肝(木），肝病(木）时有可能伤脾胃（土），在治疗上依据这一理论，医生就要在处方时尽早有所注意，要防止肝病引致脾胃消化不良等病症的出现。整体观念确是历代中医学家的一大治疗思想武器，它使医学家们克服了许多局限性、片面性，重视综合性分析疾病与人体体质不同的关系，与地域、气候不同的关系，与风寒暑湿等自然界变异的关系，与季节不同的关系等等，正是这些观点使之比单纯注重分析入微的思想方法高出一筹。阴阳与五行相结合，阴阳五行与脏腑经络相结合,用以论述疾病与精神因素之间的复杂微妙的关系，采用各种治疗方法原则等等，确系中医学之所长，这是无容置疑的。
  但也必须指出，阴阳五行学说毕竟是一种古朴的哲学思想,必须运用辩证唯物主义思想给予检验和提高。其二，解剖与血液循环概念。《内经》所记载的人体解剖水平是很高的。《灵枢》部分曾强调，人体体表的解剖部位，可以通过切循测量予以确定；至于内脏解剖，则要在死后通过切开胸腹进行剖视，脏腑的部位、大小、容量及重量几何、血脉之长短、血液的清浊等等，一一予以记录。中国现代解剖学家侯宝璋教授，曾就《内经》等书所记载的解剖数据同现代解剖作了比较研究，他指出《内经》的解剖学基本上是正确的。可见我国在2000年前的人体解剖技术水平是相当高明的。另外，《内经》叙述了血脉系统，即经脉、络脉、孙脉，并明确提出血脉运行“如环无端”，永不休止，更正确描述了正常与疾病的脉搏次数、性质等等。如果把这些十分入微的观察记录联系起来，不难看出当时我国医学家对血液循环已有了相当正确的认识，至少已经有了清楚的概念。英国学者哈维于公元1628年发表了血液循环学说，虽然《内经》对血脉运行的认识不能与哈维的血液循环学说相提并论，但《内经》毕竟是初步揭示人体血液作环周循行的一次伟大的发现。
  其三，《内经》的医疗技术。在《素问•阴阳应象大论》里指出：“其有邪者，渍形以为汗”；在《五常政大论》中提出：“行水渍之，和其中外，可使毕已”。这两处的水渍法，正是后世物理疗法中的水疗法。
  又如《阴阳应象大论》所述:“其高者因而越之，其下者因而竭之，中满者泻之于内”，有的医史学家考证此即古代的灌肠法。对腹水患者，《内经》记述了采用穿刺放腹水的治疗方法。对脱疽（即现代医学所说的血栓闭塞性脉管炎），在《灵枢•痈疽》篇中，不但对其恶劣的预后已有所认识，而且强调了外科手术截趾急斩之”的治疗方法。其四，强调早期治疗的预防思想。《内经》的一些段落佳句中，有关预防疾病的思想和强调疾病早期治疗的思想已很明确。
  如“虚邪贼风，避之有时”；“是故圣人不治已病治未病，不治已乱治未乱，此之谓也。夫病已成而后药之，乱已成而后治之，譬犹渴而穿井，斗而铸锥，不亦晚乎！”所有这些都给人们一个清晰的概念，《内经》强调一位高明的医生必须预防疾病于未发之前，或至少应当在疾病刚刚形成之时就能予以控制，不使发展到难治的地步。所谓“治未病”即其意也。至于《内经》所强调的久病可治思想，不认为有“不治之症”，自然是一种进步思想，是积极向前的。当然，在当时这却是不可能实现的理想。其五，医巫决裂。《内经》是一部充满医学唯物论思想的著作，这不仅在思想方法上如此,在处理与巫师、巫医理论上，表现得尤为突出。《素问•五脏别论》强调:“拘于鬼神者，不可与言至德，恶于针石者，不可与言至巧”，这就是说与那些迷信鬼神的人,是没有办法同他们研究论述高深的医学道理的；对那些讨厌针砭的人是没有必要向他们谈论高明的针灸医疗技巧的。这样坚定的意志和态度，说明《内经》的作者和《内经》时代的医学家们，已坚决同鬼神致病的谬论和唯心迷信的观念彻底决裂了。
  中国医学在《内经》之后，再也没有出现过鬼神观念统治医坛的情形，从而使中医学始终沿着唯物主义的道路向前发展着。尽管在此之后，咒禁在一些时期仍有发展，甚至还有咒禁科，但无不处于从属地位。更值得注意的是在咒禁一类迷信科目里，药物和治疗技术，心理疗法等得到了发展和进步。