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奇台县在新石器时代已有人类活动。西汉武帝前，属西域三十六国之一的车师后国，归西域都护府管辖，西汉神爵二年（公元前60），西汉在西域设都护府，包括奇台在内的西域大部地区归入中央政府管辖。初元元年（公元前48），西汉设戊己校尉，在车师故地（今吐鲁番地区、昌吉州一带，包括奇台县境在内）屯田。永平十七年（公元74），东汉时期恢复西域都护府，戊己校尉屯田于车师后国金满城及疏勒城等地。
  魏黄初二年（221），西域复通，置西域长史，戊己校尉，今奇台仍属车师后国。东晋元兴元年（402），县境属柔然。北魏永平元年（508），嚈哒取代高车统治奇台等地，西魏废帝元年（552），突厥兴起，县境属其领辖。
  唐贞观十四年（640），唐朝置蒲类县，今奇台境域为其辖地。唐永徽二年（651）七月，西突厥阿史那贺鲁攻陷金满城、蒲类县。唐显庆三年（658），复置庭州，蒲类县。唐龙朔二年至三年初（662～663）在庭州设金山都护府，蒲类归其所辖。长安二年（702），在庭州置北庭都护府，领有蒲类县。唐开元年间（713～741），唐朝在今老奇台附近设独山守捉，至乾元三年（766），独山守捉城陷于吐蕃。唐开成四年（840），漠北回鹘西迁，进入奇台境后据有北庭。宋咸平六年（1003），辽在别失八里东境（今老奇台镇附近）筑可敦城。次年，又以此城为镇州军地。
  蒙古成吉思汗三年（1208），铁木真西征路过独山城（唐独山守捉所在地），见城空无一人，即令月朵失野木讷移唆里迷国60户至此居住。成吉思汗九年（1214）铁木真授月朵失野木讷为达鲁花赤，管辖独山城等。蒙古宪宗元年（1251），设别失八里行尚书省，元至元二十年（1283），设别失八里宣慰司。元元贞元年（1295）设北庭都元帅府等军政机构，先后领有今奇台在内的西域广大地区。
  明代初期，奇台县境为察合台汗国后王秃忽鲁帖木儿后裔辖地。明永乐十五年（1417），此地遂先后为瓦剌部、和硕特部据有。明末，奇台县境遂为准噶尔部游牧地。
  光绪十五年（1889年）由“靖宁城”迁入现址，因境内有唐朝墩古城，复得名“古城子”。
  清乾隆二十四年（1759），清朝在今老奇台建奇台堡，驻军屯垦。乾隆三十七年（1772），设奇台总理民屯事务通判。次年，奇台奏准设县，归镇西府管辖，名曰“靖宁城”（今老奇台镇）。乾隆四十年（1775），清政府在今奇台镇驻兵设防，建孚远城（即老满城）。乾隆四十一年（1776），裁奇台总理民屯事务通判，设知县，扩奇台堡为靖宁城作为县治地，属迪化州。同年，设奇台县古城巡检。咸丰年（1853），奇台县改由化州辖，后州改府，奇台由迪化府辖。光绪十五年（1889），县治由“靖宁城”迁入现址古城，古城巡检移往靖宁城。光绪二十八年（1902），属镇迪道辖。
  民国初年，沿袭清代建制区划。民国8年（1919），县境西吉尔以东5渠设木垒河县佐，民国19年（1930），设木垒河县，后由奇台县析出。
  中华人民共和国成立初期，奇台县属迪化行政区（1954年更名为乌鲁木齐专区）辖，1958年5月，改属昌吉回族自治州辖。2013年，奇台县下设6个镇（奇台镇、老奇台镇、吉布库镇、半截沟镇、东湾镇、西地镇）9个乡（古城乡、西北湾乡、七户乡、三个庄子乡、五马场哈萨克乡、坎尔孜乡、乔仁哈萨克乡、碧流河乡、大泉塔塔尔乡）以及生产建设兵团驻县5个场。　　　（县史志办）