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新疆维吾尔自治区国税局关于2004年11月25日批复《伊犁哈萨克自治州国家税务局职能配置、机构设置及人员编制方案》和《伊犁哈萨克自治州国家税务局所属县（市）局职能配置、机构设置及人员编制方案》。
  《伊犁哈萨克自治州国家税务局职能配置、机构设置及人员编制方案》主要内容：
  1.职能及主要职责。
  伊犁哈萨克自治州国家税务局是主管伊犁哈萨克自治州国家税收工作的行政机构，实行垂直领导管理体制，副厅级建制。其主要职责是：贯彻执行国家的税收法律、法规、规章及新疆维吾尔自治区国家税务局的规范性文件，研究制定具体的实施办法；研究制定本系统税收发展规划和年度工作计划并组织实施；根据本地区经济税源和新疆维吾尔自治区国家税务局下达的税收计划，编制、分配和下达本系统税收收入计划，并组织实施，负责本地区中央税、中央地方共享税等税种的征收管理和稽查工作；负责增值税专用发票、普通发票和税收票证的管理工作；负责监督检查本系统的税收执法情况；负责税务行政处罚、听证、行政复议、诉讼和赔偿工作；负责本系统进出口税收和涉外税收的管理工作；负责本系统的税收会计、统计工作；负责本系统经费、财务、审计、基本建设、政府采购和资产管理工作；负责本系统机构、编制和人事管理工作，管理下一级国税局领导班子；负责本系统思想政治工作、精神文明建设、基层建设及教育培训管理工作；负责本系统的纪检、监察工作；负责组织本系统税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；负责本系统税收信息化、现代化工作的规划和实施，建设和管理信息系统。开展税收理论与政策调查研究，分析税收信息，掌握税收动态，组织税法宣传；贯彻执行税收政策，分析税收信息，掌握税收动态，组织税法宣传工作；负责本地区税务代理工作的指导、监督、管理工作；承办自治区国税局和地方党委、政府交办的其他工作。
  2.机构设置及职责。
  （1）办公室：负责制定局机关和本系统的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告。负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和外事工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作。制定办公规章制度；负责本系统目标管理考核及督查督办工作；组织实施综合行政管理信息系统。办理人大代表建议、政协委员提案，协助局领导对有关工作进行综合协调，局领导交办的其他工作。
  （2）政策法规处：负责开展综合性、专题性税收政策调查研究。负责税收资料普查、税负监测，审核本局制定的税收规范性文件，组织实施税收执法检查，落实执法责任制及执法过错责任追究制。承办税务行政应诉、税务行政复议、税务行政赔偿和听证，本局案件审理委员会的日常工作，局领导交办的其他工作。
  （3）流转税管理处：负责增值税、消费税、金融保险营业税、燃油税、车购税等税种的税政业务管理，贯彻落实流转税法规、规章、规范性文件，制定流转税征收管理的具体办法。负责增值税专用发票的政策业务管理，负责金税工程的组织协调及防伪税控系统的推广管理，局领导交办的其他工作。
  （4）所得税管理处：负责所得税税政业务管理，贯彻落实所得税法律、法规、规章、规范性文件，制定所得税征收管理的具体办法。负责储蓄存款利息所得个人所得税的税收业务管理，负责涉外税收法律、法规及国际税收协定的税收业务管理，负责城市商业银行、农村信用社的财务管理，局领导交办的其他工作。
  （5）征收管理处：负责税收征管法律、法规、规章、规范性文件的贯彻落实。制定具体征管办法，组织实施税收征管改革和征管信息化建设，负责普通发票的政策业务管理，纳税服务的规范化管理，征管质量考核。指导个体工商户和集贸市场的税收征管，承办增值税专用发票、普通发票、税收票证的计划、领发、保管，税收征管文书、证件的印制、领发等事务性管理工作。负责与工商、地税、物价、金融、技术监督及司法等部门间的业务联系和工作协调，局领导交办的其他工作。
  （6）进出口税收管理处：负责进出口税收法律、法规、规章、规范性文件的贯彻落实，并根据实际制定具体的办法。具体办理进出口税收相关业务，局领导交办的其他工作。
  （7）计划财务处：负责税收计划、会计、统计及税收票证的政策业务管理。编制、分配税收计划，考核税款入库情况，统计分析征收数据，编制税收会计、统计报表，监控管理重点税源，进行税收能力估算和税收宏观分析。负责系统的税款征收数据处理，负责系统经费、财务、资产和基本建设的管理，政府采购工作。组织实施财务审计，协同有关部门进行干部离任审计，局领导交办的其他工作。
  （8）人事教育处：负责贯彻执行组织人事管理政策，制定组织人事管理制度，负责机构、编制管理工作，负责科级干部及科级后备干部管理工作，负责公务员考核、调配、奖惩、辞职辞退、退休等人事管理，负责劳动工资、福利政策、专业技术职务职称管理，人事档案管理，承办本局机关日常人事管理工作，制定教育培训管理制度并组织实施，负责公务员培训管理，承办本局机关日常教育培训工作，负责系统的思想政治和精神文明建设工作，负责本局机关党建工作，负责机关的思想政治和精神文明建设工作，局领导交办的其他工作。人事教育处下设离退休干部管理办公室，正科级建制。负责系统离退休干部管理工作，负责本局机关离退休干部日常管理工作，负责离退休干部的思想政治和精神文明建设工作。
  （9）监察室：负责纪律检查和行政监督工作，实施以税收执法权和行政管理权为重点的两权监督。负责系统党风廉政建设，查处工作人员违纪行为，组织实施纠正部门行业不正之风的工作。承办科级干部离任审计及专项审计工作，承办本局机关日常监察工作，局领导交办的其他工作。
  （10）稽查局（直属机构）：负责贯彻执行税务稽查规章制度，制定稽查工作具体实施办法。指导、管理和监督、检查本系统的税务稽查工作，制定、实施本系统的税务稽查工作指导性计划。负责上级交办及有关部门转办的其他工作，承办“税务违法案件举报中心”日常工作。查处管辖范围内的偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件，负责移送涉税犯罪案件并配合司法机关进行查处，负责违法案件公告。负责金税工程协查业务的管理，负责税务检查证的管理，在稽查工作中发现的不属于职责范围内违法案件负责向相关县（市）国税局移交。负责在案件查结后，向相关县（市）国税局反馈稽查结果，并提出征管建议，负责牵头组织专项检查，局领导交办的其他工作。稽查局内设4个科，分别为：综合业务科、稽查科、审理科、执行科，内设机构级别为副科级。
  （11）信息中心（事业单位）：负责信息化建设的数据管理和技术保障，计算机软件、硬件、网络的管理维护。负责本系统计算机应用培训，负责为本系统金税工程、防伪税控器具的推广应用提供日常技术支持。指导本系统信息系统建设工作，局领导交办的其他工作。机关服务中心负责系统后勤服务和行政事务管理，物业管理、车辆管理、基本建设，日常办公物品的采购、保管及分配，有关票据、凭证的印制。负责机关财务管理工作，负责本局机关综合治理、工作人员医疗保健、临时用工管理，负责机关的工青妇和计划生育工作，局领导交办的其他工作。另外，根据《国家税务总局关于新疆维吾尔自治区国家税务局规范机构设置明确职责分工方案的批复》（国税函〔2005〕569号），于2005年10月，成立了自治区国家税务局伊犁州培训中心，由伊犁州国税局按事业单位管理。
  人员编制。伊犁哈克自治州国家税务局人员核定总编制数为856人。
  行政编制包括管理编制：伊犁哈克自治州州国税局局领导和局机关内设行政处（室）人员使用管理编制，管理编制核定数为50人；征收编制：稽查局和县（市）局使用征收编制，稽查局征收编制核定数为30人；县（市）局征收编制核定数为766人；事业编制：信息中心使用事业编制，编制核定数为5人；机关服务中心使用事业编制，编制核定数为5人。
  领导职数包括处级以上职数：伊犁哈萨克自治州国家税务局设局长1职（副厅级），副局长3职（正处级），纪检组长1职（正处级），总经济师1职（正处级）；设行政处室处长、主任、稽查局局长、信息中心主任、机关服务中心主任12职，为副处级，另设机关党委专职岗位1职（副处级）；设调研员、助理调研员5职，其中调研员不得超过2职；科级职数包括：局机关内设处（室），设副处长、副主任（正科级）10职；直属机构，稽查局配置副局长2职（正科级）；科长4职（副科级）；事业单位包括信息中心，配置副主任1职（正科级）；机关服务中心配置副主任1职（正科级）。
  所属县（市）局职能配置、机构设置及人员编制方案的确定。伊犁哈萨克自治州国家税务局所属县（市）局是主管本地区国家税收工作的行政机构，实行垂直领导管理体制，级别为正科级。
  主要职责是：负责税收法律、法规、规章、规范性文件的贯彻实施；执行税收计划任务，采集征管信息，承办税收会计、统计工作；负责纳税人申报征收、登记管理、发票管理、零散税收的征管等工作；承办金税工程稽核及防伪税控系统的日常管理；提供纳税咨询、宣传辅导；开展纳税评估和纳税人信誉等级的评定；上级交办的其他工作。
  机构设置。伊犁哈萨克自治州国家税务局所辖县（市）局，包括伊宁市国家税务局、奎屯市国家税务局、霍城县国家税务局、新源县国家税务局、伊宁县国家税务局、察布查尔锡伯自治县国家税务局、昭苏县国家税务局、巩留县国家税务局、尼勒克县国家税务局、特克斯县国家税务局、霍尔果斯口岸国家税务局。
  伊宁市国家税务局内设机构10个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记管理科、发票管理科、评估监控一科、评估监控二科、评估监控三科（级别均为正股级）。派出机构2个，边境经济合作区税务分局（副科级）、喀尔墩税务所（正股级）；
  奎屯市国家税务局内设机构9个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记管理科、发票管理科、评估监控一科、评估监控二科（级别均为正股级）。直属机构1个，稽查局（级别为正股级），派出机构2个，经济技术开发区税务分局、天北新区税务分局（级别均为副科级）；
  霍城县国家税务局内设机构7个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记发票科、评估监控科（级别均为正股级）。直属机构1个，稽查局（级别为正股级）。派出机构1个，清水税务分局（副科级）；
  新源县国家税务局内设机构7个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记发票科、评估监控科（级别均为正股级）。直属机构1个，稽查局（级别为正股级）。派出机构2个，肖尔布拉克税务分局（副科级）、那拉提税务所（正股级）；
  伊宁县国家税务局内设机构7个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记发票科、评估监控科（级别均为正股级）。直属机构1个，稽查局（级别为正股级）。派出机构1个，墩麻扎税务分局（副科级）；
  察布查尔锡伯自治县国家税务局内设机构7个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记发票科、评估监控科（级别均为正股级）。派出机构1个，都拉塔口岸税务分局（副科级）；
  昭苏县国家税务局内设机构7个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记发票科、评估监控科（级别均为正股级）。直属机构1个，稽查局（级别为正股级）。派出机构1个，可库图拜税务所（级别为正股级）；
  巩留县国家税务局内设机构7个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记发票科、评估监控科（级别均为正股级）。直属机构1个，稽查局（级别为正股级）。派出机构1个，卡布其海税务所（级别为正股级）；
  尼勒克县国家税务局内设机构7个，包括办公室、人事教育科、监察室、综合业务科、计划征收科、登记发票科、评估监控科（级别均为正股级）。派出机构1个，吉仁台税务所（级别为正股级）；
  特克斯县国家税务局内设机构5个，包括办公室、人事监察科、综合业务科、计划征收科、税源管理科（级别均为正股级）；
  霍尔果斯口岸国家税务局内设机构5个，包括办公室、人事监察科、综合业务科、计划征收科、税源管理科（级别均为正股级）。
  人员编制及领导职数。伊宁市国家税务局核定征收编制180人，设局长1职、副局长3职、纪检组长1职、总经济师1职。边境经济合作区税务分局设局长1职（副科级）；设科级非领导职数4职；奎屯市国家税务局核定征收编制110人，设局长1职、副局长3职、纪检组长1职、总经济师1职。经济技术开发区税务分局、天北新区税务分局各设局长1职（副科级），设科级非领导职数4职；霍城县国家税务局核定征收编制65人，设局长1职、副局长3职、纪检组长1职。清水税务分局设局长1职（副科级），设科级非领导职数3职；新源县国家税务局核定征收编制70人，设局长1职、副局长3职、纪检组长1职。肖尔布拉克税务分局设局长（副科级）1职，设科级非领导职数3职；伊宁县国家税务局核定征收编制65人，设局长1职、副局长3职、纪检组长1职。墩麻扎税务分局设局长1职（副科级），设科级非领导职数3职；察布查尔锡伯自治县国家税务局核定征收编制55人，设局长1职、副局长3职、纪检组长1职。都拉塔口岸税务分局设局长1职（副科级），设科级非领导职数3职；昭苏县国家税务局核定征收编制55人，设局长1职、副局长3职、纪检组长1职，设科级非领导职数3职；巩留县国家税务局核定征收编制51人，设局长1职、副局长3职、纪检组长1职，设科级非领导职数3职；尼勒克县国家税务局核定征收编制50人，设局长1职、副局长2职、纪检组长1职，设科级非领导职数2职；特克斯县国家税务局核定征收编制35人，设局长1职、副局长2职、纪检组长1职，设科级非领导职数2职；霍尔果斯口岸国家税务局核定征收编制30人，设局长1职、副局长1职、纪检组长1职，设科级非领导职数2职。县（市）局内设科室、直属机构、派出机构领导职数按以下原则设置：编制10人以下设2职（1正1副）；10人以上设3职（1正2副）。
  成立伊犁州国家税务局奎独石化工业园国家税务局。2006年8月29日，自治区人民政府批准成立自治区级奎屯—独山子石化工业园区。同年9月，自治区编委批准成立奎独石化工业园区党工委、管委会，属伊犁州党委、政府的派出机构，行政级别为正县级，统一领导和管理工业园区内的党务、行政、经济和社会事务；自治区国家税务局2008年5月8日批准成立伊犁州奎独石化工业园国家税务局（新国税办〔2008〕367号），主要内容：奎独石化工业园国家税务局为伊犁州国家税务局的下设机构，级别正科级，编制暂定30人（原则上由伊犁州国税局在奎屯市国税局内部调剂解决）。其内设机构为办公室、人事监察科、综合业务科、计划征收科和税源管理科。领导职数设3职（其中：局长1职、副局长1职、纪检组长1职）。同时撤销奎屯市国家税务局经济技术开发区分局。
  2008年伊犁州国家税务局稽查机构设置职责分工。根据国家税务总局《关于规范国家税务局系统稽查机构设置明确职责分工的通知》（国税函〔2007〕910号）和《自治区国家税务局关于上报地州市以下稽查机构设置方案的通知》（新国税办〔2008〕511号）精神，本着精简、效能、规范、统一的原则，自治区国税局于2008年8月14日批复伊犁州国家税务局稽查机构设置职责分工如下：
  伊犁哈萨克自治州国家税务局稽查局机构设置及职责。伊犁哈萨克自治州国家税务局稽查局为伊犁州国税稽查工作的主管部门，级别为正处级。其职责、内设机构设置包括：伊犁州国家税务局稽查局职责。贯彻执行税务稽查规章制度，制定稽查工作具体实施办法；承办“税务违法案件举报中心”日常工作；承办偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件；承办移送涉税犯罪案件；负责金税工程协查业务的管理工作；负责税务检查证的管理；负责本局思想政治工作、精神文明建设、纠风塑形工作；在案件查办完毕后，向税源管理部门反馈稽查结果，定期提出征管建议；安排和组织实施专项检查工作；负责上级交办及有关部门转办的其他工作；内设机构及职责。伊犁州国家税务局稽查局内设机构5个：办公室、综合选案科、检查科、案件审理科、案件执行科，级别均为正科级。
  人员编制。伊犁州国家税务局稽查局使用征收编制，核定数为30人，领导职数设置为处级职数。伊犁州国家税务局稽查局设局长1职（正处级），副局长1职（副处级），纪检组长1职（副处级）；科级职数设主任、副科长5职（正科级），副主任、副科长5职（副科级）。
  县（市）国家税务局稽查机构设置及职责。伊犁哈萨克自治州国家税务局所属县（市）国税局稽查局为本地区国税稽查工作的主管部门，机构级别为副科级，其职责、内设机构设置为：奎屯市国家税务局稽查局内设机构3个，包括综合选案股、检查股、案件审理股（级别均为副股级）；霍城县国家税务局稽查局内设机构2个，包括选案审理股、检查执行股（级别均为副股级）；新源县国家税务局稽查局内设机构2个，包括选案审理股、检查执行股（级别均为副股级）。
  县（市）国家税务局稽查局职责。负责本辖区内外资企业和事业单位的税务稽查选案、稽查、执行及一般案件审理工作；负责稽查计划的制定及各类稽查报表的编报工作；负责受理举报案件的交办、转办及涉税案件的查处，并按规定将涉税犯罪案件向公安部门移交和上报；负责大案要案和疑难案件资料的上报送审工作；负责上级下达的专项检查工作任务；负责防伪税控管理中的发票协查信息系统的管理工作；负责举报奖金的管理和发放工作；负责与司法部门协调配合，查处涉税犯罪案件；负责违法案件公告；负责稽查档案的建立、移交及归档工作；负责本局领导交办的其他事宜。
  县（市）稽查局内设机构。奎屯市国家税务局稽查局设置为综合选案股、检查执行股、案件审理股；霍城县、新源县国家税务局稽查局内设机构为选案审理股、检查执行股。霍城县国家税务局稽查局设局长1职（副科级），副局长1职（正股级），科长2职（副股级）；新源县国家税务局稽查局设局长1职（副科级），副局长1职（正股级），科长2职（副股级）。
  根据《国家税务总局关于新疆维吾尔自治区国家税务局规范机构设置明确职责分工方案的批复》（国税函〔2005〕569号），于2005年10月，成立自治区国家税务局伊犁州培训中心，由伊犁州国税局按事业单位管理。