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秦汉时期，县境为姑墨、龟兹属地。匈奴征服西域后，受其间接统治。汉神爵二年（前60），设置西域都护府，姑墨、龟兹等西域36国归属西汉。东汉后期，姑墨为龟兹吞并，县境统归龟兹辖。
  魏、晋、南北朝至隋朝，拜城一带均为龟兹国属地，随后与中原王朝、河西割据政权及北方各游牧民族政权关系的发展而变化，先后归中原王朝辖，时而依附柔然、高车、哒、突厥，其间还受西北地区出现的前凉、前秦、后凉等割据政权的统治。
  唐贞观二十一年（647），唐朝平定龟兹，擒其王诃黎布失毕，县境属唐朝统辖，拜、赛里木城为龟兹七十城之二城。
  唐显庆三年（358）正月，龟兹王素稽兼龟兹都督；五月，徙安西都护府于龟兹。唐咸亨元年（670）四月，吐蕃陷包括龟兹在内的西域18州，拜城为吐蕃属地。唐长寿元年（692）十月，唐遣王孝杰击败吐蕃，恢复安西四镇，又置安西都护于龟兹，拜城境域复归龟兹。唐朝自安史之乱后，内忧外患，无力恢复西域之地。是时，西域为吐蕃和回鹘所占。唐开成五年（840）十月，回鹘为黠戛斯所破，其众分三支西迁，其中一支至安西，五代时称为西州回鹘。梁乾化三年（913），回鹘降服于辽，天山南麓及龟兹国为回鹘所治。其时，拜城境域为西州回鹘所辖。
  宋宣和五年（1124），耶律大石建立西辽帝国，拜城随龟兹国入西辽。宋嘉定四年（1219），成吉思汗亲攻西域，原西辽故壤悉入蒙古。
  宋理宗宝庆元年，成吉思汗二十年（1225），成吉思汗大封子弟，将天山周围区域封予次子察合台，其封地称察合台汗国。元时别失八里行省辖天山南北，赛里木、拜为其属地。
  明永乐十六年（1418），歪思取得东察合台汗国统治权，赛里木、拜随之归其统治。
  明正德十一年（1516）东察合台汗国库车、拜城总督把叉速檀经满速儿汗同意，往叶尔羌拜会赛德汗，谋求与叶尔羌汗国的和解。
  明嘉靖十二年（1522），满速儿汗被叶尔羌汗国打败，拜城境域属叶尔羌汗国。
  清康熙十七年（1678），准噶尔汗噶尔丹带兵逾天山，拜城受其统治。乾隆二十三年（1758），清廷在阿克苏设办事大臣，赛里木、拜归其管辖。乾隆三十年（1765）拜城人噶岱默特受封辅国公，任三品阿奇木伯克。乾隆二十七年（1762），清朝建军府于伊犁惠远城，设总领伊犁等处将军，赛里木、拜归其统治。
  清同治六年（1867），拜城为阿古柏所侵占。光绪三年（1877），清军进剿阿古柏，收复温宿后，设阿克苏善后总局，拜城归其所辖。光绪八年（1882）七月，拜城置县。次年，配设知县1员。光绪十年（1884），新疆建省，拜城为阿克苏道温宿府所辖。光绪十一年（1885），设典史1员。中华民国初，拜城县先为阿克苏道辖区，后为阿克苏行政区所辖。此后，阿克苏行政区相继改为新疆省第四行政区和阿克苏行政督察专员公署，拜城县与其隶属关系未变。
  1949年9月25～26日，新疆和平起义。同年11月底，中国人民解放军第一兵团二军步兵五师八十团政委袁新等奉命抵拜城，接管旧政权。1950年3月，建立拜城县人民政府，隶属阿克苏专区专员公署。1956年改为拜城县人民委员会。
  1969年4月，建立县革命委员会，受阿克苏地区革命委员会领导。1981年12月，恢复县人民政府，受辖阿克苏地区行政公署。