新疆维吾尔自治区图书馆

随着西方列强侵华的加剧，激起了中国人民反侵略、反封建斗争的高潮。1845年6月，喀什属索胡鲁克庄群众因反对繁重的徭役剥削，在铁匠阿瓦斯与阿布都色迈提等人的率领下举行暴动。1845年10月，喀什属罕爱里克庄农民沙木蒙率众暴动，攻杀爱吉特虎军台兵民。同年，奇台县令向当地回、汉农民每户加征官粮4斗，激起民变。
  在太平天国、捻军、陕甘回民起义的影响下，新疆农民起义也是连绵不断。1857年4月，库车农民因向清政府控告伯克们私占官地、摊派杂差被欺，推举迈买铁里、伊布拉依木西合等人为首领，举行武装起义。他们向库车办事大臣乌尔清阿提出撤换现任伯克、阿訇，放出被官吏奴役的妇女，只当五样官差，裁撤各衙门的“戈什哈”（满语意为护卫），伯克等人退出私占的官苜蓿地及“燕齐”户等要求。迫使乌尔清阿放了被奴役的妇女，暂时摘去伯克爱莫特和玉素甫的顶翎。但是由于起义群众缺乏必要的对敌斗争经验，起义队伍被瓦解，起义失败。迈买铁里、伊布拉依木等人被捕杀，家产被没收。这次起义给清政府极大的震动。乌尔清阿因纵容家丁，滥派赋税，被“革职拿问”。爱莫特等人也受到不同的惩处。
  1857年9月，和田农民袭击坡斯坎、木洛和、固玛三处军台。同年，喀什属阿图什铜矿的矿工因铜课苦累，“聚众抗差”，“求免差徭”。1858年冬，叶尔羌属托果斯铅庄的维吾尔族农民，“抗违粮赋”。1862年，和田金矿的矿夫发生暴动。同年，库车的木罕买提、拜城的艾沙滚拜孜等人要求减轻赋税，持械暴动。就连清朝在新疆的统治中心伊犁，也于1863年爆发了绥定城（今霍城县）回民杨三星及飞刀马二领导的回民起义。这些起义虽然都失败了，但却预示着更大规模的农民起义风暴的到来。
  1864年春，在库车渭干河水利工地上，一批因无力缴纳粮赋而服劳役的维吾尔族和回族农民，因不堪忍受饥寒与监工的鞭笞，在托乎提尼牙孜哈里等人的率领下首先点燃了全疆农民起义的烈火。他们一夜之间杀死了在工地监工的两个官吏与15名伯克，然后向库车城进军。在库车城各族人民的协助下，起义农民于6月6日攻占库车城，杀死了办事大臣萨灵阿、郡王爱玛特和阿奇木伯克库尔班等人。推举加拉里丁家族的热西丁为首领，尊称“圣人后裔、胜利者之父、热西丁汗和卓”，自称“汗和卓”（黄和卓），建立了政权。起义烈火迅速燃遍阿克苏、乌什、焉耆、库尔勒、布古尔（今轮台）、拜城、赛里木等地，并迅速波及天山南北。
  1864年7月15日，来自河州的阿訇妥明（即妥得璘，经名达吾提）与乌鲁木齐绿营中军参将索焕章在长期准备的基础上，乘清军援救库车之机，率众攻占了乌鲁木齐汉城。翌日，昌吉、阜康回民起义成功，夺取县城。接着呼图壁、玛纳斯、乌苏的回民也起而响应。10月3日，起义军攻占乌鲁木齐满城后，分兵掠地。1865年3月，妥明在乌鲁木齐自称“清真王”，封官建制，建立政权。
  1864年9月，原塔什米力克（今疏附县南）的行政官柯尔克孜族人司迪克，在喀什地主金相印的支持下攻占回城。与此同时，和田的宗教人士哈比布拉和伯克海孜那奇也起兵攻下县城，占据和田。哈比布拉自称“帕夏”，建立政权。
  1864年10月12日，伊犁回民首领马万信（经名牙库尔）乘清军四出镇压农民起义，城防空虚之机，联络各族群众，以“官逼民反”为号，揭杆而起。次日攻占宁远城（今伊宁市），起义队伍迅速发展到3万多人。伊犁将军明绪为挽救危局，释放因贪污而被监禁的大伯克迈孜木杂特招抚起义群众。迈孜木杂特乘机混入起义队伍，窃取了领导权。到1866年3月，义军相继攻占伊犁九城，起义取得胜利。迈孜木杂特自称苏丹，建立政权。
  塔城回民在1863年和1864年两次起义失败后，于1865年1月27日在苏玉得的领导下，利用春节清军疏于防范之机，联合当地哈萨克族攻城起义。但因寡不敌众，起义失败。
  在农民起义的打击下，清朝势力仅限于塔城、精河、乌苏、巴里坤、哈密一线。