新疆维吾尔自治区图书馆

伊斯兰教又称回教、天方教、清真教。公元7世纪初，穆罕默德创立于阿拉伯半岛，7世纪中期随着阿拉伯人势力的扩张，传到中亚。10世纪中叶，喀喇汗王朝的萨图克博格拉汗接受了伊斯兰教。喀喇汗王朝统治者对外发动“圣战”，进行武力扩张，对内大肆破坏佛教文化艺术，强迫统治下的人民信奉伊斯兰教。11世纪初，战胜南疆佛教中心于阗（今和田），直到13世纪才由库车、焉耆传入天山北路。至16世纪，巴州境内除少数流寓的汉族人外，基本伊斯兰化。清同治三年（1864），库车热西丁和卓篡夺农民起义领导权，为建立带有浓厚宗教色彩的封建割据政权，为自己扩大地盘，指派东征军头目伊斯哈克侵占布古尔、库尔勒和焉耆。各地封建割据势力妥得璘、艾拉汗、索焕章及热西丁等互相攻伐，给浩罕阿古柏侵略军入侵造成可乘之机。同治六年（1867）夏，热西丁和卓东征军头目伊斯哈克叛变投敌，布古尔、库尔勒、焉耆陷入阿古柏侵略军之手，阿古柏侵略军所到之处，除大肆烧杀抢劫外，强制推行宗教法规，强化天课制度，大规模扩建宗教建筑，进行血腥统治。至光绪三年（1877），刘锦棠部在蒙古族、维吾尔族、回族人民支持下收复焉耆、库尔勒和布古尔，繁华的城市已变成废墟，肥美的田园化为焦土，各族人民在清政府的帮助下开始重建自己的家园。光绪十年（1884），新疆建省后，首任甘肃新疆巡抚刘锦棠于次年采取政教分离的措施，规定阿訇只能从事正常的宗教活动，不得干预政事。杨增新统治时期，一面支持阿訇兴办经文学校，扩大宗教宣传，另一方面严禁私开教堂，另立教派，不准阿訇跨地区传教。出国朝觐人员由杨增新亲自审批，除交护照印税以外，还要交纳喀票银600两。从刘锦棠到杨增新统治时期，实行政教分离措施，巴州境内没有发生过大的教派斗争。
  中华人民共和国成立后，1953年，焉耆专区伊斯兰清真寺发展到733座，伊麻目以上的伊斯兰教职业人士1340人。1959年，巴州和库尔勒专区深入进行宗教改革，废除阿訇开办经文学校强迫儿童学习经文和宗教干涉婚姻自由的特权，取缔灵明堂、依禅派、营地教的部分组织，把原有的733座清真寺集中为503座，其中大型清真寺9座，中型清真寺50座，小型清真寺444座，有依麻目以上伊斯兰教职业人士481人。
  1966年5月，“文化大革命”开始后，伊斯兰教受到冲击，宗教管理部门被取消，正常的宗教活动被取缔，大批宗教人士受到迫害，一些经典被焚毁，宗教活动场所被当作“四旧”拆除或被占用。1978年12月，中共十一届三中全会之后，巴州党委落实宗教政策，平反冤假错案，1983年，整修开放356座清真寺，宗教活动恢复正常。1990年，巴州境内有清真寺546座，有伊斯兰教职业人士509人。