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全县信用社会计科目按照资金性质、业务特点、经营管理和核算要求，由中国人民银行和自治区统一设置，信用社账簿和会计科目的设置是按照自治区统一规定执行。
  1971年，额敏县信用社统一实行新的会计科目规定，新增科目有社队企业存款、社站往来。会计凭证以“收入凭证”和“付出凭证”代替原“现金收入传票”“现金付出传票”“转账收入传票”“转账付出传票”以及三联收回证明单等凭证。
  1979年，全县信用社执行银行统一会计核算办法，采用资金收付记账法。资金来源类使用15个科目，资金运用类使用10个科目，资金往来类使用1个科目，资金损益类使用6个科目，共32个科目。
  1986年8月，全县农村信用合作社开始执行农业银行总行制定的《农村信用社会计基本制度》，统一调整会计科目，其资产类科目28个，负债类科目30个，损益类科目4个，共62个会计科目。1990年底，会计科目增加至89个，其中全国统一的农村信用社会计科目82个。
  1994年，国家会计制度改革，额敏县农村信用社会计科目按照资金性质、流动性、业务特点，以及经营管理和会计核算基本要求予以分类。先按照资金性质分为“资产类科目”“负债类科目”“所有者权益类科目”和“损益类科目”。再根据每一类不同的资金性质进行二次划分，如“资产类科目”具体分为“现金科目”“存款款项科目”“贷款科目”“固定资产科目”“无形资产科目”等；“资产类科目”和“负债类科目”按其流动性划分为短期和长期两大类科目。如“短期贷款科目”“长期贷款科目”“短期投资科目”“长期投资科目”等。根据信用社业务特点和信贷资金管理的需要，贷款又按短期、中期、长期设置会计科目。还按风险程度分为“信用贷款科目”和“抵押贷款科目”两类，如“农业贷款科目”“个体工商户贷款科目”“企业贷款科目”和“其他贷款科目”；所有者权益核算体系，设立“实收资本科目”“资本公积科目”“盈余公积科目”“本年利润科目”“利润分配科目”等。按资产管理的需要设置贷款类科目：“正常贷款科目”“逾期贷款科目”“可疑贷款科目”等。
  全县信用社共设置表内科目83个，其中资产类科目39个，负债类科目27个，所有者权益类科目5个，损益类科目13个。表外科目6个。会计科目的排列顺序为表内科目在前，表外科目在后；表内科目按资产、负债、所有者权益、损益类的顺序依次排列，科目代号为四位数，前三位为金融企业统一会计科目代号，末位数为总行根据信用社业务需要增加的数位。资产类1011-1631；负债类2011-2811；所有者权益类3011-3121；损益类5011-5361。表外科目代号为三位数101-106。
  1996年，全县信用社根据国务院农村金融体制改革部际协调小组办公室《关于调整农村信用社部分会计科目的通知》，对部分会计科目又进行调整。随后，根据自身业务发展的需要，全县农村信用社会计科目、凭证、账簿不断增减变化。至1999年1月1日，全县信用社表内科目共计115个，其中资产类科目54个，负债类科目32个，资产负债共同类科目8个，所有者权益科目6个，损益类科目15个。表外科目9个。
  2000年末，全县信用社表内会计科目共有127个，增加12个科目。其中资产类58个，增加4个科目。负债类36个，增加4个科目。资产负债共同类12个，增加4个科目。所有者权益类6个，损益类15个。另有表外科目10个，增加1个科目。
  2002年1月，县联合社根据中国人民银行银发［2002］370号文件精神，对全辖农村信用社的会计业务实施统一管理、指导、监督和检查。会计科目按资金性质、业务特点、经营管理和核算要求设置，分为资产类、负债类、资产负债共同类、所有者权益类、损益类及表外科目。
  2010年6月，县联社设置表内科目168个，包括资产类科目84个，负债类科目45个，资产负债类共同科目16个，所有者权益类科目6个，或有资产负债类科目2个，损益类科目15个。其中一级科目149个，二级科目7个，表外科目15个。
  2011年11月，自治区联社研发“新疆农村信用社新门柜财务新系统”，县联社按照自治区联社“新系统”要求设置会计科目，资产类187个，负债类124个，资产负债共同类27个，所有者权益类13个，损益类83个，表外科目35个。