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第二战役的任务是夺取天山险隘达坂城，收复吐鲁番盆地，打开进军南疆大门。 阿古柏为阻清军南下，在天山要隘达坂城筑新城，派大哈通(大总管)爱衣达尔呼里率重兵驻守。又在托克逊筑两城，由他的儿子海古拉坚守，派白彦虎、马得人据守吐鲁番，构成互相策应的三角防御区。阿古柏坐镇喀喇沙尔(焉耆)指挥，总兵力约3万余人。 1877年4月16日，刘锦棠率1. 5万人衔枚疾进，于17日晨突然包围了达坂城。维吾尔人民冒险潜出城外向清军报告:“安夷(指阿古柏匪徒）盼援不到，官军封锁日逼，群议突围而走”(《左文襄公全集·奏稿》。刘锦棠乘敌动摇，下令猛攻。歼敌2 000多名，生俘1 200余名，无一漏网，大哈通也被活捉。清军于22日攻占辟展(鄯善），25日克胜金口，26日连克吐鲁番满、汉二城，守敌马得人降。 同一天亦克托克逊，守敌海古拉焚粮草后逃到喀拉沙尔。仅用半个月时间，第二战役胜利结束，歼敌万余人。至此，阿古柏众叛亲离，走投无路，5月28日与司库斗殴致死。海古拉携尸西窜。