1644年,清朝继明之后统治中原。顺治二年(1645),清帝颁书于陕西等处,“西域同中原的贸易依然照旧。原有官职者,许至京相见授职,一切政治,悉因其俗”②。这些宽松的政策为东察合台汗国与中原清王朝的密切往来打下了基础。同年12月,清廷更定朝仪, 庆贺元旦,蒙兀儿汗遣使臣前往朝拜祝贺。翌年,又“叶尔羌、和阗、 阿克苏各有元裔汗酋表贡”③。5月,土鲁番苏鲁檀•阿布伦•木汉默德•阿济汗(亦即阿布勒•阿哈默德汗)遣都督马萨郎等进方物,兼请订进贡额例。礼部遂査旧例,定使臣在京置买器物额数,并以其地“诚能恪修贡献,时来朝贺,遂赐其以彩缎表里”,又命其遣使送缴所受明朝敕印,以便裁酌,重新封爵①。自后两地往来频繁。 顺治六年(1649), 土鲁番、哈密等地首领曾汇合河西诸地的回族和畏兀儿族数千人,以肃州为中心,立哈密巴拜汗之子土伦泰为王, 反抗清廷统治。清王朝在遣兵弹压的同时,遂以关闭贡路相挟。两年后,东察合台汗国阿不都拉汗遣使克拜称哈密使者请求通贡。甘肃提督张勇以该地须尽归前次战事期间裹胁到西域的内地百姓为由拒绝之。顺治十年(1653),土鲁番速檀•赛亦德汗遣使叩关请贡,依然遭到回绝②。又两年后,即1655年,阿不都拉汗为恢复与清廷的通商关系,复派克拜为使,归还为准晦尔部巴图尔浑台吉掠去滞留其处的15名内地平民,拘哈密巴拜汗,并详报是时其域内政事及诸宗亲分布情况,恳请纳贡.清朝允准,从此双方又恢复了通商贸易往来关系。
公元1656年8月,清廷规定土鲁番地进贡常例,即“一峰驼四只,给缎绢各十二匹,西马一匹,给缎绢二匹;小马三百二十四匹, 给缎绢三百二十四匹;金刚钻二钱,给绢二十匹;玉石一干斤,给绢三百匹;小刀二百把,给绢四十匹,西弓四张,给绢一匹;羚羊角四对,给绢六匹;刁一只,刁翎一副,给绢二匹”③。同年9月,清世祖谕阿不都拉道:“……尔土鲁番国(按应为东察合台汗国),早识时数,贡赋维谨。今又遣使入贡,诚笃之意,实可嘉悦”,为此特赐来臣缎三百三十八匹,绢七百二十三匹。并规定:其他须“五年一次来, 进贡人数,入关不得过百人。不许携带妇女。进京人数止许三十人”,“其余留驻甘肃,俟来京进贡人归时,即令一齐出关,不得久留内地。至所带货物,许在京会同馆,照例货市”,“其进贡马匹,止大马四匹,蒙古马十五匹,此外,不许多贡”④。然而嗣后不久,东察合台汗国由于伊斯兰教和卓派别相争,内部动荡不定,故十多年未按规定遣使入贡。
迄康熙十二年(1673)初,嗣阿布勒•阿哈默特汗之后统治土鲁番地区的玛墨忒•赛亦忒汗开始①,方遣陪臣兀鲁和卓等进表贡方物,其奏文云:”臣国向以方物进贡中国之久,及闻天朝统一襄区,不胜忻喜。顺治十三年,进贡方物,蒙颁上谕,五年一贡,西马四匹,蒙古马十匹。后值臣国变乱,不能如期进贡。今地方稍平,特遣兀鲁和卓(一作和际)等谨献微物。嗣后进贡,或仍照前制,或作何定夺,伏乞上裁”②。
清廷礼部对此议覆,“进贡方物,或仍照旧制,或作何定夺,查顺治十三年,土鲁番贡马三百二十匹,奉旨减去止令贡西马四匹, 蒙古马十匹,嗣后进贡马匹应照此例,某别项贡物,仍令遵照令典, 得旨土鲁番国遥远,进贡殊难,以后止著进贡马匹、玉石,其余各物免进”。
自后,东察合台汗国于公元1680年为南下准噶尔部所灭亡, 此间两地交通中断,按康熙二十年(1681)占据土鲁番地区的察合台汗后裔,所谓阿奔木匝法尔苏耳谭马哈麻特额敏巴哈笃尔汉(佐口透认为此即塞伊特巴拜次子马哈麻特额敏)③,复向清朝遺使入贡,所进疏言,“前遣使进贡,曾奉上谕,五年一次进贡。因臣国地方遭逢荒乱,以故未得如期进贡,今幸安定,遣亦思喇木和者前往进贡”①。可知当时社会动乱严重影响了两地间正常的经济往来②。
从上所述,清朝建立后,东察合台汗国即同中原内地恢复了正常的政治、经济住来联系。政治上,蒙兀儿诸汗自称臣属,清楚地表明了该地对清王朝的隶属关系;经济往来上,两地间的联系已经步入正规,并且一直因袭不断,后来因为东察合台汗国的衰落和准嗚尔部的南侵,才使东察合台汗国与清朝间的往来联系未能维持下来。